+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27247 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM map of human IL-27 signaling complex: focused refinement on the interaction core region | |||||||||
マップデータ | IL27_complex_local_refined_map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / oncostatin-M-mediated signaling pathway / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway ...interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / oncostatin-M-mediated signaling pathway / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / regulation of isotype switching to IgG isotypes / ciliary neurotrophic factor receptor binding / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / response to Gram-positive bacterium / interleukin-11-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / positive regulation of platelet aggregation / negative regulation of interleukin-17 production / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / cytokine receptor activity / T-helper 1 type immune response / positive regulation of Notch signaling pathway / glycogen metabolic process / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / regulation of T cell proliferation / cytokine binding / growth factor binding / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / MAPK3 (ERK1) activation / negative regulation of interleukin-6 production / MAPK1 (ERK2) activation / humoral immune response / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of defense response to virus by host / coreceptor activity / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / response to cytokine / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / transmembrane signaling receptor activity / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou Y / Franklin MC | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structural insights into the assembly of gp130 family cytokine signaling complexes. 著者: Yi Zhou / Panayiotis E Stevis / Jing Cao / Kei Saotome / Jiaxi Wu / Arielle Glatman Zaretsky / Sokol Haxhinasto / George D Yancopoulos / Andrew J Murphy / Mark W Sleeman / William C Olson / Matthew C Franklin / 要旨: The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. ...The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. We determined cryo-electron microscopy structures of five signaling complexes of this family, containing full receptor ectodomains bound to their respective ligands ciliary neurotrophic factor, cardiotrophin-like cytokine factor 1 (CLCF1), leukemia inhibitory factor, IL-27, and IL-6. Our structures collectively reveal similarities and differences in the assembly of these complexes. The acute bends at both signaling receptors in all complexes bring the membrane-proximal domains to a ~30 angstrom range but with distinct distances and orientations. We also reveal how CLCF1 engages its secretion chaperone cytokine receptor-like factor 1. Our data provide valuable insights for therapeutically targeting gp130-mediated signaling. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27247.map.gz | 106.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-27247-v30.xml emd-27247.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27247.png | 50.3 KB | ||
その他 | emd_27247_half_map_1.map.gz emd_27247_half_map_2.map.gz | 194.4 MB 194.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27247 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27247 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27247_validation.pdf.gz | 1014.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_27247_full_validation.pdf.gz | 1014.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27247_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27247_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27247 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27247 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8d85MC 8d6aC 8d74C 8d7eC 8d7hC 8d7rC 8d82C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27247.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | IL27_complex_local_refined_map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: half map A for the local refined map
ファイル | emd_27247_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map A for the local_refined_map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B for the local refined map
ファイル | emd_27247_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map B for the local_refined_map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human IL-27 in complex with IL-27R alpha and gp130
全体 | 名称: Human IL-27 in complex with IL-27R alpha and gp130 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human IL-27 in complex with IL-27R alpha and gp130
超分子 | 名称: Human IL-27 in complex with IL-27R alpha and gp130 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Interleukin-27 subunit beta
分子 | 名称: Interleukin-27 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.338732 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: RKGPPAALTL PRVQCRASRY PIAVDCSWTL PPAPNSTSPV SFIATYRLGM AARGHSWPCL QQTPTSTSCT ITDVQLFSMA PYVLNVTAV HPWGSSSSFV PFITEHIIKP DPPEGVRLSP LAERQLQVQW EPPGSWPFPE IFSLKYWIRY KRQGAARFHR V GPIEATSF ...文字列: RKGPPAALTL PRVQCRASRY PIAVDCSWTL PPAPNSTSPV SFIATYRLGM AARGHSWPCL QQTPTSTSCT ITDVQLFSMA PYVLNVTAV HPWGSSSSFV PFITEHIIKP DPPEGVRLSP LAERQLQVQW EPPGSWPFPE IFSLKYWIRY KRQGAARFHR V GPIEATSF ILRAVRPRAR YYVQVAAQDL TDYGELSDWS LPATATMSLG K |
-分子 #2: Interleukin-27 subunit alpha
分子 | 名称: Interleukin-27 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.87773 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: FPRPPGRPQL SLQELRREFT VSLHLARKLL SEVRGQAHRF AESHLPGVNL YLLPLGEQLP DVSLTFQAWR RLSDPERLCF ISTTLQPFH ALLGGLGTQG RWTNMERMQL WAMRLDLRDL QRHLRFQVLA AGFNLPEEEE EEEEEEEEER KGLLPGALGS A LQGPAQVS ...文字列: FPRPPGRPQL SLQELRREFT VSLHLARKLL SEVRGQAHRF AESHLPGVNL YLLPLGEQLP DVSLTFQAWR RLSDPERLCF ISTTLQPFH ALLGGLGTQG RWTNMERMQL WAMRLDLRDL QRHLRFQVLA AGFNLPEEEE EEEEEEEEER KGLLPGALGS A LQGPAQVS WPQLLSTYRL LHSLELVLSR AVRELLLLSK AGHSVWPLGF PTLSPQPEQK LISEEDLGGE QKLISEEDLH HH HHH |
-分子 #3: Interleukin-27 receptor subunit alpha
分子 | 名称: Interleukin-27 receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 55.944184 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QGSAGPLQCY GVGPLGDLNC SWEPLGDLGA PSELHLQSQK YRSNKTQTVA VAAGRSWVAI PREQLTMSDK LLVWGTKAGQ PLWPPVFVN LETQMKPNAP RLGPDVDFSE DDPLEATVHW APPTWPSHKV LICQFHYRRC QEAAWTLLEP ELKTIPLTPV E IQDLELAT ...文字列: QGSAGPLQCY GVGPLGDLNC SWEPLGDLGA PSELHLQSQK YRSNKTQTVA VAAGRSWVAI PREQLTMSDK LLVWGTKAGQ PLWPPVFVN LETQMKPNAP RLGPDVDFSE DDPLEATVHW APPTWPSHKV LICQFHYRRC QEAAWTLLEP ELKTIPLTPV E IQDLELAT GYKVYGRCRM EKEEDLWGEW SPILSFQTPP SAPKDVWVSG NLCGTPGGEE PLLLWKAPGP CVQVSYKVWF WV GGRELSP EGITCCCSLI PSGAEWARVS AVNATSWEPL TNLSLVCLDS ASAPRSVAVS SIAGSTELLV TWQPGPGEPL EHV VDWARD GDPLEKLNWV RLPPGNLSAL LPGNFTVGVP YRITVTAVSA SGLASASSVW GFREELAPLV GPTLWRLQDA PPGT PAIAW GEVPRHQLRG HLTHYTLCAQ SGTSPSVCMN VSGNTQSVTL PDLPWGPCEL WVTASTIAGQ GPPGPILRLH LPDNT LRWK EQKLISEEDL GGEQKLISEE DLHHHHHH |
-分子 #4: Interleukin-6 receptor subunit beta
分子 | 名称: Interleukin-6 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 71.233203 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: ELLDPCGYIS PESPVVQLHS NFTAVCVLKE KCMDYFHVNA NYIVWKTNHF TIPKEQYTII NRTASSVTFT DIASLNIQLT CNILTFGQL EQNVYGITII SGLPPEKPKN LSCIVNEGKK MRCEWDGGRE THLETNFTLK SEWATHKFAD CKAKRDTPTS C TVDYSTVY ...文字列: ELLDPCGYIS PESPVVQLHS NFTAVCVLKE KCMDYFHVNA NYIVWKTNHF TIPKEQYTII NRTASSVTFT DIASLNIQLT CNILTFGQL EQNVYGITII SGLPPEKPKN LSCIVNEGKK MRCEWDGGRE THLETNFTLK SEWATHKFAD CKAKRDTPTS C TVDYSTVY FVNIEVWVEA ENALGKVTSD HINFDPVYKV KPNPPHNLSV INSEELSSIL KLTWTNPSIK SVIILKYNIQ YR TKDASTW SQIPPEDTAS TRSSFTVQDL KPFTEYVFRI RCMKEDGKGY WSDWSEEASG ITYEDRPSKA PSFWYKIDPS HTQ GYRTVQ LVWKTLPPFE ANGKILDYEV TLTRWKSHLQ NYTVNATKLT VNLTNDRYLA TLTVRNLVGK SDAAVLTIPA CDFQ ATHPV MDLKAFPKDN MLWVEWTTPR ESVKKYILEW CVLSDKAPCI TDWQQEDGTV HRTYLRGNLA ESKCYLITVT PVYAD GPGS PESIKAYLKQ APPSKGPTVR TKKVGKNEAV LEWDQLPVDV QNGFIRNYTI FYRTIIGNET AVNVDSSHTE YTLSSL TSD TLYMVRMAAY TDEGGKDGPE FTFTTPKFAQ GEIEEQKLIS EEDLGGEQKL ISEEDLHHHH HH |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 139752 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |