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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26493 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of BG24 Fabs with an inferred germline light chain and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 containing the N276 gp120 glycan- Class 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / apoptotic process / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Dam KA / Bjorkman PJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: HIV-1 CD4-binding site germline antibody-Env structures inform vaccine design. 著者: Kim-Marie A Dam / Christopher O Barnes / Harry B Gristick / Till Schoofs / Priyanthi N P Gnanapragasam / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman / 要旨: BG24, a VRC01-class broadly neutralizing antibody (bNAb) against HIV-1 Env with relatively few somatic hypermutations (SHMs), represents a promising target for vaccine strategies to elicit CD4- ...BG24, a VRC01-class broadly neutralizing antibody (bNAb) against HIV-1 Env with relatively few somatic hypermutations (SHMs), represents a promising target for vaccine strategies to elicit CD4-binding site (CD4bs) bNAbs. To understand how SHMs correlate with BG24 neutralization of HIV-1, we report 4.1 Å and 3.4 Å single-particle cryo-EM structures of two inferred germline (iGL) BG24 precursors complexed with engineered Env-based immunogens lacking CD4bs N-glycans. Structures reveal critical Env contacts by BG24 and identify antibody light chain structural features that impede Env recognition. In addition, biochemical data and cryo-EM structures of BG24 variants bound to Envs with CD4bs glycans present provide insights into N-glycan accommodation, including structural modes of light chain adaptations in the presence of the N276 glycan. Together, these findings reveal Env regions critical for germline antibody recognition and potential sites to alter in immunogen design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26493.map.gz | 12.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26493-v30.xml emd-26493.xml | 22.7 KB 22.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26493.png | 111 KB | ||
その他 | emd_26493_additional_1.map.gz emd_26493_half_map_1.map.gz emd_26493_half_map_2.map.gz | 167.5 MB 140.5 MB 140.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26493 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26493_validation.pdf.gz | 727.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26493_full_validation.pdf.gz | 726.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26493_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26493_validation.cif.gz | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26493 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.869 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Local refinement map used to build BG24 LC-iGL Fab CDRL1
ファイル | emd_26493_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement map used to build BG24 LC-iGL Fab CDRL1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26493_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26493_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM map of BG24 Fabs with an inferred germline light chain an...
全体 | 名称: Cryo-EM map of BG24 Fabs with an inferred germline light chain and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 containing the N276 gp120 glycan- Class 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM map of BG24 Fabs with an inferred germline light chain an...
超分子 | 名称: Cryo-EM map of BG24 Fabs with an inferred germline light chain and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 containing the N276 gp120 glycan- Class 1 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp120
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Env mimic BG505-SOSIPv4.1-GT1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 49.860875 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDKKHN VWATHACVPT DPNPQEIHLE NVTEEFNMWK NNMVEQMHTD IISLWDQSLK PCVKLTPLC VTLQCTNVTN NIGELKNCSF NMTTELRDKR QKVHALFYKL DIVPINENQN TSYRLINCNT AAITQACPKV S FEPIPIHY ...文字列: ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDKKHN VWATHACVPT DPNPQEIHLE NVTEEFNMWK NNMVEQMHTD IISLWDQSLK PCVKLTPLC VTLQCTNVTN NIGELKNCSF NMTTELRDKR QKVHALFYKL DIVPINENQN TSYRLINCNT AAITQACPKV S FEPIPIHY CAPAGFAILK CKDKKFNGTG PCPSVSTVQC THGIKPVVST QLLLNGSLAE EEVMIRSENI TNNAKNILVQ FN TPVQINC TRPNNNTRKS IRIGPGQWFY ATGDIIGDIR QAHCNVSKAT WNETLGKVVK QLRKHFGNNT IIRFANSSGG DLE VTTHSF NCGGEFFYCD TSGLFNSTWI SNDSITLPCR IKQIINMWQR IGQAMYAPPI QGVIRCVSNI TGLILTRDGG STDS TTETF RPSGGDMRDN WRSELYKYKV VKIEPLGVAP TRCKRRVV |
-分子 #2: Envelope glycoprotein gp41
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Env mimic BG505-SOSIPv4.1-GT1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 14.577591 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: FLGFLGAAGS TMGAASMTLT VQARNLLSLL KLTVWGIKQL QARVLAVERY LRDQQLLGIW GCSGKLICCT NVPWNSSWSN RNLSEIWDN MTWLQWDKEI SNYTQIIYGL LEESQNQQEK NEQDLLALD |
-分子 #3: 10-1074 Fab heavy chain
分子 | 名称: 10-1074 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.791433 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSV TCSVSGDSMN NYYWTWIRQS PGKGLEWIGY ISDRESATYN PSLNSRVVIS RDTSKNQLSL KLNSVTPAD TAVYYCATAR RGQRIYGVVS FGEFFYYYSM DVWGKGTTVT VSSA |
-分子 #4: BG24 mature Fab heavy chain
分子 | 名称: BG24 mature Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.384042 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VQLVQSRAEV KKPGASVKVS CEASGYNFVD HYIHWVRQAP GQRPQWVGWM NPRGGGVAYS QRFQGRVTMT RDTSIDTAYM QLNRLTSGD TAVYYCATQV KLDSSAGYPF DIWGQGTMVT V |
-分子 #5: 10-1074 Fab light chain
分子 | 名称: 10-1074 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.701023 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VRPLSVALGE TARISCGRQA LGSRAVQWYQ HRPGQAPILL IYNNQDRPSG IPERFSGTPD INFGTRATLT ISGVEAGDEA DYYCHMWDS RSGFSWSFGG ATRLTVLG |
-分子 #6: BG24 mature Fab light chain
分子 | 名称: BG24 mature Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.084096 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SALTQPRSVS GSPGQSVTIS CTGTSSDVGG YNYVSWYQQH PGKAPKLMIY DVSKRPSGVP DRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADYYC SSYEYFGGGT KLTVLS |
-分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 33 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: Closed conformation Env trimer (gp120/gp41 subunits) low-pass filtered to 80 angstrom |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23830 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |