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万見
- EMDB-26602: Structure of vesicular stomatitis virus (helical reconstruction, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26602
タイトルStructure of vesicular stomatitis virus (helical reconstruction, 4.1 A resolution)
マップデータReconstructed, symmetrized, boxed, locscale, sharpen_map
試料
  • ウイルス: Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Matrix protein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVesicular stomatitis virus / bullet-shaped particle / Rhrabdovirus / nucleocapsid / helical reconstruction / cryo electron microscopy / nucleoprotein / matrix protein / RNA / assembly / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / RNA replication / host cell nuclear membrane / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral transcription / phosphorylation / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm ...symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / RNA replication / host cell nuclear membrane / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral transcription / phosphorylation / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / ribonucleoprotein complex / viral envelope / apoptotic process / virion membrane / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Vesiculovirus matrix / VSV matrix superfamily / Vesiculovirus matrix protein / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Jenni S / Horwitz JA / Bloyet L-M / Whelan SPJ / Harrison SC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R37-AI1059371 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R01-CA13202 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Visualizing molecular interactions that determine assembly of a bullet-shaped vesicular stomatitis virus particle.
著者: Simon Jenni / Joshua A Horwitz / Louis-Marie Bloyet / Sean P J Whelan / Stephen C Harrison /
要旨: Vesicular stomatitis virus (VSV) is a negative-strand RNA virus with a non-segmented genome, closely related to rabies virus. Both have characteristic bullet-like shapes. We report the structure of ...Vesicular stomatitis virus (VSV) is a negative-strand RNA virus with a non-segmented genome, closely related to rabies virus. Both have characteristic bullet-like shapes. We report the structure of intact, infectious VSV particles determined by cryogenic electron microscopy. By compensating for polymorphism among viral particles with computational classification, we obtained a reconstruction of the shaft ("trunk") at 3.5 Å resolution, with lower resolution for the rounded tip. The ribonucleoprotein (RNP), genomic RNA complexed with nucleoprotein (N), curls into a dome-like structure with about eight gradually expanding turns before transitioning into the regular helical trunk. Two layers of matrix (M) protein link the RNP with the membrane. Radial inter-layer subunit contacts are fixed within single RNA-N-M1-M2 modules, but flexible lateral and axial interactions allow assembly of polymorphic virions. Together with published structures of recombinant N in various states, our results suggest a mechanism for membrane-coupled self-assembly of VSV and its relatives.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Visualizing Molecular Interactions that Determine Assembly of a Bullet-Shaped Vesicular Stomatitis Virus Particle
著者: Jenni S / Horwitz JA / Bloyet L-M / Whelan SPJ / Harrison SC
履歴
登録2022年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26602.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26602.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstructed, symmetrized, boxed, locscale, sharpen_map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 290 pix.
= 246.5 Å		0.85 Å/pix.
x 358 pix.
= 304.3 Å		0.85 Å/pix.
x 226 pix.
= 192.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-4.1349115 - 11.597006
平均 (標準偏差)0.97288495 (±1.5311053)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin406734431
サイズ358226290
Spacing226358290
セルA: 192.1 Å / B: 304.30002 Å / C: 246.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26602_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Reconstructed, symmetrized

ファイルemd_26602_additional_1.map
注釈Reconstructed, symmetrized
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 1, reconstructed, symmetrized

ファイルemd_26602_additional_2.map
注釈Half map 1, reconstructed, symmetrized
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 2, reconstructed, symmetrized

ファイルemd_26602_additional_3.map
注釈Half map 2, reconstructed, symmetrized
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Reconstructed, symmetrized, boxed

ファイルemd_26602_additional_4.map
注釈Reconstructed, symmetrized, boxed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1, reconstructed, symmetrized, boxed

ファイルemd_26602_half_map_1.map
注釈Half map 1, reconstructed, symmetrized, boxed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2, reconstructed, symmetrized, boxed

ファイルemd_26602_half_map_2.map
注釈Half map 2, reconstructed, symmetrized, boxed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vesicular stomatitis Indiana virus

全体名称: Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
要素
  • ウイルス: Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Matrix protein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

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超分子 #1: Vesicular stomatitis Indiana virus

超分子名称: Vesicular stomatitis Indiana virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11277 / 生物種: Vesicular stomatitis Indiana virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
分子量理論値: 47.463949 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
配列文字列: MSVTVKRIID NTVIVPKLPA NEDPVEYPAD YFRKSKEIPL YINTTKSLSD LRGYVYQGLK SGNVSIIHVN SYLYGALKDI RGKLDKDWS SFGINIGKAG DTIGIFDLVS LKALDGVLPD GVSDASRTSA DDKWLPLYLL GLYRVGRTQM PEYRKKLMDG L TNQCKMIN ...文字列:
MSVTVKRIID NTVIVPKLPA NEDPVEYPAD YFRKSKEIPL YINTTKSLSD LRGYVYQGLK SGNVSIIHVN SYLYGALKDI RGKLDKDWS SFGINIGKAG DTIGIFDLVS LKALDGVLPD GVSDASRTSA DDKWLPLYLL GLYRVGRTQM PEYRKKLMDG L TNQCKMIN EQFEPLVPEG RDIFDVWGND SNYTKIVAAV DMFFHMFKKH ECASFRYGTI VSRFKDCAAL ATFGHLCKIT GM STEDVTT WILNREVADE MVQMMLPGQE IDKADSYMPY LIDFGLSSKS PYSSVKNPAF HFWGQLTALL LRSTRARNAR QPD DIEYTS LTTAGLLYAY AVGSSADLAQ QFCVGDNKYT PDDSTGGLTT NAPPQGRDVV EWLGWFEDQN RKPTPDMMQY AKRA VMSLQ GLREKTIGKY AKSEFDK

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: Matrix protein

分子名称: Matrix protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
分子量理論値: 26.103055 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
配列文字列: MSSLKKILGL KGKGKKSKKL GIAPPPYEED TSMEYAPSAP IDKSYFGVDE MDTYDPNQLR YEKFFFTVKM TVRSNRPFRT YSDVAAAVS HWDHMYIGMA GKRPFYKILA FLGSSNLKAT PAVLADQGQP EYHAHCEGRA YLPHRMGKTP PMLNVPEHFR R PFNIGLYK ...文字列:
MSSLKKILGL KGKGKKSKKL GIAPPPYEED TSMEYAPSAP IDKSYFGVDE MDTYDPNQLR YEKFFFTVKM TVRSNRPFRT YSDVAAAVS HWDHMYIGMA GKRPFYKILA FLGSSNLKAT PAVLADQGQP EYHAHCEGRA YLPHRMGKTP PMLNVPEHFR R PFNIGLYK GTIELTMTIY DDESLEAAPM IWDHFNSSKF SDFREKALMF GLIVEKKASG AWVLDSISHF K

UniProtKB: Matrix protein

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分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
分子量理論値: 2.710535 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.34094 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -9.3516 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 21530
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7umk:
Structure of vesicular stomatitis virus (helical reconstruction, 4.1 A resolution)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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