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万見- EMDB-27418: Cryo-EM Structure of HPIV3 prefusion F trimer in complex with 3x1 Fab -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27418 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of HPIV3 prefusion F trimer in complex with 3x1 Fab | |||||||||
マップデータ | Sharpened map to 3.6A | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human parainfluenza 3 virus (strain NIH 47885) (インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | |||||||||
データ登録者 | Rodarte JV / Pancera M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cross-protective antibodies against common endemic respiratory viruses. 著者: Madelyn Cabán / Justas V Rodarte / Madeleine Bibby / Matthew D Gray / Justin J Taylor / Marie Pancera / Jim Boonyaratanakornkit / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (HMPV), and human parainfluenza virus types one (HPIV1) and three (HPIV3) can cause severe disease and death in immunocompromised patients, ...Respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (HMPV), and human parainfluenza virus types one (HPIV1) and three (HPIV3) can cause severe disease and death in immunocompromised patients, the elderly, and those with underlying lung disease. A protective monoclonal antibody exists for RSV, but clinical use is limited to high-risk infant populations. Hence, therapeutic options for these viruses in vulnerable patient populations are currently limited. Here, we present the discovery, in vitro characterization, and in vivo efficacy testing of two cross-neutralizing monoclonal antibodies, one targeting both HPIV3 and HPIV1 and the other targeting both RSV and HMPV. The 3 × 1 antibody is capable of targeting multiple parainfluenza viruses; the MxR antibody shares features with other previously reported monoclonal antibodies that are capable of neutralizing both RSV and HMPV. We obtained structures using cryo-electron microscopy of these antibodies in complex with their antigens at 3.62 Å resolution for 3 × 1 bound to HPIV3 and at 2.24 Å for MxR bound to RSV, providing a structural basis for in vitro binding and neutralization. Together, a cocktail of 3 × 1 and MxR could have clinical utility in providing broad protection against four of the respiratory viruses that cause significant morbidity and mortality in at-risk individuals. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27418.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27418-v30.xml emd-27418.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27418_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27418.png | 66.1 KB | ||
マスクデータ | emd_27418_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_27418_half_map_1.map.gz emd_27418_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27418 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27418 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27418_validation.pdf.gz | 642.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27418_full_validation.pdf.gz | 641.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27418_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27418_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27418 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27418 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map to 3.6A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02885 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27418_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap A
ファイル | emd_27418_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap B
ファイル | emd_27418_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of one 3x1 Fab bound to the HPIV3 preF trimer
全体 | 名称: Complex of one 3x1 Fab bound to the HPIV3 preF trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of one 3x1 Fab bound to the HPIV3 preF trimer
超分子 | 名称: Complex of one 3x1 Fab bound to the HPIV3 preF trimer タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 339 KDa |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human parainfluenza 3 virus (strain NIH 47885) (インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.970625 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QIDITKLQHV GVLVNSPKGM KISQNFETRY LILSLIPKIE DSNSCGDQQI KQYKRLLDRL IIPLYDGLKL QKDVIVTNQE SNENTDPRT ERFFGGVIGT IALGVATSAQ ITAAVALVEA KQAKSDIEKL KEAIRDTNKA VQSVCSSVGN CIVAIKSVQD Y VNKEIVPS ...文字列: QIDITKLQHV GVLVNSPKGM KISQNFETRY LILSLIPKIE DSNSCGDQQI KQYKRLLDRL IIPLYDGLKL QKDVIVTNQE SNENTDPRT ERFFGGVIGT IALGVATSAQ ITAAVALVEA KQAKSDIEKL KEAIRDTNKA VQSVCSSVGN CIVAIKSVQD Y VNKEIVPS IARLGCEAAG LQLGIALTQH YSELTNCFGD NIGSLQEKGI KLQCIASLYR TNITEIFTTS TVDKYDIYDL LF TESIKVR VIDVDLNDYS ITLQVRLPLL TRLLNTQIYK VDSISYNIQN REWYIPLPSH IMTKGAFLGG ADVKECIEAF SSY ICPSDP GFVLNHEMES CLSGNISQCP RTTVTSDIVP RYAFVNGGVV ANCITTTCTC NGIGNRINQP PDQGVKIITH KECN TIGIN GMLFNTNKEG TLAFYTPDDI TLNNSVALDP IDISIELNKV KSDLEESKEW YRRSNQKLSA IEDKIEEILS KIYHI ENEI ARIKKLIGEA P |
-分子 #2: 3x1 monoclonal antibody, VH region
分子 | 名称: 3x1 monoclonal antibody, VH region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.932664 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SFGMSWVRQS PGKGLEWVAD ISHSAGFLNY ADSVKGRFTV SRDNSKSTLH LQMKSLRAE DTAVYYCAKR LAGLPDLEWL LYPNFLDHWG QGTLVTVSS |
-分子 #3: 3x1 monoclonal antibody, VL region
分子 | 名称: 3x1 monoclonal antibody, VL region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.642857 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SSELTQDPAV SVALGQTVRI TCQGDILRTY YVSWYQQKPG QAPLLVIYGK NNRPSVIPDR FSGSTSGDTA SLTITGAQAE DEAEYYCSS RDRSGNHVLF GGGTKLTVL |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.19 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: Collected at 30 degree tilt |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1036244 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-8dg8: |