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- EMDB-27334: PI 3-kinase alpha with nanobody 3-142 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27334
タイトルPI 3-kinase alpha with nanobody 3-142
マップデータHuman PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alpha with nanobody 3-142 bound, Full map
試料
  • 複合体: Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alpha with nanobody 3-142 bound
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • リガンド: water
キーワードPhosphoinositide 3-kinase (PI3K) / activation / inhibition / nanobody / conformational changes / STRUCTURAL PROTEIN / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


perinuclear endoplasmic reticulum membrane / response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / response to L-leucine / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of actin filament organization / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / response to butyrate / positive regulation of focal adhesion disassembly ...perinuclear endoplasmic reticulum membrane / response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / response to L-leucine / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of actin filament organization / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / response to butyrate / positive regulation of focal adhesion disassembly / autosome genomic imprinting / IRS-mediated signalling / cellular response to hydrostatic pressure / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / interleukin-18-mediated signaling pathway / PI3K events in ERBB4 signaling / myeloid leukocyte migration / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / positive regulation of protein localization to membrane / Activated NTRK3 signals through PI3K / cis-Golgi network / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of fibroblast apoptotic process / cardiac muscle cell contraction / RHOF GTPase cycle / kinase activator activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / vasculature development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / RHOD GTPase cycle / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / regulation of cellular respiration / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / enzyme-substrate adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / anoikis / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / RND1 GTPase cycle / Costimulation by the CD28 family / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of leukocyte migration / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / MET activates PI3K/AKT signaling / RND2 GTPase cycle / PI3K/AKT activation / RND3 GTPase cycle / positive regulation of filopodium assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of stress fiber assembly / growth hormone receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase / insulin binding / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / RHOV GTPase cycle / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / negative regulation of cell-matrix adhesion / Signaling by ALK / RHOB GTPase cycle / negative regulation of macroautophagy / GP1b-IX-V activation signalling / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR2 / response to dexamethasone / RHOJ GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR4 / protein kinase activator activity / RHOC GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR1 / negative regulation of osteoclast differentiation / intracellular glucose homeostasis / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of anoikis / intercalated disc / T cell differentiation / RET signaling / regulation of multicellular organism growth / insulin receptor substrate binding / RHOG GTPase cycle / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / PI3K Cascade / RHOA GTPase cycle / positive regulation of TOR signaling / endothelial cell migration / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain ...PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Rho GTPase activation protein / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hart JR / Liu X / Pan C / Liang A / Ueno L / Xu Y / Quezada A / Zou X / Yang S / Zhou Q ...Hart JR / Liu X / Pan C / Liang A / Ueno L / Xu Y / Quezada A / Zou X / Yang S / Zhou Q / Schoonooghe S / Hassanzadeh-Ghassabeh G / Xia T / Shui W / Yang D / Vogt PK / Wang M-W
資金援助 米国, 中国, 15件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA197582 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R50 CA243899 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81872915 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073904 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973373 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971362 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171439 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21704064 中国
Other government2018ZX09735 001
Other government2018ZX09711002 002 005
Other government2021ZD0203400
Other government2018YFA0507000
Other privateNNCAS 2017 1 CC
Other privateZDKJ2021028
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Nanobodies and chemical cross-links advance the structural and functional analysis of PI3Kα.
著者: Jonathan R Hart / Xiao Liu / Chen Pan / Anyi Liang / Lynn Ueno / Yingna Xu / Alexandra Quezada / Xinyu Zou / Su Yang / Qingtong Zhou / Steve Schoonooghe / Gholamreza Hassanzadeh-Ghassabeh / ...著者: Jonathan R Hart / Xiao Liu / Chen Pan / Anyi Liang / Lynn Ueno / Yingna Xu / Alexandra Quezada / Xinyu Zou / Su Yang / Qingtong Zhou / Steve Schoonooghe / Gholamreza Hassanzadeh-Ghassabeh / Tian Xia / Wenqing Shui / Dehua Yang / Peter K Vogt / Ming-Wei Wang /
要旨: Nanobodies and chemical cross-linking were used to gain information on the identity and positions of flexible domains of PI3Kα. The application of chemical cross-linking mass spectrometry (CXMS) ...Nanobodies and chemical cross-linking were used to gain information on the identity and positions of flexible domains of PI3Kα. The application of chemical cross-linking mass spectrometry (CXMS) facilitated the identification of the p85 domains BH, cSH2, and SH3 as well as their docking positions on the PI3Kα catalytic core. Binding of individual nanobodies to PI3Kα induced activation or inhibition of enzyme activity and caused conformational changes that could be correlated with enzyme function. Binding of nanobody Nb3-126 to the BH domain of p85α substantially improved resolution for parts of the PI3Kα complex, and binding of nanobody Nb3-159 induced a conformation of PI3Kα that is distinct from known PI3Kα structures. The analysis of CXMS data also provided mechanistic insights into the molecular underpinning of the flexibility of PI3Kα.
履歴
登録2022年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27334.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alpha with nanobody 3-142 bound, Full map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-27.596758000000001 - 53.022342999999999
平均 (標準偏差)0.000000000004368 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 239.90399 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27334_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha...

ファイルemd_27334_half_map_1.map
注釈Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alpha with nanobody 3-142 bound, Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha...

ファイルemd_27334_half_map_2.map
注釈Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alpha with nanobody 3-142 bound, Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alph...

全体名称: Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alpha with nanobody 3-142 bound
要素
  • 複合体: Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alpha with nanobody 3-142 bound
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alph...

超分子名称: Human PI 3-kinase alpha complex composed of p110alpha and p85alpha with nanobody 3-142 bound
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit ...

分子名称: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.822578 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMP PRPSSGELWG IHLMPPRILV ECLLPNGMIV TLECLREATL ITIKHELFKE ARKYPLHQL LQDESSYIFV SVTQEAEREE FFDETRRLCD LRLFQPFLKV IEPVGNREEK ILNREIGFAI GMPVCEFDMV K DPEVQDFR ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMP PRPSSGELWG IHLMPPRILV ECLLPNGMIV TLECLREATL ITIKHELFKE ARKYPLHQL LQDESSYIFV SVTQEAEREE FFDETRRLCD LRLFQPFLKV IEPVGNREEK ILNREIGFAI GMPVCEFDMV K DPEVQDFR RNILNVCKEA VDLRDLNSPH SRAMYVYPPN VESSPELPKH IYNKLDKGQI IVVIWVIVSP NNDKQKYTLK IN HDCVPEQ VIAEAIRKKT RSMLLSSEQL KLCVLEYQGK YILKVCGCDE YFLEKYPLSQ YKYIRSCIML GRMPNLMLMA KES LYSQLP MDCFTMPSYS RRISTATPYM NGETSTKSLW VINSALRIKI LCATYVNVNI RDIDKIYVRT GIYHGGEPLC DNVN TQRVP CSNPRWNEWL NYDIYIPDLP RAARLCLSIC SVKGRKGAKE EHCPLAWGNI NLFDYTDTLV SGKMALNLWP VPHGL EDLL NPIGVTGSNP NKETPCLELE FDWFSSVVKF PDMSVIEEHA NWSVSREAGF SYSHAGLSNR LARDNELREN DKEQLK AIS TRDPLSEITE QEKDFLWSHR HYCVTIPEIL PKLLLSVKWN SRDEVAQMYC LVKDWPPIKP EQAMELLDCN YPDPMVR GF AVRCLEKYLT DDKLSQYLIQ LVQVLKYEQY LDNLLVRFLL KKALTNQRIG HFFFWHLKSE MHNKTVSQRF GLLLESYC R ACGMYLKHLN RQVEAMEKLI NLTDILKQEK KDETQKVQMK FLVEQMRRPD FMDALQGFLS PLNPAHQLGN LRLEECRIM SSAKRPLWLN WENPDIMSEL LFQNNEIIFK NGDDLRQDML TLQIIRIMEN IWQNQGLDLR MLPYGCLSIG DCVGLIEVVR NSHTIMQIQ CKGGLKGALQ FNSHTLHQWL KDKNKGEIYD AAIDLFTRSC AGYCVATFIL GIGDRHNSNI MVKDDGQLFH I DFGHFLDH KKKKFGYKRE RVPFVLTQDF LIVISKGAQE CTKTREFERF QEMCYKAYLA IRQHANLFIN LFSMMLGSGM PE LQSFDDI AYIRKTLALD KTEQEALEYF MKQMNDAHHG GWTTKMDWIF HTIKQHALN

UniProtKB: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform

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分子 #2: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha

分子名称: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.623203 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAEGYQYRAL YDYKKEREED IDLHLGDILT VNKGSLVALG FSDGQEARPE EIGWLNGYNE TTGERGDFPG TYVEYIGRKK ISPPTPKPR PPRPLPVAPG SSKTEADVEQ QALTLPDLAE QFAPPDIAPP LLIKLVEAIE KKGLECSTLY RTQSSSNLAE L RQLLDCDT ...文字列:
MAEGYQYRAL YDYKKEREED IDLHLGDILT VNKGSLVALG FSDGQEARPE EIGWLNGYNE TTGERGDFPG TYVEYIGRKK ISPPTPKPR PPRPLPVAPG SSKTEADVEQ QALTLPDLAE QFAPPDIAPP LLIKLVEAIE KKGLECSTLY RTQSSSNLAE L RQLLDCDT PSVDLEMIDV HVLADAFKRY LLDLPNPVIP AAVYSEMISL APEVQSSEEY IQLLKKLIRS PSIPHQYWLT LQ YLLKHFF KLSQTSSKNL LNARVLSEIF SPMLFRFSAA SSDNTENLIK VIEILISTEW NERQPAPALP PKPPKPTTVA NNG MNNNMS LQDAEWYWGD ISREEVNEKL RDTADGTFLV RDASTKMHGD YTLTLRKGGN NKLIKIFHRD GKYGFSDPLT FSSV VELIN HYRNESLAQY NPKLDVKLLY PVSKYQQDQV VKEDNIEAVG KKLHEYNTQF QEKSREYDRL YEEYTRTSQE IQMKR TAIE AFNETIKIFE EQCQTQERYS KEYIEKFKRE GNEKEIQRIM HNYDKLKSRI SEIIDSRRRL EEDLKKQAAE YREIDK RMN SIKPDLIQLR KTRDQYLMWL TQKGVRQKKL NEWLGNENTE DQYSLVEDDE DLPHHDEKTW NVGSSNRNKA ENLLRGK RD GTFLVRESSK QGCYACSVVV DGEVKHCVIN KTATGYGFAE PYNLYSSLKE LVLHYQHTSL VQHNDSLNVT LAYPVYAQ Q RR

UniProtKB: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 21 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7049901
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 739753
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7myn


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 43.84 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8dd4:
PI 3-kinase alpha with nanobody 3-142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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