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- EMDB-26812: G. haemolysans IgA1 protease -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26812
タイトルG. haemolysans IgA1 protease
マップデータ
試料
  • 複合体: Gemella haemolysans IgA protease apo
    • タンパク質・ペプチド: IgA1 Protease
キーワードprotease / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type peptidase activity / metalloendopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M26, N-terminal domain / GLUG / Peptidase M26, C-terminal domain / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase N-terminal region / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase C-terminal region / The GLUG motif / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 ...Peptidase M26, N-terminal domain / GLUG / Peptidase M26, C-terminal domain / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase N-terminal region / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase C-terminal region / The GLUG motif / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / Trypsin-like peptidase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
LPXTG-motif cell wall anchor domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gemella haemolysans (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Eisenmesser EZ / Zheng H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI146295 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: A substrate-induced gating mechanism is conserved among Gram-positive IgA1 metalloproteases.
著者: Jasmina S Redzic / Jeremy Rahkola / Norman Tran / Todd Holyoak / Eunjeong Lee / Antonio Javier Martín-Galiano / Nancy Meyer / Hongjin Zheng / Elan Eisenmesser /
要旨: The mucosal adaptive immune response is dependent on the production of IgA antibodies and particularly IgA1, yet opportunistic bacteria have evolved mechanisms to specifically block this response by ...The mucosal adaptive immune response is dependent on the production of IgA antibodies and particularly IgA1, yet opportunistic bacteria have evolved mechanisms to specifically block this response by producing IgA1 proteases (IgA1Ps). Our lab was the first to describe the structures of a metal-dependent IgA1P (metallo-IgA1P) produced from Gram-positive Streptococcus pneumoniae both in the absence and presence of its IgA1 substrate through cryo-EM single particle reconstructions. This prior study revealed an active-site gating mechanism reliant on substrate-induced conformational changes to the enzyme that begged the question of whether such a mechanism is conserved among the wider Gram-positive metallo-IgA1P subfamily of virulence factors. Here, we used cryo-EM to characterize the metallo-IgA1P of a more distantly related family member from Gemella haemolysans, an emerging opportunistic pathogen implicated in meningitis, endocarditis, and more recently bacteremia in the elderly. While the substrate-free structures of these two metallo-IgA1Ps exhibit differences in the relative starting positions of the domain responsible for gating substrate, the enzymes have similar domain orientations when bound to IgA1. Together with biochemical studies that indicate these metallo-IgA1Ps have similar binding affinities and activities, these data indicate that metallo-IgA1P binding requires the specific IgA1 substrate to open the enzymes for access to their active site and thus, largely conform to an "induced fit" model.
履歴
登録2022年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26812.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.43
最小 - 最大-1.1688576 - 1.7378294
平均 (標準偏差)0.0006574759 (±0.044905417)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26812_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26812_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gemella haemolysans IgA protease apo

全体名称: Gemella haemolysans IgA protease apo
要素
  • 複合体: Gemella haemolysans IgA protease apo
    • タンパク質・ペプチド: IgA1 Protease

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超分子 #1: Gemella haemolysans IgA protease apo

超分子名称: Gemella haemolysans IgA protease apo / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Gemella haemolysans (バクテリア)

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分子 #1: IgA1 Protease

分子名称: IgA1 Protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemella haemolysans (バクテリア)
分子量理論値: 246.235844 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRKYLEEKYN KFSLRKLTVG VCSMTIGSFF LVSTVQPEDY VVKAADNAIV HYKYVGEDNL TDKEKELIKK EVPSVVSSKE ETYYLVFKP TKTTQLNKLP NTGLNYGVGS MLLGGMLGLV VVVVAKGKNK SRKILSILLV TSLGATTLEL PARAMEDLQL S VYNMDYNL ...文字列:
MRKYLEEKYN KFSLRKLTVG VCSMTIGSFF LVSTVQPEDY VVKAADNAIV HYKYVGEDNL TDKEKELIKK EVPSVVSSKE ETYYLVFKP TKTTQLNKLP NTGLNYGVGS MLLGGMLGLV VVVVAKGKNK SRKILSILLV TSLGATTLEL PARAMEDLQL S VYNMDYNL KVGDKLPEIS SIPGYSFVGF IKNEAETKKE NEEVKEQITS QQHNKKQPEL KENTDENVIE NKQENKTTLK IS DKKEDKK VIENINKKDE KKVQGVNTVN PQDEVLAGKL TKPELLYSDK IIETPLKYNQ IIESNDQLPE GTTRIKQQGK EGK KTEVIR MFTVEGKEVS RELISTKTEE PVSEIIEKGT KKAVSNVITK GQKLVKPAVE VKPEYTGVQA GAIVEPVKAE VPKE YTGVQ AGAIVEPAKV ETPKEYTGVQ AGAIVEPAKA EVSKEYTGVQ AGTIVEPAKA EVPKEYTGVQ AGAIVEPEKV EPQYG GVTS GALVKPEKIE APKEYTGVQA GAVVEPAKAE APKEYRGVQA GAIVEPEKIE SPKEYTGVQA GAVVEPAKAE VPKEYR GVQ AGAIVEPEKI ESPKEYTGEQ SGAIVEPEKV ETTKEYTGIQ AGALVEPEKV EAPKEYTGVQ AGAIVEPEKV EPPKEYT GV QAGAIVEPEK VEAPKEYTGK IEPLKTENPK PTVENNNTAE INNVPKNASA LLRMNFVKGN QVLSGTGSAT FIAPNVLL T VAHNFINNSA DNSTGEFIGD KSKNTYEWQT PDGQKGSFTS EDIHFYNKKD YPKGFIYDLA VITLPQSTRR QHANLVENY SKVNVNDKLN VYGYPRGEYA HLKDTTVEIE QKYANNTYGV QYQGGKAGMS GGGIFNSKGE VIGLHQNGAE NRSGGLILSP TQLDWIRSI IKGKEITPNY DALERHKDEK KDDIKEEKQV DKKLELRNIS NVELYTLENN KYRHVSSLSS VPTNPEAYFM K VKSENFKD VMLPVKSIES ARKDNQDVYK IVGQANDLIQ HENNITLENY TYYLPKTVNS ENGVYTSFKN LVDAMNINPY GT FRLGATM DAREVELSDG QESYINKEFS GKLIGENKGK YYAIYNLKKP LFKALSHATI QDLSIKEANV SSKEDAATIA KEA KNDTTI ANVHSSGVIA GERSIGGLIS QVTDSTISNS SFTGRITNTY DTTATYQIGG LVGKLSGVGA LIEKSISSID MATN ANTGD QVVGGVAGVV DKKATIRNSY VEGNLNNVKP FGKVGGVVGN LWDRETSEVS NSGNLTNVLS DVNVTNGNAI AGYDF NGIK ATNTYSNKNN KVVKVVQVDD EVLSKDSEEQ RGTVLENNIV LEKKIELVPK KNTKIEDFNF SSRYETDYKN LKDADV SRL RVYKNIEKLL PFYNRETIVK YGNLVDANNT LYTKDLVSVV PMKDKEVISD INKNKTSINK LLLHYSDNTS QTLDIKY LQ DFSKVAEYEI ANTKLIYTPN TLLHSYNNIV KAVLNDLKSV QYDSDAVRKV LDISSNIKLT ELYLDEQFTK TKANIEDS L SKLLSADAVI AENSNSIIDN YVIEKIKNNK EALLLGLTYL ERWYNFKYDN TSAKDLVLYH LDFFGKSNSS ALDNVIELG KSGFNNLLAK NNVITYNVLL SKNYGTEGLF KALEGYRKVF LPNVSNNDWF KTQSKAYIVE EKSTIPEVSS KQSKQGTEHS IGVYDRLTS PSWKYQSMVL PLLTLPEEKM IFMIANISTI GFGAYDRYRS SEYPKGDKLN RFVEENAQAA AKRFRDHYDY W YKILDKEN KEKLFRSVLV YDAFRFGNDT NKETQEANFE TNNPVIKNFF GPAGNNVVHN KHGAYATGDA FYYMAYRMLD KS GAVTYTH EMTHNSDREI YLGGYGRRSG LGPEFYAKGL LQAPDHSYDP TITINSVLKY DDSENSTRLQ IADPTQRFTN VED LHNYMH NMFDLIYTLE ILEGRAVAKL DYNEKNDLLR KIENIYKKDP DGNSVYATNA VRRLTSDEIK NLTSFDKLIE NDVI TRRGY IDQGEYERNG YHTINLFSPI YSALSSKIGT PGDLMGRRMA FELLAAKGYK EGMVPYISNQ YEKEAKDRGS KIRSY GKEI GLVTDDLVLE KVFNKKYGSW VEFKKDMYKE RVEQFSKLNR VSFFDPNGPW GRQKNVTVNN ISVLEKMIET AVREDA EDF TAQVYPDTNS RVLKLKKAIF KAYLDQTKDF RTSIFGGK

UniProtKB: LPXTG-motif cell wall anchor domain protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClsodium choloride
20.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xjb

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 443908
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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