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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26622 | ||||||||||||
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タイトル | The V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 (focused refinement) | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | proton transport / mTOR signaling | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ROS and RNS production in phagocytes / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / pH reduction / cellular response to increased oxygen levels / synaptic vesicle lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain ...ROS and RNS production in phagocytes / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / pH reduction / cellular response to increased oxygen levels / synaptic vesicle lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / cell projection organization / vacuolar acidification / Neutrophil degranulation / ATP metabolic process / H+-transporting two-sector ATPase / transport vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / cilium / synaptic vesicle membrane / melanosome / intracellular iron ion homeostasis / endosome / lysosome / apical plasma membrane / lysosomal membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang R / Li X | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Molecular basis of mEAK7-mediated human V-ATPase regulation. 著者: Rong Wang / Yu Qin / Xiao-Song Xie / Xiaochun Li / 要旨: The activity of V-ATPase is well-known to be regulated by reversible dissociation of its V and V domains in response to growth factor stimulation, nutrient sensing, and cellular differentiation. The ...The activity of V-ATPase is well-known to be regulated by reversible dissociation of its V and V domains in response to growth factor stimulation, nutrient sensing, and cellular differentiation. The molecular basis of its regulation by an endogenous modulator without affecting V-ATPase assembly remains unclear. Here, we discover that a lysosome-anchored protein termed (mammalian Enhancer-of-Akt-1-7 (mEAK7)) binds to intact V-ATPase. We determine cryo-EM structure of human mEAK7 in complex with human V-ATPase in native lipid-containing nanodiscs. The structure reveals that the TLDc domain of mEAK7 engages with subunits A, B, and E, while its C-terminal domain binds to subunit D, presumably blocking V-V torque transmission. Our functional studies suggest that mEAK7, which may act as a V-ATPase inhibitor, does not affect the activity of V-ATPase in vitro. However, overexpression of mEAK7 in HCT116 cells that stably express subunit a4 of V-ATPase represses the phosphorylation of ribosomal protein S6. Thus, this finding suggests that mEAK7 potentially links mTOR signaling with V-ATPase activity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26622.map.gz | 394.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26622-v30.xml emd-26622.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26622_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26622.png | 80.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26622.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_26622_half_map_1.map.gz emd_26622_half_map_2.map.gz | 337.9 MB 338.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26622 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26622 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26622_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26622_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26622_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26622_validation.cif.gz | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26622 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26622 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uneMC 7unfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26622_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26622_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the V1 region of bovine V-ATPase in complex ...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the V1 region of bovine V-ATPase in complex ...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: V-type proton ATPase catalytic subunit A
分子 | 名称: V-type proton ATPase catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 68.420914 KDa |
配列 | 文字列: MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DVKWDFTPCK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHKIML ...文字列: MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DVKWDFTPCK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHKIML PPRNRGTVTY IAPPGNYDTS DVVLELEFEG IKEKFSMVQV WPVRQVRPVT EKLPANHPLL TGQRVLDALF PC VQGGTTA IPGAFGCGKT VISQSLSKYS NSDVIIYVGC GERGNEMSEV LRDFPELTME VDGKVESIMK RTALVANTSN MPV AAREAS IYTGITLSEY FRDMGYHVSM MADSTSRWAE ALREISGRLA EMPADSGYPA YLGARLASFY ERAGRVKCLG NPER EGSVS IVGAVSPPGG DFSDPVTSAT LGIVQVFWGL DKKLAQRKHF PSVNWLISYS KYMRALDEYY DKHFTEFVPL RTKAK EILQ EEEDLAEIVQ LVGKASLAET DKITLEVAKL IKDDFLQQNG YTPYDRFCPF YKTVGMLSNM IAFYDMARRA VETTAQ SDN KITWSIIREH MGEILYKLSS MKFKDPVKDG EAKIKADYAQ LLEDMQNAFR SLED UniProtKB: V-type proton ATPase catalytic subunit A |
-分子 #2: V-type proton ATPase subunit D
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 28.297893 KDa |
配列 | 文字列: MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR ...文字列: MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR VNAIEHVIIP RIERTLAYII TELDEREREE FYRLKKIQEK KKILKEKSDK DLEQRRAAGE VIEPANLLAE EK DEDLLFE UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D |
-分子 #3: KIAA1609 protein, isoform CRA_a
分子 | 名称: KIAA1609 protein, isoform CRA_a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 51.982465 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHGN SRSRVGRSFC SQFLPEEQAE IDQLFDALSS DKNSPNVSSK SFSLKALQNH VGEALPPEMV TRLYDGMRRV DLTGKAKGP SENVSQEQFT ASMSHLLKGN SEEKSLMIMK MISATEGPVK AREVQKFTED LVGSVVHVLS HRQELRGWTG K EAPGPNPR ...文字列: MGHHHHHHGN SRSRVGRSFC SQFLPEEQAE IDQLFDALSS DKNSPNVSSK SFSLKALQNH VGEALPPEMV TRLYDGMRRV DLTGKAKGP SENVSQEQFT ASMSHLLKGN SEEKSLMIMK MISATEGPVK AREVQKFTED LVGSVVHVLS HRQELRGWTG K EAPGPNPR VQVLAAQLLS DMKLQDGKRL LGPQWLDYDC DRAVIEDWVF RVPHVAIFLS VVICKGFLVL CSSLDLTTLV PE RQVDQGR GFESILDVLS VMYINAQLPR EQRHRWRLLF SSELHGHSFS QLCGHITHRG PCVAVLEDHD KHVFGGFASC SWE VKPQFQ GDNRCFLFSI CPSMAVYTHT GYNDHYMYLN HGQQTIPNGL GMGGQHNYFG LWVDVDFGKG HSRAKPTCTT YNSP QLSAQ ENFQFDKMEV WAVGDPSEEQ LAKGNKSILD ADPEAQALLE ISGHSRHSEG LREVPDDE UniProtKB: KIAA1609 protein, isoform CRA_a |
-分子 #4: V-type proton ATPase subunit E 1
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit E 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 26.178371 KDa |
配列 | 文字列: MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPVYKVAT K RDVDVQID ...文字列: MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPVYKVAT K RDVDVQID QEAYLPEEIA GGVEIYNGDR KIKVSNTLES RLDLIAQQMM PEVRGALFGA NANRKFLD UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E 1 |
-分子 #5: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 56.637555 KDa |
配列 | 文字列: MALRAMRGIV NGAAPELPVP TSGPLAGSRE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE ...文字列: MALRAMRGIV NGAAPELPVP TSGPLAGSRE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE MIQTGISAID GMNSIARGQK IPIFSAAGLP HNEIAAQICR QAGLVKKSKD VVDYSEENFA IVFAAMGVNM ET ARFFKSD FEENGSMDNV CLFLNLANDP TIERIITPRL ALTTAEFLAY QCEKHVLVIL TDMSSYAEAL REVSAAREEV PGR RGFPGY MYTDLATIYE RAGRVEGRNG SITQIPILTM PNDDITHPIP DLTGYITEGQ IYVDRQLHNR QIYPPINVLP SLSR LMKSA IGEGMTRKDH ADVSNQLYAC YAIGKDVQAM KAVVGEEALT SDDLLYLEFL QKFERNFIAQ GPYENRTVYE TLDIG WQLL RIFPKEMLKR IPQSTLSEFY PRDSAKH UniProtKB: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform |
-分子 #6: V-type proton ATPase subunit G
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 13.588344 KDa |
配列 | 文字列: MASQSQGIQQ LLQAEKRAAE KVADARKRKA RRLKQAKEEA QMEVDQYRRE REQEFQSKQQ AAMGSQGNLS AEVEQATRRQ VQGMQSSQQ RNRERVLAQL LGMVCDVRPQ VHPNYRIAA UniProtKB: V-type proton ATPase subunit G 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |