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万見
- EMDB-26491: Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with germline CD... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26491
タイトルCryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with germline CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 - Class 2
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664v4.1-GT1 Env trimer immunogen
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Dam KA / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HIVRAD P01 AI100148 米国
Bill & Melinda Gates FoundationCAVD INV-002143 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: HIV-1 CD4-binding site germline antibody-Env structures inform vaccine design.
著者: Kim-Marie A Dam / Christopher O Barnes / Harry B Gristick / Till Schoofs / Priyanthi N P Gnanapragasam / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /
要旨: BG24, a VRC01-class broadly neutralizing antibody (bNAb) against HIV-1 Env with relatively few somatic hypermutations (SHMs), represents a promising target for vaccine strategies to elicit CD4- ...BG24, a VRC01-class broadly neutralizing antibody (bNAb) against HIV-1 Env with relatively few somatic hypermutations (SHMs), represents a promising target for vaccine strategies to elicit CD4-binding site (CD4bs) bNAbs. To understand how SHMs correlate with BG24 neutralization of HIV-1, we report 4.1 Å and 3.4 Å single-particle cryo-EM structures of two inferred germline (iGL) BG24 precursors complexed with engineered Env-based immunogens lacking CD4bs N-glycans. Structures reveal critical Env contacts by BG24 and identify antibody light chain structural features that impede Env recognition. In addition, biochemical data and cryo-EM structures of BG24 variants bound to Envs with CD4bs glycans present provide insights into N-glycan accommodation, including structural modes of light chain adaptations in the presence of the N276 glycan. Together, these findings reveal Env regions critical for germline antibody recognition and potential sites to alter in immunogen design.
履歴
登録2022年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2022年11月16日-
現状2022年11月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26491.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26491.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 290.774 Å		0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 290.774 Å		0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 290.774 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00721
最小 - 最大-0.03462225 - 0.06585422
平均 (標準偏差)4.7994586e-06 (±0.0022600282)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 290.7744 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26491_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26491_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with ...

全体名称: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664v4.1-GT1 Env trimer immunogen
要素
  • 複合体: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664v4.1-GT1 Env trimer immunogen

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超分子 #1: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with ...

超分子名称: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664v4.1-GT1 Env trimer immunogen
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5cez


詳細: Closed conformation Env trimer (gp120/gp41 subunits) low-pass filtered to 80 angstrom
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65242
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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