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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27459 | |||||||||
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タイトル | MthK-A90L mutant in closed state with 0 Ca2+ | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | MTHK / TRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Agarwal S / Nimigean CM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Calcium-gated potassium channel blockade via membrane-facing fenestrations. 著者: Chen Fan / Emelie Flood / Nattakan Sukomon / Shubhangi Agarwal / Toby W Allen / Crina M Nimigean / 要旨: Quaternary ammonium blockers were previously shown to bind in the pore to block both open and closed conformations of large-conductance calcium-activated potassium (BK and MthK) channels. Because ...Quaternary ammonium blockers were previously shown to bind in the pore to block both open and closed conformations of large-conductance calcium-activated potassium (BK and MthK) channels. Because blocker entry was assumed through the intracellular entryway (bundle crossing), closed-pore access suggested that the gate was not at the bundle crossing. Structures of closed MthK, a Methanobacterium thermoautotrophicum homolog of BK channels, revealed a tightly constricted intracellular gate, leading us to investigate the membrane-facing fenestrations as alternative pathways for blocker access directly from the membrane. Atomistic free energy simulations showed that intracellular blockers indeed access the pore through the fenestrations, and a mutant channel with narrower fenestrations displayed no closed-state TPeA block at concentrations that blocked the wild-type channel. Apo BK channels display similar fenestrations, suggesting that blockers may use them as access paths into closed channels. Thus, membrane fenestrations represent a non-canonical pathway for selective targeting of specific channel conformations, opening novel ways to selectively drug BK channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27459.map.gz | 8.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27459-v30.xml emd-27459.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27459_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27459.png | 45.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27459.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_27459_half_map_1.map.gz emd_27459_half_map_2.map.gz | 76.2 MB 76.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27459 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27459 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27459_validation.pdf.gz | 617.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27459_full_validation.pdf.gz | 616.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27459_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27459_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27459 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27459 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8djbMC 9405C 9406C 9407C 5bkiC 5bkjC 5bkkC 8fz7C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27459.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27459_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27459_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : MthK A90L mutant in 0 Ca2+
全体 | 名称: MthK A90L mutant in 0 Ca2+ |
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要素 |
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-超分子 #1: MthK A90L mutant in 0 Ca2+
超分子 | 名称: MthK A90L mutant in 0 Ca2+ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) |
分子量 | 理論値: 220 KDa |
-分子 #1: Calcium-gated potassium channel MthK
分子 | 名称: Calcium-gated potassium channel MthK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) |
分子量 | 理論値: 37.398242 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVLVIEIIRK HLPRVLKVPA TRILLLVLAV IIYGTAGFHF IEGESWTVSL YWTFVTIATV GYGDYSPSTP LGMYFTVTLI VLGIGTFAV LVERLLEFLI NREQMKLMGL IDVAKSRHVV ICGWSESTLE CLRELRGSEV FVLAEDENVR KKVLRSGANF V HGDPTRVS ...文字列: MVLVIEIIRK HLPRVLKVPA TRILLLVLAV IIYGTAGFHF IEGESWTVSL YWTFVTIATV GYGDYSPSTP LGMYFTVTLI VLGIGTFAV LVERLLEFLI NREQMKLMGL IDVAKSRHVV ICGWSESTLE CLRELRGSEV FVLAEDENVR KKVLRSGANF V HGDPTRVS DLEKANVRGA RAVIVDLESD SETIHCILGI RKIDESVRII AEAERYENIE QLRMAGADQV ISPFVISGRL MS RSIDDGY EAMFVQDVLA EESTRRMVEV PIPEGSKLEG VSVLDADIHD VTGVIIIGVG RGDELIIDPP RDYSFRAGDI ILG IGKPEE IERLKNYISA UniProtKB: Calcium-gated potassium channel MthK |
-分子 #2: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: BLOTTING FOR 2 S (BLOT FORCE 1). |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 65.19 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |