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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27070 | |||||||||
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タイトル | apo form Cryo-EM structure of Campylobacter jejune ketol-acid reductoisommerase crosslinked by Glutaraldehyde | |||||||||
マップデータ | Campylobacter jejune ketol-acid reductoisommerase crosslinked by Glutaraldehyde | |||||||||
試料 |
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キーワード | ketol-acid reductoisomerase / Isomerase / enzyme stability / dodecamer / branched-chain amino acid | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / isomerase activity / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng S / Guddat LW | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Appl Biosci / 年: 2022 タイトル: Enhancing the Thermal and Kinetic Stability of Ketol-Acid Reductoisomerase, a Central Catalyst of a Cell-Free Enzyme Cascade for the Manufacture of Platform Chemicals 著者: Lv Y / Zheng S / Goldenzweig A / Liu F / Gao Y / Yang X / Kandale A / McGeary RP / Williams S / Kobe B / Schembri MA / Landsberg MJ / Wu B / Bruck TB / Sieber V / Boden M / Rao Z / Fleishman ...著者: Lv Y / Zheng S / Goldenzweig A / Liu F / Gao Y / Yang X / Kandale A / McGeary RP / Williams S / Kobe B / Schembri MA / Landsberg MJ / Wu B / Bruck TB / Sieber V / Boden M / Rao Z / Fleishman SJ / Schenk G / Guddat LW | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27070.map.gz | 323.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27070-v30.xml emd-27070.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27070.png | 107.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27070.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_27070_half_map_1.map.gz emd_27070_half_map_2.map.gz | 318.4 MB 318.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27070 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27070 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27070_validation.pdf.gz | 973.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27070_full_validation.pdf.gz | 973.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27070_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27070_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27070 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27070 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cy8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27070.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Campylobacter jejune ketol-acid reductoisommerase crosslinked by Glutaraldehyde | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_27070_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_27070_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase
全体 | 名称: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase |
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要素 |
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-超分子 #1: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase
超分子 | 名称: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター) |
分子量 | 理論値: 450 kDa/nm |
-分子 #1: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
分子 | 名称: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター) |
分子量 | 理論値: 35.665953 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ITVYYDKDCD LNLIKSKKVA IIGFGSQGHA HAMNLRDNGV NVTIGLREGS VSAVKAKNAG FEVMSVSEAS KIADVIMILA PDEIQADIF NVEIKPNLSE GKAIAFAHGF NIHYGQIVVP KGVDVIMIAP KAPGHTVRNE FTLGGGTPCL IAIHQDESKN A KNLALSYA ...文字列: ITVYYDKDCD LNLIKSKKVA IIGFGSQGHA HAMNLRDNGV NVTIGLREGS VSAVKAKNAG FEVMSVSEAS KIADVIMILA PDEIQADIF NVEIKPNLSE GKAIAFAHGF NIHYGQIVVP KGVDVIMIAP KAPGHTVRNE FTLGGGTPCL IAIHQDESKN A KNLALSYA SAIGGGRTGI IETTFKAETE TDLFGEQAVL CGGLSALIQA GFETLVEAGY EPEMAYFECL HEMKLIVDLI YQ GGIADMR YSISNTAEYG DYITGPKIIT EETKKAMKGV LKDIQNGVFA KDFILERRAG FARMHAERKN MNDSLIEKTG RNL RAMMPW IS UniProtKB: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) |
-分子 #2: PENTANEDIAL
分子 | 名称: PENTANEDIAL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: PTD |
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分子量 | 理論値: 100.116 Da |
Chemical component information | ChemComp-PTD: |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 74899 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |