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- EMDB-27128: hBest2 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27128
タイトルhBest2 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state
マップデータ
試料
  • 複合体: hBest2 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin-2
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water
キーワードIon channel / chloride channel / anion channel / pentamer / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellularly ligand-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated monoatomic anion channel activity / bicarbonate channel activity / chloride channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / membrane depolarization / chloride channel complex / Stimuli-sensing channels / cilium / sensory perception of smell ...intracellularly ligand-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated monoatomic anion channel activity / bicarbonate channel activity / chloride channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / membrane depolarization / chloride channel complex / Stimuli-sensing channels / cilium / sensory perception of smell / basolateral plasma membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bestrophin / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Owji AP / Kittredge A / Hendrickson WA / Tingting Y
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY030763-03 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107462-08 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)GM127652-06 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures and gating mechanisms of human bestrophin anion channels.
著者: Aaron P Owji / Jiali Wang / Alec Kittredge / Zada Clark / Yu Zhang / Wayne A Hendrickson / Tingting Yang /
要旨: Bestrophin-1 (Best1) and bestrophin-2 (Best2) are two members of the bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels with critical involvement in ocular physiology and direct ...Bestrophin-1 (Best1) and bestrophin-2 (Best2) are two members of the bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels with critical involvement in ocular physiology and direct pathological relevance. Here, we report cryo-EM structures of wild-type human Best1 and Best2 in various states at up to 1.8 Å resolution. Ca-bound Best1 structures illustrate partially open conformations at the two Ca-dependent gates of the channels, in contrast to the fully open conformations observed in Ca-bound Best2, which is in accord with the significantly smaller currents conducted by Best1 in electrophysiological recordings. Comparison of the closed and open states reveals a C-terminal auto-inhibitory segment (AS), which constricts the channel concentrically by wrapping around the channel periphery in an inter-protomer manner and must be released to allow channel opening. Our results demonstrate that removing the AS from Best1 and Best2 results in truncation mutants with similar activities, while swapping the AS between Best1 and Best2 results in chimeric mutants with swapped activities, underlying a key role of the AS in determining paralog specificity among bestrophins.
履歴
登録2022年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27128.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.39 Å/pix.
x 288 pix.
= 112.879 Å		0.39 Å/pix.
x 288 pix.
= 112.879 Å		0.39 Å/pix.
x 288 pix.
= 112.879 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.39194 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-5.6278462 - 20.913989999999998
平均 (標準偏差)-0.000000000167232 (±0.6276579)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 112.87872 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Full map

ファイルemd_27128_additional_1.map
注釈Full map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27128_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27128_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : hBest2 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state

全体名称: hBest2 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state
要素
  • 複合体: hBest2 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin-2
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: hBest2 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state

超分子名称: hBest2 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 234 KDa

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分子 #1: Bestrophin-2

分子名称: Bestrophin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.796898 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTVTYTARVA NARFGGFSQL LLLWRGSIYK LLWRELLCFL GFYMALSAAY RFVLTEGQKR YFEKLVIYCD QYASLIPVSF VLGFYVTLV VNRWWSQYLC MPLPDALMCV VAGTVHGRDD RGRLYRRTLM RYAGLSAVLI LRSVSTAVFK RFPTIDHVVE A GFMTREER ...文字列:
MTVTYTARVA NARFGGFSQL LLLWRGSIYK LLWRELLCFL GFYMALSAAY RFVLTEGQKR YFEKLVIYCD QYASLIPVSF VLGFYVTLV VNRWWSQYLC MPLPDALMCV VAGTVHGRDD RGRLYRRTLM RYAGLSAVLI LRSVSTAVFK RFPTIDHVVE A GFMTREER KKFENLNSSY NKYWVPCVWF SNLAAQARRE GRIRDNSALK LLLEELNVFR GKCGMLFHYD WISVPLVYTQ VV TIALYSY FLACLIGRQF LDPAQGYKDH DLDLCVPIFT LLQFFFYAGW LKVAEQLINP FGEDDDDFET NFLIDRNFQV SML AVDEMY DDLAVLEKDL YWDAAEARAP YTAATVFQLR QPSFQGSTFD ITLAKEDMQF QRLDGLDGPM GEAPGDFLQR LLPA GAGMV A

UniProtKB: Bestrophin-2a

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13...

分子名称: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: DU0
分子量理論値: 516.752 Da
Chemical component information

ChemComp-DU0:
2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol

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分子 #4: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 50 / 式: MC3
分子量理論値: 677.933 Da
Chemical component information

ChemComp-MC3:
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #5: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 665 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
40.0 mM(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
0.005 %glyco-diosgenin
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細hBest2 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 5114 / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3419200
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 602194
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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