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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26999 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the T-pilus from Agrobacterium tumefaciens | |||||||||
マップデータ | T-pilus | |||||||||
試料 |
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キーワード | conjugation / VirB2 / type IV secretion system / pili / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Conjugal transfer TrbC/type IV secretion VirB2 / TrbC/VIRB2 pilin / type IV secretion system complex / protein secretion by the type IV secretion system / cell outer membrane / Protein virB2 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) / Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Bui KH / Black CS | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the Agrobacterium tumefaciens T-pilus reveals the importance of positive charges in the lumen. 著者: Jaafar Amro / Corbin Black / Zakaria Jemouai / Nathan Rooney / Caroline Daneault / Natalie Zeytuni / Matthieu Ruiz / Khanh Huy Bui / Christian Baron / 要旨: Agrobacterium tumefaciens is a natural genetic engineer that transfers DNA into plants, which is the most applied process for generation of genetically modified plants. DNA transfer is mediated by a ...Agrobacterium tumefaciens is a natural genetic engineer that transfers DNA into plants, which is the most applied process for generation of genetically modified plants. DNA transfer is mediated by a type IV secretion system in the cell envelope and extracellular T-pili. We here report the cryo-electron microscopic structures of the T-pilus at 3.2-Å resolution and of the plasmid pKM101-determined N-pilus at 3-Å resolution. Both pili contain a main pilus protein (VirB2 in A. tumefaciens, TraM in pKM101) and phospholipids arranged in a five-start helical assembly. They contain positively charged amino acids in the lumen, and the lipids are positively charged in the T-pilus (phosphatidylcholine) conferring overall positive charge. Mutagenesis of the lumen-exposed Arg91 in VirB2 results in protein destabilization and loss of pilus formation. Our results reveal that different phospholipids can be incorporated into type IV secretion pili and that the charge of the lumen may be of functional importance. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26999.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26999-v30.xml emd-26999.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26999.png | 110.3 KB | ||
マスクデータ | emd_26999_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26999.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_26999_half_map_1.map.gz emd_26999_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26999 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26999 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26999_validation.pdf.gz | 1001.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26999_full_validation.pdf.gz | 1001 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26999_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26999_validation.cif.gz | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26999 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26999 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cueMC 8cw4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26999.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | T-pilus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26999_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_26999_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_26999_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens.
全体 | 名称: T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens. |
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要素 |
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-超分子 #1: T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens.
超分子 | 名称: T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) |
分子量 | 理論値: 24.7 kDa/nm |
-分子 #1: Protein virB2
分子 | 名称: Protein virB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 70 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 12.326439 KDa |
配列 | 文字列: MRCFERYRVH LNRLSLSNAV MRMVSGYAPS VVGAMGWSIF SSGPAAAQSA GGGTDPATMV NNICTFILGP FGQSLAVLGI VAIGISWMF GRASLGLVAG VVGGIVIMFG ASFLGKTLTG GG UniProtKB: Protein virB2 |
-分子 #2: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 70 / 式: CPL |
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分子量 | 理論値: 758.06 Da |
Chemical component information | ChemComp-CPL: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 uL of the sample was repeatedly applied and manually blotted three times using the multiple blotting technique prior to the Vitrobot step to increase the concentration of pili.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 615500 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8cue: |