+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26916 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Local refinement of RhAG-RhCE-ANK1(AR1-5), from consensus refinement of all classes | |||||||||
マップデータ | Main map used for model building/refinement. Density modified and cropped using phenix.resolve_cryo_em, resampled on fine grid using relion_image_handler. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Membrane Protein / Anion Exchange / Erythrocyte / Glycoprotein / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylammonium transmembrane transport / Defective RHAG causes regulator type Rh-null hemolytic anemia (RHN) / Rhesus blood group biosynthesis / methylammonium transmembrane transporter activity / Rhesus glycoproteins mediate ammonium transport / carbon dioxide transmembrane transport / carbon dioxide transmembrane transporter activity / ammonium homeostasis / spectrin-associated cytoskeleton / positive regulation of organelle organization ...methylammonium transmembrane transport / Defective RHAG causes regulator type Rh-null hemolytic anemia (RHN) / Rhesus blood group biosynthesis / methylammonium transmembrane transporter activity / Rhesus glycoproteins mediate ammonium transport / carbon dioxide transmembrane transport / carbon dioxide transmembrane transporter activity / ammonium homeostasis / spectrin-associated cytoskeleton / positive regulation of organelle organization / leak channel activity / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / NrCAM interactions / Neurofascin interactions / ammonium transmembrane transport / intracellular monoatomic ion homeostasis / ammonium channel activity / ankyrin-1 complex / CHL1 interactions / cytoskeletal anchor activity / bicarbonate transport / M band / inorganic cation transmembrane transport / Interaction between L1 and Ankyrins / ankyrin binding / spectrin binding / exocytosis / axolemma / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / erythrocyte development / COPI-mediated anterograde transport / cytoskeleton organization / sarcoplasmic reticulum / protein localization to plasma membrane / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / sarcolemma / Z disc / structural constituent of cytoskeleton / cytoplasmic side of plasma membrane / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / ATPase binding / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / neuron projection / structural molecule activity / enzyme binding / signal transduction / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.17 Å | |||||||||
データ登録者 | Vallese F / Kim K / Yen LY / Johnston JD / Noble AJ / Cali T / Clarke OB | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Architecture of the human erythrocyte ankyrin-1 complex. 著者: Francesca Vallese / Kookjoo Kim / Laura Y Yen / Jake D Johnston / Alex J Noble / Tito Calì / Oliver Biggs Clarke / 要旨: The stability and shape of the erythrocyte membrane is provided by the ankyrin-1 complex, but how it tethers the spectrin-actin cytoskeleton to the lipid bilayer and the nature of its association ...The stability and shape of the erythrocyte membrane is provided by the ankyrin-1 complex, but how it tethers the spectrin-actin cytoskeleton to the lipid bilayer and the nature of its association with the band 3 anion exchanger and the Rhesus glycoproteins remains unknown. Here we present structures of ankyrin-1 complexes purified from human erythrocytes. We reveal the architecture of a core complex of ankyrin-1, the Rhesus proteins RhAG and RhCE, the band 3 anion exchanger, protein 4.2, glycophorin A and glycophorin B. The distinct T-shaped conformation of membrane-bound ankyrin-1 facilitates recognition of RhCE and, unexpectedly, the water channel aquaporin-1. Together, our results uncover the molecular details of ankyrin-1 association with the erythrocyte membrane, and illustrate the mechanism of ankyrin-mediated membrane protein clustering. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26916.map.gz | 66.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-26916-v30.xml emd-26916.xml | 34.7 KB 34.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26916_fsc.xml | 15.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26916.png | 67.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26916.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_26916_additional_1.map.gz emd_26916_additional_2.map.gz emd_26916_additional_3.map.gz emd_26916_additional_4.map.gz emd_26916_half_map_1.map.gz emd_26916_half_map_2.map.gz | 322.5 MB 322.5 MB 607.3 KB 328 MB 64.8 MB 64.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26916 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26916 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26916_validation.pdf.gz | 937.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_26916_full_validation.pdf.gz | 937 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26916_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26916_validation.cif.gz | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26916 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26916 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uzqMC 7uz3C 7uzeC 7uzsC 7uzuC 7uzvC 7v07C 7v0kC 7v0mC 7v0qC 7v0sC 7v0tC 7v0uC 7v0xC 7v0yC 7v19C 8crqC 8crrC 8crtC 8cs9C 8cslC 8csvC 8cswC 8csxC 8csyC 8ct2C 8ct3C 8cteC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26916.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 71.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Main map used for model building/refinement. Density modified and cropped using phenix.resolve_cryo_em, resampled on fine grid using relion_image_handler. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.415 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Half map 1 (unmodified)
ファイル | emd_26916_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 (unmodified) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map 2 (unmodified)
ファイル | emd_26916_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 (unmodified) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Mask used for FSC calculation.
ファイル | emd_26916_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Mask used for FSC calculation. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened original map (B=52.5)
ファイル | emd_26916_additional_4.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened original map (B=52.5) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 (cropped and resampled).
ファイル | emd_26916_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 (cropped and resampled). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 (cropped and resampled).
ファイル | emd_26916_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 (cropped and resampled). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ankyrin complex mixture purified from digitonin-solubilized eryth...
全体 | 名称: Ankyrin complex mixture purified from digitonin-solubilized erythrocyte ghost membranes |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ankyrin complex mixture purified from digitonin-solubilized eryth...
超分子 | 名称: Ankyrin complex mixture purified from digitonin-solubilized erythrocyte ghost membranes タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Particle set isolated by 3D classification from mixture mostly containing ankyrin complexes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Blood / 組織: Erythrocytes / 細胞中の位置: Plasma membrane |
-分子 #1: Blood group Rh(CE) polypeptide
分子 | 名称: Blood group Rh(CE) polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Blood / 組織: Erythrocytes |
分子量 | 理論値: 45.598918 KDa |
配列 | 文字列: MSSKYPRSVR RCLPLWALTL EAALILLFYF FTHYDASLED QKGLVASYQV GQDLTVMAAL GLGFLTSNFR RHSWSSVAFN LFMLALGVQ WAILLDGFLS QFPPGKVVIT LFSIRLATMS AMSVLISAGA VLGKVNLAQL VVMVLVEVTA LGTLRMVISN I FNTDYHMN ...文字列: MSSKYPRSVR RCLPLWALTL EAALILLFYF FTHYDASLED QKGLVASYQV GQDLTVMAAL GLGFLTSNFR RHSWSSVAFN LFMLALGVQ WAILLDGFLS QFPPGKVVIT LFSIRLATMS AMSVLISAGA VLGKVNLAQL VVMVLVEVTA LGTLRMVISN I FNTDYHMN LRHFYVFAAY FGLTVAWCLP KPLPKGTEDN DQRATIPSLS AMLGALFLWM FWPSVNSPLL RSPIQRKNAM FN TYYALAV SVVTAISGSS LAHPQRKISM TYVHSAVLAG GVAVGTSCHL IPSPWLAMVL GLVAGLISIG GAKCLPVCCN RVL GIHHIS VMHSIFSLLG LLGEITYIVL LVLHTVWNGN GMIGFQVLLS IGELSLAIVI ALTSGLLTGL LLNLKIWKAP HVAK YFDDQ VFWKFPHLAV GF UniProtKB: Blood group Rh(CE) polypeptide |
-分子 #2: Ammonium transporter Rh type A
分子 | 名称: Ammonium transporter Rh type A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Blood / 組織: Erythrocytes |
分子量 | 理論値: 44.229629 KDa |
配列 | 文字列: MRFTFPLMAI VLEIAMIVLF GLFVEYETDQ TVLEQLNITK PTDMGIFFEL YPLFQDVHVM IFVGFGFLMT FLKKYGFSSV GINLLVAAL GLQWGTIVQG ILQSQGQKFN IGIKNMINAD FSAATVLISF GAVLGKTSPT QMLIMTILEI VFFAHNEYLV S EIFKASDI ...文字列: MRFTFPLMAI VLEIAMIVLF GLFVEYETDQ TVLEQLNITK PTDMGIFFEL YPLFQDVHVM IFVGFGFLMT FLKKYGFSSV GINLLVAAL GLQWGTIVQG ILQSQGQKFN IGIKNMINAD FSAATVLISF GAVLGKTSPT QMLIMTILEI VFFAHNEYLV S EIFKASDI GASMTIHAFG AYFGLAVAGI LYRSGLRKGH ENEESAYYSD LFAMIGTLFL WMFWPSFNSA IAEPGDKQCR AI VNTYFSL AACVLTAFAF SSLVEHRGKL NMVHIQNATL AGGVAVGTCA DMAIHPFGSM IIGSIAGMVS VLGYKFLTPL FTT KLRIHD TCGVHNLHGL PGVVGGLAGI VAVAMGASNT SMAMQAAALG SSIGTAVVGG LMTGLILKLP LWGQPSDQNC YDDS VYWKV PKTR UniProtKB: Ammonium transporter Rh type A |
-分子 #3: Ankyrin-1
分子 | 名称: Ankyrin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Blood / 組織: Erythrocytes |
分子量 | 理論値: 21.760494 KDa |
配列 | 文字列: MPYSVGFREA DAATSFLRAA RSGNLDKALD HLRNGVDINT CNQNGLNGLH LASKEGHVKM VVELLHKEII LETTTKKGNT ALHIAALAG QDEVVRELVN YGANVNAQSQ KGFTPLYMAA QENHLEVVKF LLENGANQNV ATEDGFTPLA VALQQGHENV V AHLINYGT ...文字列: MPYSVGFREA DAATSFLRAA RSGNLDKALD HLRNGVDINT CNQNGLNGLH LASKEGHVKM VVELLHKEII LETTTKKGNT ALHIAALAG QDEVVRELVN YGANVNAQSQ KGFTPLYMAA QENHLEVVKF LLENGANQNV ATEDGFTPLA VALQQGHENV V AHLINYGT KGKVRLPALH IAARNDDTRT AAVLLQNDPN PDV UniProtKB: Ankyrin-1 |
-分子 #4: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CLR |
---|---|
分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #5: Digitonin
分子 | 名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: AJP |
---|---|
分子量 | 理論値: 1.229312 KDa |
Chemical component information | ChemComp-AJP: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 235 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL and 0.01% ( w/v ...詳細: Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL and 0.01% ( w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4-6 seconds, wait time 30 seconds. |
詳細 | Ankyrin complex mixture purified from digitonin-solubilized erythrocyte ghost membranes |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 14464 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 / 詳細: Two grids were imaged in a single session. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |