+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab CHK-265 (asymmetric unit) | |||||||||
![]() | Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab CHK-265 (asymmetric unit) | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | |||||||||
機能・相同性 | ![]() togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | |||||||||
![]() | Adams LJ / Fremont DH / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A chikungunya virus-like particle vaccine induces broadly neutralizing and protective antibodies against alphaviruses in humans. 著者: Saravanan Raju / Lucas J Adams / James T Earnest / Kelly Warfield / Lo Vang / James E Crowe / Daved H Fremont / Michael S Diamond / ![]() 要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes epidemics of acute and chronic musculoskeletal disease. Here, we analyzed the human B cell response to a CHIKV-like particle- ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes epidemics of acute and chronic musculoskeletal disease. Here, we analyzed the human B cell response to a CHIKV-like particle-adjuvanted vaccine (PXVX0317) from samples obtained from a phase 2 clinical trial in humans (NCT03483961). Immunization with PXVX0317 induced high levels of neutralizing antibody in serum against CHIKV and circulating antigen-specific B cells up to 6 months after immunization. Monoclonal antibodies (mAbs) generated from peripheral blood B cells of three PXVX0317-vaccinated individuals on day 57 after immunization potently neutralized CHIKV infection, and a subset of these inhibited multiple related arthritogenic alphaviruses. Epitope mapping and cryo-electron microscopy defined two broadly neutralizing mAbs that uniquely bind to the apex of the B domain of the E2 glycoprotein. These results demonstrate the inhibitory breadth and activity of the human B cell response induced by the PXVX0317 vaccine against CHIKV and potentially other related alphaviruses. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 183.4 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 30.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 103.7 MB 194.1 MB 194.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8dwyMC ![]() 8dwwC ![]() 8dwxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab CHK-265 (asymmetric unit) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_27767_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_27767_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_27767_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab CHK-265 (asymmet...
全体 | 名称: Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab CHK-265 (asymmetric unit) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab CHK-265 (asymmet...
超分子 | 名称: Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab CHK-265 (asymmetric unit) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: E1 glycoprotein
分子 | 名称: E1 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() 株: 37997 |
分子量 | 理論値: 47.346715 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELQSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KSLPDYSCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDAE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNITVAAYAN GDHAVTVKDA K FVVGPMSS ...文字列: YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELQSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KSLPDYSCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDAE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNITVAAYAN GDHAVTVKDA K FVVGPMSS AWTPFDNKIV VYKGDVYNMD YPPFGAGRPG QFGDIQSRTP ESKDVYANTQ LVLQRPAAGT VHVPYSQAPS GF KYWLKER GASLQHTAPF GCQIATNPVR AVNCAVGNIP ISIDIPDAAF TRVVDAPSVT DMSCEVPACT HSSDFGGVAI IKY TASKKG KCAVHSMTNA VTIREADVEV EGNSQLQISF STALASAEFR VQVCSTQVHC AAACHPPKDH IVNYPASHTT LGVQ DISTT AMSWVQKITG GVGLIVAVAA LILIVVLCVS FSRH |
-分子 #2: E2 glycoprotein
分子 | 名称: E2 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() 株: 37997 |
分子量 | 理論値: 46.858312 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: NFNVYKATRP YLAHCPDCGE GHSCHSPIAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDSHT PADAERAGLL VRTSAPCTI TGTMGHFILA RCPKGETLTV GFTDSRKISH TCTHPFHHEP PVIGRERFHS RPQHGKELPC STYVQSTAAT A EEIEVHMP ...文字列: NFNVYKATRP YLAHCPDCGE GHSCHSPIAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDSHT PADAERAGLL VRTSAPCTI TGTMGHFILA RCPKGETLTV GFTDSRKISH TCTHPFHHEP PVIGRERFHS RPQHGKELPC STYVQSTAAT A EEIEVHMP PDTPDRTLMT QQSGNVKITV NGQTVRYKCN CGGSNEGLTT TDKVINNCKI DQCHAAVTNH KNWQYNSPLV PR NAELGDR KGKIHIPFPL ANVTCRVPKA RNPTVTYGKN QVTMLLYPDH PTLLSYRNMG QEPNYHEEWV THKKEVTLTV PTE GLEVTW GNNEPYKYWP QMSTNGTAHG HPHEIILYYY ELYPTMTVVI VSVASFVLLS MVGTAVGMCV CARRRCITPY ELTP GATVP FLLSLLCCVR TTKA |
-分子 #3: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() 株: 37997 |
分子量 | 理論値: 16.458701 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: NDCIFEVKHE GKVMGYACLV GDKVMKPAHV KGTIDNADLA KLAFKRSSKY DLECAQIPVH MKSDASKFTH EKPEGYYNWH HGAVQYSGG RFTIPTGAGK PGDSGRPIFD NKGRVVAIVL GGANEGARTA LSVVTWNKDI VTKITPEGAE EW |
-分子 #4: CHK-265 heavy chain
分子 | 名称: CHK-265 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.263863 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QIQLVQSGRE VKNPGETVKI SCKASGYTFT EYPMLWVKQA PGKGFRWMGL IYTNTGEPTY AEEFKGRFVF SLEISASTAY LQINNLTNE DTATYFCVRD YFISLDYWGQ GTTLTVSS |
-分子 #5: CHK-265 light chain
分子 | 名称: CHK-265 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.63893 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSNIGAVT SSNCANWVQE KPDHFFTGLI GDTNNRRSGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYNNLWV FGGGTKLTVL |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 38.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 59000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |