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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26832 | |||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of E. coli Transcription-Coupled Ribonucleotide Excision Repair (TC-RER) complex bound to ribonucleotide substrate | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription-coupled RER / TRANSCRIPTION / TRANSFERASE-HYDROLASE-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / mismatch repair ...ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / mismatch repair / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / manganese ion binding / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Hao ZT / Grower M / Bharati B / Proshkin S / Epshtein V / Svetlov V / Nudler E / Shamovsky I | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: RNA polymerase drives ribonucleotide excision DNA repair in E. coli. 著者: Zhitai Hao / Manjunath Gowder / Sergey Proshkin / Binod K Bharati / Vitaly Epshtein / Vladimir Svetlov / Ilya Shamovsky / Evgeny Nudler / 要旨: Ribonuclease HII (RNaseHII) is the principal enzyme that removes misincorporated ribonucleoside monophosphates (rNMPs) from genomic DNA. Here, we present structural, biochemical, and genetic evidence ...Ribonuclease HII (RNaseHII) is the principal enzyme that removes misincorporated ribonucleoside monophosphates (rNMPs) from genomic DNA. Here, we present structural, biochemical, and genetic evidence demonstrating that ribonucleotide excision repair (RER) is directly coupled to transcription. Affinity pull-downs and mass-spectrometry-assisted mapping of in cellulo inter-protein cross-linking reveal the majority of RNaseHII molecules interacting with RNA polymerase (RNAP) in E. coli. Cryoelectron microscopy structures of RNaseHII bound to RNAP during elongation, with and without the target rNMP substrate, show specific protein-protein interactions that define the transcription-coupled RER (TC-RER) complex in engaged and unengaged states. The weakening of RNAP-RNaseHII interactions compromises RER in vivo. The structure-functional data support a model where RNaseHII scans DNA in one dimension in search for rNMPs while "riding" the RNAP. We further demonstrate that TC-RER accounts for a significant fraction of repair events, thereby establishing RNAP as a surveillance "vehicle" for detecting the most frequently occurring replication errors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26832.map.gz | 61.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26832-v30.xml emd-26832.xml | 25 KB 25 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26832_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26832.png | 91.4 KB | ||
マスクデータ | emd_26832_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26832.cif.gz | 8.5 KB | ||
その他 | emd_26832_half_map_1.map.gz emd_26832_half_map_2.map.gz | 80.9 MB 80.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26832 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26832 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26832_validation.pdf.gz | 832.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26832_full_validation.pdf.gz | 832.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26832_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26832_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26832 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26832 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uwhMC 7uweC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.096 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26832_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26832_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26832_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Elongation Complex(EC)-RNaseH2 complex bound to ribonucleotide su...
+超分子 #1: Elongation Complex(EC)-RNaseH2 complex bound to ribonucleotide su...
+分子 #1: DNA (59-MER)
+分子 #2: DNA/RNA (59-MER)
+分子 #3: Ribonuclease HII
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #8: RNA (18-MER)
+分子 #9: ZINC ION
+分子 #10: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |