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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27156 | ||||||||||||
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タイトル | VWF tubule derived from monomeric D1-A1 | ||||||||||||
マップデータ | Single central bead, autosharpened in phenix, stitched into repeating unit of tubule. | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Weibel-Palade body / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Weibel-Palade body / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of intracellular signal transduction / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / integrin binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Anderson JR / Li J / Springer TA / Brown A | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Blood / 年: 2022 タイトル: Structures of VWF tubules before and after concatemerization reveal a mechanism of disulfide bond exchange. 著者: Jacob R Anderson / Jing Li / Timothy A Springer / Alan Brown / 要旨: von Willebrand factor (VWF) is an adhesive glycoprotein that circulates in the blood as disulfide-linked concatemers and functions in primary hemostasis. The loss of long VWF concatemers is ...von Willebrand factor (VWF) is an adhesive glycoprotein that circulates in the blood as disulfide-linked concatemers and functions in primary hemostasis. The loss of long VWF concatemers is associated with the excessive bleeding of type 2A von Willebrand disease (VWD). Formation of the disulfide bonds that concatemerize VWF requires VWF to self-associate into helical tubules, yet how the helical tubules template intermolecular disulfide bonds is not known. Here, we report electron cryomicroscopy (cryo-EM) structures of VWF tubules before and after intermolecular disulfide bond formation. The structures provide evidence that VWF tubulates through a charge-neutralization mechanism and that the A1 domain enhances tubule length by crosslinking successive helical turns. In addition, the structures reveal disulfide states before and after disulfide bond-mediated concatemerization. The structures and proposed assembly mechanism provide a foundation to rationalize VWD-causing mutations. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27156.map.gz | 122.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27156-v30.xml emd-27156.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27156_fsc.xml emd_27156_fsc_2.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27156.png | 67.6 KB | ||
その他 | emd_27156_half_map_1.map.gz emd_27156_half_map_2.map.gz | 193.3 MB 193.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27156 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27156 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27156_validation.pdf.gz | 745 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27156_full_validation.pdf.gz | 744.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27156_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27156_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27156 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27156 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27156.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Single central bead, autosharpened in phenix, stitched into repeating unit of tubule. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: 2 of 2 Half-Map of D1A1 monomeric composed VWF tubule.
ファイル | emd_27156_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 2 of 2 Half-Map of D1A1 monomeric composed VWF tubule. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 1 of 2 Half-Map of D1A1 monomeric composed VWF tubule.
ファイル | emd_27156_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 1 of 2 Half-Map of D1A1 monomeric composed VWF tubule. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Von Willebrand Factor tubule derived from monomeric D1-A1
全体 | 名称: Von Willebrand Factor tubule derived from monomeric D1-A1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Von Willebrand Factor tubule derived from monomeric D1-A1
超分子 | 名称: Von Willebrand Factor tubule derived from monomeric D1-A1 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Expi293 |
分子量 | 理論値: 12.4 kDa/nm |
-分子 #1: von Willebrand factor
分子 | 名称: von Willebrand factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 162.300984 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MIPARFAGVL LALALILPGT LCAEGTRGRS STARCSLFGS DFVNTFDGSM YSFAGYCSYL LAGGCQKRSF SIIGDFQNGK RVSLSVYLG EFFDIHLFVN GTVTQGDQRV SMPYASKGLY LETEAGYYKL SGEAYGFVAR IDGSGNFQVL LSDRYFNKTC G LCGNFNIF ...文字列: MIPARFAGVL LALALILPGT LCAEGTRGRS STARCSLFGS DFVNTFDGSM YSFAGYCSYL LAGGCQKRSF SIIGDFQNGK RVSLSVYLG EFFDIHLFVN GTVTQGDQRV SMPYASKGLY LETEAGYYKL SGEAYGFVAR IDGSGNFQVL LSDRYFNKTC G LCGNFNIF AEDDFMTQEG TLTSDPYDFA NSWALSSGEQ WCERASPPSS SCNISSGEMQ KGLWEQCQLL KSTSVFARCH PL VDPEPFV ALCEKTLCEC AGGLECACPA LLEYARTCAQ EGMVLYGWTD HSACSPVCPA GMEYRQCVSP CARTCQSLHI NEM CQERCV DGCSCPEGQL LDEGLCVEST ECPCVHSGKR YPPGTSLSRD CNTCICRNSQ WICSNEECPG ECLVTGQSHF KSFD NRYFT FSGICQYLLA RDCQDHSFSI VIETVQCADD RDAVCTRSVT VRLPGLHNSL VKLKHGAGVA MDGQDVQLPL LKGDL RIQH TVTASVRLSY GEDLQMDWDG RGRLLVKLSP VYAGKTCGLC GNYNGNQGDD FLTPSGLAEP RVEDFGNAWK LHGDCQ DLQ KQHSDPCALN PRMTRFSEEA CAVLTSPTFE ACHRAVSPLP YLRNCRYDVC SCSDGRECLC GALASYAAAC AGRGVRV AW REPGRCELNC PKGQVYLQCG TPCNLTCRSL SYPDEECNEA CLEGCFCPPG LYMDERGDCV PKAQCPCYYD GEIFQPED I FSDHHTMCYC EDGFMHCTMS GVPGSLLPDA VLSSPLSHAS ASLSCRPPMV KLVCPADNLR AEGLECAKTC QNYDLECMS MGCVSGCLCP PGMVRHENRC VALERCPCFH QGKEYAPGET VKIGCNTCVC RDRKWNCTDH VCDATCSTIG MAHYLTFDGL KYLFPGECQ YVLVQDYCGS NPGTFRILVG NKGCSHPSVK CKKRVTILVE GGEIELFDGE VNVKRPMKDE THFEVVESGR Y IILLLGKA LSVVWDRHLS ISVVLKQTYQ EKVCGLCGNF DGIQNNDLTS SNLQVEEDPV DFGNSWKVSS QCADTRKVPL DS SPATCHN NIMKQTMVDS SCRILTSDVF QDCNKLVDPE PYLDVCIYDT CSCESIGDCA CFCDTIAAYA HVCAQHGKVV TWR TATLCP QSCEERNLRE NGYECEWRYN SCAPACQVTC QHPEPLACPV QCVEGCHAHC PPGKILDELL QTCVDPEDCP VCEV AGRRF ASGKKVTLNP SDPEHCQICH CDVVNLTCEA CQEPGGLVVP PTDAPVSPTT LYVEDISEPP LHDFYCSRLL DLVFL LDGS SRLSEAEFEV LKAFVVDMME RLRISQKWVR VAVVEYHDGS HAYIGLKDRK RPSELRRIAS QVKYAGSQVA STSEVL KYT LFQIFSKIDR PEASRIALLL MASQEPQRMS RNFVRYVQGL KKKKVIVIPV GIGPHANLKQ IRLIEKQAPE NKAFVLS SV DELEQQRDEI VSYLCDLAPE AHHHHHH |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 48 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 80 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 5.2 構成要素:
詳細: 100 mM Sodium Cacodylate at pH 5.2, 10 mM CaCl2, and 100 mM NaCl. | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-8d3c: |