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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27460 | |||||||||
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タイトル | HMGCR-UBIAD1 Complex Dimer | |||||||||
マップデータ | HMGCR-UBIAD1 Complex State 2 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin K biosynthetic process / : / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / prenyltransferase activity / coenzyme A metabolic process / menaquinone biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process ...vitamin K biosynthetic process / : / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / prenyltransferase activity / coenzyme A metabolic process / menaquinone biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / peroxisomal membrane / cholesterol biosynthetic process / antioxidant activity / negative regulation of protein secretion / NADPH binding / negative regulation of MAP kinase activity / electron transport chain / visual learning / negative regulation of protein catabolic process / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) / Escherichia coli (大腸菌) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen H / Qi X / Li X | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Regulated degradation of HMG CoA reductase requires conformational changes in sterol-sensing domain. 著者: Hongwen Chen / Xiaofeng Qi / Rebecca A Faulkner / Marc M Schumacher / Linda M Donnelly / Russell A DeBose-Boyd / Xiaochun Li / 要旨: 3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGCR) is the rate-limiting enzyme in cholesterol synthesis and target of cholesterol-lowering statin drugs. Accumulation of sterols in endoplasmic ...3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGCR) is the rate-limiting enzyme in cholesterol synthesis and target of cholesterol-lowering statin drugs. Accumulation of sterols in endoplasmic reticulum (ER) membranes accelerates degradation of HMGCR, slowing the synthesis of cholesterol. Degradation of HMGCR is inhibited by its binding to UBIAD1 (UbiA prenyltransferase domain-containing protein-1). This inhibition contributes to statin-induced accumulation of HMGCR, which limits their cholesterol-lowering effects. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the HMGCR-UBIAD1 complex, which is maintained by interactions between transmembrane helix (TM) 7 of HMGCR and TMs 2-4 of UBIAD1. Disrupting this interface by mutagenesis prevents complex formation, enhancing HMGCR degradation. TMs 2-6 of HMGCR contain a 170-amino acid sterol sensing domain (SSD), which exists in two conformations-one of which is essential for degradation. Thus, our data supports a model that rearrangement of the TMs in the SSD permits recruitment of proteins that initate HMGCR degradation, a key reaction in the regulatory system that governs cholesterol synthesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27460.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27460-v30.xml emd-27460.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27460.png | 60.3 KB | ||
その他 | emd_27460_half_map_1.map.gz emd_27460_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27460 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27460 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27460_validation.pdf.gz | 883.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27460_full_validation.pdf.gz | 882.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27460_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27460_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27460 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27460 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8djkMC 8djmC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27460.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | HMGCR-UBIAD1 Complex State 2 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.842 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_27460_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_27460_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex
全体 | 名称: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex
超分子 | 名称: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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-超分子 #2: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex
超分子 | 名称: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
分子 | 名称: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) |
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由来(天然) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
分子量 | 理論値: 41.215859 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKL SRLFRMHGLF VASHPWEVIV GTVTLTICMM SMNMFTGNNK ICGWNYECPK FEEDVLSSDI IILTITRCIA ILYIYFQFQ NLRQLGSRYI LGIAGLFTIF SSFVFSTVVI HFLDKELTGL NEALPFFLLL IDLSRASALA KFALSSNSQD E VRENIARG ...文字列: MDYKDDDDKL SRLFRMHGLF VASHPWEVIV GTVTLTICMM SMNMFTGNNK ICGWNYECPK FEEDVLSSDI IILTITRCIA ILYIYFQFQ NLRQLGSRYI LGIAGLFTIF SSFVFSTVVI HFLDKELTGL NEALPFFLLL IDLSRASALA KFALSSNSQD E VRENIARG MAILGPTFTL DALVECLVIG VGTMSGVRQL EIMCCFGCMS VLANYFVFMT FFPACVSLVL ELSRESREGR PI WQLSHFA RVLEEEENRP NPVTQRVKMI MSLGLVLVHA HSRWIADPSP QNSTTEHSKV SLGLDEDVSK RIEPSVSLWQ FYL SKMISM DIEQVVTLSL AFLLAVKYIF FEQAETESTL SLKNPITS |
-分子 #2: UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1
分子 | 名称: UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
分子量 | 理論値: 32.780508 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASSWRQKCA SYVLALRPWS FSASLTPVAL GSALAYRSQG VLDPRLLVGC AVAVLAVHGA GNLVSTYYDF SKGIDHKKSD DRTLVDRIL EPQDVVRFGV FLYTLGCVCA ACLYYLSTLK LEHLALIYFG GLSGSFLYTG GIGFKYVALG DLIILITFGP L AVMFAYAV ...文字列: MASSWRQKCA SYVLALRPWS FSASLTPVAL GSALAYRSQG VLDPRLLVGC AVAVLAVHGA GNLVSTYYDF SKGIDHKKSD DRTLVDRIL EPQDVVRFGV FLYTLGCVCA ACLYYLSTLK LEHLALIYFG GLSGSFLYTG GIGFKYVALG DLIILITFGP L AVMFAYAV QVGSLAIFPL VYAIPLALST EAILHSNNTR DMESDQEAGI VTLAILIGPT FSYVLYNTLL FLPYLIFSIL AT HCSISLA LPLLTIPMAF SLERQFRSQA FNKLPQRTAK LNLLLGLFYV FGIILAPAGS LPRL |
-分子 #3: Soluble cytochrome b562
分子 | 名称: Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 13.470236 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ARRLALEDNW ETLNDNLKVI EKADNAAQVK DALTKMRAAA LDAQKATPPK LEDKSPDSPE MKDFRHGFDI LVGQIDDALK LANEGKVKE AQAAAEQLKT TRNAYIQKYL ERARSTLQKE V |
-分子 #4: Fab 15B2 Light Chain
分子 | 名称: Fab 15B2 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.373771 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DILLTQSPAI LSVSPGERVS FSCRASQSIG TSIHWYQQRT NGSPRLVIKY ASESISGIPS RFSGSGSGTD FTLSINSVES EDIADYYCQ QSNSWPYTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DILLTQSPAI LSVSPGERVS FSCRASQSIG TSIHWYQQRT NGSPRLVIKY ASESISGIPS RFSGSGSGTD FTLSINSVES EDIADYYCQ QSNSWPYTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #5: Fab 15B2 Heavy Chain
分子 | 名称: Fab 15B2 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 25.175154 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKASGYSFT GYFMNWVKQS HGKSLEWIGR INPYNGDTFY NQKFKGKATL TVDKSSRTAH MELRSLTSA DSALYFCVRR GEDYGSSYNY WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKASGYSFT GYFMNWVKQS HGKSLEWIGR INPYNGDTFY NQKFKGKATL TVDKSSRTAH MELRSLTSA DSALYFCVRR GEDYGSSYNY WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPKSCDKTHH HHHH |
-分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #7: Digitonin
分子 | 名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: AJP |
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分子量 | 理論値: 1.229312 KDa |
Chemical component information | ChemComp-AJP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 8.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 285496 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |