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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26492 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with mature CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | HIV-1 Env / neutralizing antibody / CD4 binding site antibody / VIRAL PROTEIN / Germline / precursor / immunogen / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Dam KA / Bjorkman PJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: HIV-1 CD4-binding site germline antibody-Env structures inform vaccine design. 著者: Kim-Marie A Dam / Christopher O Barnes / Harry B Gristick / Till Schoofs / Priyanthi N P Gnanapragasam / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman / 要旨: BG24, a VRC01-class broadly neutralizing antibody (bNAb) against HIV-1 Env with relatively few somatic hypermutations (SHMs), represents a promising target for vaccine strategies to elicit CD4- ...BG24, a VRC01-class broadly neutralizing antibody (bNAb) against HIV-1 Env with relatively few somatic hypermutations (SHMs), represents a promising target for vaccine strategies to elicit CD4-binding site (CD4bs) bNAbs. To understand how SHMs correlate with BG24 neutralization of HIV-1, we report 4.1 Å and 3.4 Å single-particle cryo-EM structures of two inferred germline (iGL) BG24 precursors complexed with engineered Env-based immunogens lacking CD4bs N-glycans. Structures reveal critical Env contacts by BG24 and identify antibody light chain structural features that impede Env recognition. In addition, biochemical data and cryo-EM structures of BG24 variants bound to Envs with CD4bs glycans present provide insights into N-glycan accommodation, including structural modes of light chain adaptations in the presence of the N276 glycan. Together, these findings reveal Env regions critical for germline antibody recognition and potential sites to alter in immunogen design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26492.map.gz | 6.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26492-v30.xml emd-26492.xml | 22.6 KB 22.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26492.png | 103.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26492.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_26492_additional_1.map.gz emd_26492_half_map_1.map.gz emd_26492_half_map_2.map.gz | 59.8 MB 49.2 MB 49.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26492 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26492 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26492_validation.pdf.gz | 683.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26492_full_validation.pdf.gz | 682.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26492_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26492_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26492 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26492 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26492.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Local refinement map used to build BG24-iGL CDR3mat Fab CDRL1
ファイル | emd_26492_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement map used to build BG24-iGL CDR3mat Fab CDRL1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26492_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26492_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3mat and 10-1074 Fabs in complex with ...
全体 | 名称: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3mat and 10-1074 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664v4.1-GT1 Env trimer immunogen |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3mat and 10-1074 Fabs in complex with ...
超分子 | 名称: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3mat and 10-1074 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664v4.1-GT1 Env trimer immunogen タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp120
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Env mimic BG505-SOSIPv4.1-GT1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 52.322422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDAKAY ETKKHNVWAT HACVPTDPNP QEIHLENVTE EFNMWKNNMV EQMHTDIISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNVTNNITD DMRGELKNCS FNMTTELRDK RQKVHALFYK LDIVPINENQ NTSYRLINCN T AAITQACP ...文字列: ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDAKAY ETKKHNVWAT HACVPTDPNP QEIHLENVTE EFNMWKNNMV EQMHTDIISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNVTNNITD DMRGELKNCS FNMTTELRDK RQKVHALFYK LDIVPINENQ NTSYRLINCN T AAITQACP KVSFEPIPIH YCAPAGFAIL KCKDKKFNGT GPCPSVSTVQ CTHGIKPVVS TQLLLNGSLA EEEVMIRSED IR NNAKNIL VQFNTPVQIN CTRPNNNTRK SIRIGPGQWF YATGDIIGDI RQAHCNVSKA TWNETLGKVV KQLRKHFGNN TII RFANSS GGDLEVTTHS FNCGGEFFYC DTSGLFNSTW ISNTSVQGSN STGSNDSITL PCRIKQIINM WQRIGQAMYA PPIQ GVIRC VSNITGLILT RDGGSTDSTT ETFRPSGGDM RDNWRSELYK YKVVKIEPLG VAPTRCKRRV V UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #2: Envelope glycoprotein gp41
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Env mimic BG505-SOSIPv4.1-GT1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 14.676723 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VFLGFLGAAG STMGAASMTL TVQARNLLSL LKLTVWGIKQ LQARVLAVER YLRDQQLLGI WGCSGKLICC TNVPWNSSWS NRNLSEIWD NMTWLQWDKE ISNYTQIIYG LLEESQNQQE KNEQDLLALD |
-分子 #3: 10-1074 Fab heavy chain
分子 | 名称: 10-1074 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.791433 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSV TCSVSGDSMN NYYWTWIRQS PGKGLEWIGY ISDRESATYN PSLNSRVVIS RDTSKNQLSL KLNSVTPAD TAVYYCATAR RGQRIYGVVS FGEFFYYYSM DVWGKGTTVT VSSA |
-分子 #4: 10-1074 Fab light chain
分子 | 名称: 10-1074 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.701023 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VRPLSVALGE TARISCGRQA LGSRAVQWYQ HRPGQAPILL IYNNQDRPSG IPERFSGTPD INFGTRATLT ISGVEAGDEA DYYCHMWDS RSGFSWSFGG ATRLTVLG |
-分子 #5: BG24 inferred germline Fab with mature CDR3s heavy chain
分子 | 名称: BG24 inferred germline Fab with mature CDR3s heavy chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.697314 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNY AQKFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCATQ VKLDSSAGYP FDIWGQGTMV TVSSAS |
-分子 #6: BG24 inferred germline Fab with mature CDR3s light chain
分子 | 名称: BG24 inferred germline Fab with mature CDR3s light chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.180226 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSALTQPRSV SGSPGQSVTI SCTGTSSDVG GYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVSKRPSGV PDRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSAFEYFGGG TKLTVLS |
-分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #15: alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: MAN |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-MAN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: Closed conformation Env trimer (gp120/gp41 subunits) low-pass filtered to 80 angstrom |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225140 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |