[日本語] English
万見
- EMDB-26856: Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26856
タイトルHuman tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG
マップデータ
試料
  • 複合体: Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
    • RNA: RNA (78-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードsplicing endonuclease / pre-tRNA / TSEN / EndA / SPLICING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome ...tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome / nucleolus / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease ...tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Stanley RE / Hayne CK
資金援助 米国, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA ES103247 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIC ES102488 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIC ES103206 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIC ES102487 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZI ES043010 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIC ES103326 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1K99-GM143534 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM136435 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for pre-tRNA recognition and processing by the human tRNA splicing endonuclease complex.
著者: Cassandra K Hayne / Kevin John U Butay / Zachary D Stewart / Juno M Krahn / Lalith Perera / Jason G Williams / Robert M Petrovitch / Leesa J Deterding / A Gregory Matera / Mario J Borgnia / Robin E Stanley /
要旨: Throughout bacteria, archaea and eukarya, certain tRNA transcripts contain introns. Pre-tRNAs with introns require splicing to form the mature anticodon stem loop. In eukaryotes, tRNA splicing is ...Throughout bacteria, archaea and eukarya, certain tRNA transcripts contain introns. Pre-tRNAs with introns require splicing to form the mature anticodon stem loop. In eukaryotes, tRNA splicing is initiated by the heterotetrameric tRNA splicing endonuclease (TSEN) complex. All TSEN subunits are essential, and mutations within the complex are associated with a family of neurodevelopmental disorders known as pontocerebellar hypoplasia (PCH). Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human TSEN-pre-tRNA complex. These structures reveal the overall architecture of the complex and the extensive tRNA binding interfaces. The structures share homology with archaeal TSENs but contain additional features important for pre-tRNA recognition. The TSEN54 subunit functions as a pivotal scaffold for the pre-tRNA and the two endonuclease subunits. Finally, the TSEN structures enable visualization of the molecular environments of PCH-causing missense mutations, providing insight into the mechanism of pre-tRNA splicing and PCH.
履歴
登録2022年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26856.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26856.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.9692672 - 3.1446855
平均 (標準偏差)0.000710873 (±0.051796015)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 298.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_26856_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_26856_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG

全体名称: Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG
要素
  • 複合体: Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
    • RNA: RNA (78-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG

超分子名称: Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 203 KDa

-
分子 #1: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-intron lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.941316 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMLVVEVA NGRSLVWGAE AVQALRERLG VGGRTVGALP RGPRQNSRL GLPLLLMPEE ARLLAEIGAV TLVSAPRPDS RHHSLALTSF KRQQEESFQE QSALAAEARE TRRQELLEKI T EGQAAKKQ ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMLVVEVA NGRSLVWGAE AVQALRERLG VGGRTVGALP RGPRQNSRL GLPLLLMPEE ARLLAEIGAV TLVSAPRPDS RHHSLALTSF KRQQEESFQE QSALAAEARE TRRQELLEKI T EGQAAKKQ KLEQASGASS SQEAGSSQAA KEDETSDGQA SGEQEEAGPS SSQAGPSNGV APLPRSALLV QLATARPRPV KA RPLDWRV QSKDWPHAGR PAHELRYSIY RDLWERGFFL SAAGKFGGDF LVAPGDPLRF AAHYIAQCWA PEDTIPLQDL VAA GRLGTS VRATLLLCSP QPDGKVVYTS LQWASL

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

-
分子 #2: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.996619 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEERGDSEPT PGCSGLGPGG VRGFGDGGGA PSWAPEDAWM GTHPKYLEMM ELDIGDATQV YVAFLVYLDL MESKSWHEVN CVGLPELQL ICLVGTEIEG EGLQTVVPTP ITASLSHNRI REILKASRKL QGDPDLPMSF TLAIVESDST IVYYKLTDGF M LPDPQNIS LRRGPEQKLI SEEDL

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

-
分子 #3: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-intron lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.352961 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEAVFHAPK RKRRVYETYE SPLPIPFGQD HGPLKEFKIF RAEMINNNVI VRNAEDIEQL YGKGYFGKGI LSRSRPSFTI SDPKLVAKW KDMKTNMPII TSKRYQHSVE WAAELMRRQG QDESTVRRIL KDYTKPLEHP PVKRNEEAQV HDKLNSGMVS N MEGTAGGE ...文字列:
MAEAVFHAPK RKRRVYETYE SPLPIPFGQD HGPLKEFKIF RAEMINNNVI VRNAEDIEQL YGKGYFGKGI LSRSRPSFTI SDPKLVAKW KDMKTNMPII TSKRYQHSVE WAAELMRRQG QDESTVRRIL KDYTKPLEHP PVKRNEEAQV HDKLNSGMVS N MEGTAGGE RPSVVNGDSG KSGGVGDPRE PLGCLQEGSG CHPTTESFEK SVREDASPLP HVCCCKQDAL ILQRGLHHED GS QHIGLLH PGDRGPDHEY VLVEEAECAM SEREAAPNEE LVQRNRLICR RNPYRIFEYL QLSLEEAFFL VYALGCLSIY YEK EPLTIV KLWKAFTVVQ PTFRTTYMAY HYFRSKGWVP KVGLKYGTDL LLARKGPPFY AASYSVIIEL VDDHFEGSLR RPLS WKSLA ALSRVSVNVS AELMLCYLIK PSTMTDKEME SPECMKRIKV QEVILSRWVS SRERSDQDDL DYKDDDDKGF WSHPQ FEK

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

-
分子 #4: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.863391 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEPEPEPAAV EVPAGRVLSA RELFAARSRS QKLPQRSHGP KDFLPDGSAA QAERLRRCRE ELWQLLAEQR VERLGSLVAA EWRPEEGFV ELKSPAGKFW QTMGFSEQGR QRLHPEEALY LLECGSIHLF HQDLPLSIQE AYQLLLTDHT VTFLQYQVFS H LKRLGYVV ...文字列:
MEPEPEPAAV EVPAGRVLSA RELFAARSRS QKLPQRSHGP KDFLPDGSAA QAERLRRCRE ELWQLLAEQR VERLGSLVAA EWRPEEGFV ELKSPAGKFW QTMGFSEQGR QRLHPEEALY LLECGSIHLF HQDLPLSIQE AYQLLLTDHT VTFLQYQVFS H LKRLGYVV RRFQPSSVLS PYERQLNLDA SVQHLEDGDG KRKRSSSSPR SINKKAKALD NSLQPKSLAA SSPPPCSQPS QC PEEKPQE SSPMKGPGGP FQLLGSLGPS PGPAREGVGC SWESGRAENG VTGAGKRRWN FEQISFPNMA SDSRHTLLRA PAP ELLPAN VAGRETDAES WCQKLNQRKE KLSRREREHH AEAAQFQEDV NADPEVQRCS SWREYKELLQ RRQVQRSQRR APHL WGQPV TPLLSPGQAS SPAVVLQHIS VLQTTHLPDG GARLLEKSGG LEIIFDVYQA DAVATFRKNN PGKPYARMCI SGFDE PVPD LCSLKRLSYQ SGDVPLIFAL VDHGDISFYS FRDFTLPQDV GHQAYVEQKL ISEEDLNSAV DHHHHHH

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

-
分子 #5: RNA (78-MER)

分子名称: RNA (78-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 28.440879 KDa
配列文字列:
GGCUCUGUGG CGCAAUGGAU AGCGCAUUGG ACUUCUAGUG ACGAAUAGAG CAAUUCAAAG GUUGUGGGUU CGAAUCCCAC CAGAGUCG

GENBANK: GENBANK: Z26635.1

-
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 45000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
電子顕微鏡法 #1~

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

Image recording ID2
粒子像選択選択した数: 570104
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6z9u


詳細: Used alphafold models and 6Z9U to dock in prior to refinements
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 152031
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る