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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27781 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 227 Fab in complex with (NPNA)8 peptide | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of 227 Fab in complex with (NPNA)8 peptide | |||||||||
試料 |
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キーワード | malaria antibody / PfCSP / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト) / Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Martin GM / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Affinity-matured homotypic interactions induce spectrum of PfCSP structures that influence protection from malaria infection. 著者: Gregory M Martin / Jonathan L Torres / Tossapol Pholcharee / David Oyen / Yevel Flores-Garcia / Grace Gibson / Re'em Moskovitz / Nathan Beutler / Diana D Jung / Jeffrey Copps / Wen-Hsin Lee / ...著者: Gregory M Martin / Jonathan L Torres / Tossapol Pholcharee / David Oyen / Yevel Flores-Garcia / Grace Gibson / Re'em Moskovitz / Nathan Beutler / Diana D Jung / Jeffrey Copps / Wen-Hsin Lee / Gonzalo Gonzalez-Paez / Daniel Emerling / Randall S MacGill / Emily Locke / C Richter King / Fidel Zavala / Ian A Wilson / Andrew B Ward / 要旨: The generation of high-quality antibody responses to Plasmodium falciparum (Pf) circumsporozoite protein (PfCSP), the primary surface antigen of Pf sporozoites, is paramount to the development of an ...The generation of high-quality antibody responses to Plasmodium falciparum (Pf) circumsporozoite protein (PfCSP), the primary surface antigen of Pf sporozoites, is paramount to the development of an effective malaria vaccine. Here we present an in-depth structural and functional analysis of a panel of potent antibodies encoded by the immunoglobulin heavy chain variable (IGHV) gene IGHV3-33, which is among the most prevalent and potent antibody families induced in the anti-PfCSP immune response and targets the Asn-Ala-Asn-Pro (NANP) repeat region. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) reveals a remarkable spectrum of helical antibody-PfCSP structures stabilized by homotypic interactions between tightly packed fragments antigen binding (Fabs), many of which correlate with somatic hypermutation. We demonstrate a key role of these mutated homotypic contacts for high avidity binding to PfCSP and in protection from Pf malaria infection. Together, these data emphasize the importance of anti-homotypic affinity maturation in the frequent selection of IGHV3-33 antibodies and highlight key features underlying the potent protection of this antibody family. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27781.map.gz | 37.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27781-v30.xml emd-27781.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27781.png | 81.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27781.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_27781_half_map_1.map.gz emd_27781_half_map_2.map.gz | 37.5 MB 37.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27781 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27781 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27781_validation.pdf.gz | 864.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27781_full_validation.pdf.gz | 863.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27781_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27781_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27781 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27781 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dytMC 8dywC 8dyxC 8dyyC 8dz3C 8dz4C 8dz5C 8ekfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of 227 Fab in complex with (NPNA)8 peptide | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of 227 Fab in complex with (NPNA)8 peptide
ファイル | emd_27781_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of 227 Fab in complex with (NPNA)8 peptide | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of 227 Fab in complex with (NPNA)8 peptide
ファイル | emd_27781_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of 227 Fab in complex with (NPNA)8 peptide | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 227 Fab - (NPNA)8 complex
全体 | 名称: 227 Fab - (NPNA)8 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: 227 Fab - (NPNA)8 complex
超分子 | 名称: 227 Fab - (NPNA)8 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Circumsporozoite protein
超分子 | 名称: Circumsporozoite protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
-超分子 #3: 227 Fab light chain, 227 Fab heavy chain
超分子 | 名称: 227 Fab light chain, 227 Fab heavy chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Circumsporozoite protein
分子 | 名称: Circumsporozoite protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 3.1892 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: NPNANPNANP NANPNANPNA NPNANPNANP NA UniProtKB: Circumsporozoite protein |
-分子 #2: 227 Fab light chain
分子 | 名称: 227 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.859256 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YGNGNRPSGV PDRFSGSKSG TSVSLAITGL QAEDEADYY CQSYDSSLSA FVFGTGTKVT VLGQPKANPT VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADGSP V KAGVETTK ...文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YGNGNRPSGV PDRFSGSKSG TSVSLAITGL QAEDEADYY CQSYDSSLSA FVFGTGTKVT VLGQPKANPT VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADGSP V KAGVETTK PSKQSNNKYA ASSYLSLTPE QWKSHRSYSC QVTHEGSTVE KTVAPTECS |
-分子 #3: 227 Fab heavy chain
分子 | 名称: 227 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.904219 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGGG VVQPGRSLRL SCVTSGFTFP AFGMHWVRQA PGKGLEWVAV IWYDGSKKYY ADSVRGRFTI SRDNSRNTLY LQMHSLRAE DTAVYYCARV KNYESSGYSQ CLDYWGQGVL VTVASASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: QVQLVQSGGG VVQPGRSLRL SCVTSGFTFP AFGMHWVRQA PGKGLEWVAV IWYDGSKKYY ADSVRGRFTI SRDNSRNTLY LQMHSLRAE DTAVYYCARV KNYESSGYSQ CLDYWGQGVL VTVASASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD KTHTCPPCPA PE LLGGPSV FLFPPKPKDT LMISRTPEVT CVVVDVSHED PEVKFNWYVD GVEVHNAKTK PREEQYNSTY RVVSVLTVLH QDW LNGKEY KCKVSNKALP APIEKTISKA KGQPREPQVY TLPPSRDELT KNQVSLTCLV KGFYPSDIAV EWESNGQPEN NYKT TPPVL DSDGSFFLYS KLTVDKSRWQ QGNVFSCSVM HEALHNHYTQ KSLSLSPG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70120 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |