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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26477 | |||||||||
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タイトル | VchTnsC AAA+ with DNA (double heptamer) | |||||||||
マップデータ | post-processed masked map | |||||||||
試料 |
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キーワード | transposon / AAA+ / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Fernandez IS / Sternberg SH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Selective TnsC recruitment enhances the fidelity of RNA-guided transposition. 著者: Florian T Hoffmann / Minjoo Kim / Leslie Y Beh / Jing Wang / Phuc Leo H Vo / Diego R Gelsinger / Jerrin Thomas George / Christopher Acree / Jason T Mohabir / Israel S Fernández / Samuel H Sternberg / 要旨: Bacterial transposons are pervasive mobile genetic elements that use distinct DNA-binding proteins for horizontal transmission. For example, Escherichia coli Tn7 homes to a specific attachment site ...Bacterial transposons are pervasive mobile genetic elements that use distinct DNA-binding proteins for horizontal transmission. For example, Escherichia coli Tn7 homes to a specific attachment site using TnsD, whereas CRISPR-associated transposons use type I or type V Cas effectors to insert downstream of target sites specified by guide RNAs. Despite this targeting diversity, transposition invariably requires TnsB, a DDE-family transposase that catalyses DNA excision and insertion, and TnsC, a AAA+ ATPase that is thought to communicate between transposase and targeting proteins. How TnsC mediates this communication and thereby regulates transposition fidelity has remained unclear. Here we use chromatin immunoprecipitation with sequencing to monitor in vivo formation of the type I-F RNA-guided transpososome, enabling us to resolve distinct protein recruitment events before integration. DNA targeting by the TniQ-Cascade complex is surprisingly promiscuous-hundreds of genomic off-target sites are sampled, but only a subset of those sites is licensed for TnsC and TnsB recruitment, revealing a crucial proofreading checkpoint. To advance the mechanistic understanding of interactions responsible for transpososome assembly, we determined structures of TnsC using cryogenic electron microscopy and found that ATP binding drives the formation of heptameric rings that thread DNA through the central pore, thereby positioning the substrate for downstream integration. Collectively, our results highlight the molecular specificity imparted by consecutive factor binding to genomic target sites during RNA-guided transposition, and provide a structural roadmap to guide future engineering efforts. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26477.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26477-v30.xml emd-26477.xml | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26477_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26477.png | 84.7 KB | ||
マスクデータ | emd_26477_msk_1.map | 40.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26477.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_26477_additional_1.map.gz emd_26477_additional_2.map.gz emd_26477_half_map_1.map.gz emd_26477_half_map_2.map.gz | 31.2 MB 4.6 MB 31.3 MB 31.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26477 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26477 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26477_validation.pdf.gz | 757.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26477_full_validation.pdf.gz | 757.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26477_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26477_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26477 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26477 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26477.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | post-processed masked map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.509 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26477_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_26477_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: relion post-processed
ファイル | emd_26477_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | relion post-processed | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_26477_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_26477_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : VchTnsC AAA+ with DNA (double heptamer)
全体 | 名称: VchTnsC AAA+ with DNA (double heptamer) |
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要素 |
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-超分子 #1: VchTnsC AAA+ with DNA (double heptamer)
超分子 | 名称: VchTnsC AAA+ with DNA (double heptamer) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
-分子 #1: VchTnsC
分子 | 名称: VchTnsC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 35.065273 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: TREARISRAK RAFVSTPSVR KILSYMDRCR DLSDLESEPT CMMVYGASGV GKTTVIKKYL NQAAAAAAAG GDIIPVLHIE LPDNAKPVD AARELLVEMG DPLALYETDL ARLTKRLTEL IPAVGVKLII IDEFQHLVEE RSNRVLTQVG NWLKMILNKT K CPIVIFGM ...文字列: TREARISRAK RAFVSTPSVR KILSYMDRCR DLSDLESEPT CMMVYGASGV GKTTVIKKYL NQAAAAAAAG GDIIPVLHIE LPDNAKPVD AARELLVEMG DPLALYETDL ARLTKRLTEL IPAVGVKLII IDEFQHLVEE RSNRVLTQVG NWLKMILNKT K CPIVIFGM PYSKVVLQAN SQLHGRFSIQ VELRPFSYQG GRGVFKTFLE YLDKALPFEK QAGLANESLQ KKLYAFSQGN MR SLRNLIY QASIEAIDNQ HETITEEDFV FASKLTSGDK PNSWKNPFEE GVEVTEDMLR PPPKDIGWED YLRH |
-分子 #2: DNA (36-MER)
分子 | 名称: DNA (36-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 11.05513 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) |
-分子 #3: DNA (36-MER)
分子 | 名称: DNA (36-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 11.099121 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 14 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-7ufm: |