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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26355 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of GAPDH | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GAPDH / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of neurotransmitter loading into synaptic vesicle / Glycolysis / Gluconeogenesis / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / GAIT complex ...regulation of neurotransmitter loading into synaptic vesicle / Glycolysis / Gluconeogenesis / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / GAIT complex / positive regulation of type I interferon production / glycolytic process / microtubule cytoskeleton organization / glucose metabolic process / NAD binding / microtubule cytoskeleton / disordered domain specific binding / regulation of translation / NADP binding / microtubule binding / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein stabilization / innate immune response / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Morgan CE / Zhang Z / Yu EW | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Toward structural-omics of the bovine retinal pigment epithelium. 著者: Christopher E Morgan / Zhemin Zhang / Masaru Miyagi / Marcin Golczak / Edward W Yu / 要旨: The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on ...The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on determining the structure of a particular biomacromolecule of interest. Here, we report the use of cryoelectron microscopy (cryo-EM) to define the composition of a raw bovine retinal pigment epithelium (RPE) lysate. From this sample, we simultaneously identify and solve cryo-EM structures of seven different RPE enzymes whose functions affect neurotransmitter recycling, iron metabolism, gluconeogenesis, glycolysis, axonal development, and energy homeostasis. Interestingly, dysfunction of these important proteins has been directly linked to several neurodegenerative disorders, including Huntington's disease, amyotrophic lateral sclerosis (ALS), Parkinson's disease, Alzheimer's disease, and schizophrenia. Our work underscores the importance of cryo-EM in facilitating tissue and organ proteomics at the atomic level. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26355.map.gz | 3.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26355-v30.xml emd-26355.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26355_fsc.xml | 8.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26355.png | 108.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26355.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_26355_additional_1.map.gz emd_26355_half_map_1.map.gz emd_26355_half_map_2.map.gz | 32.4 MB 59.1 MB 59.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26355 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26355 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26355_validation.pdf.gz | 672.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26355_full_validation.pdf.gz | 671.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26355_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26355_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26355 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26355 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7u5mMC 7u5hC 7u5iC 7u5jC 7u5kC 7u5lC 7u5nC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_26355_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26355_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26355_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tetramer of GAPDH
全体 | 名称: Tetramer of GAPDH |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetramer of GAPDH
超分子 | 名称: Tetramer of GAPDH / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
分子 | 名称: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO EC番号: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 35.914043 KDa |
配列 | 文字列: MVKVGVNGFG RIGRLVTRAA FNSGKVDIVA INDPFIDLHY MVYMFQYDST HGKFNGTVKA ENGKLVINGK AITIFQERDP ANIKWGDAG AEYVVESTGV FTTMEKAGAH LKGGAKRVII SAPSADAPMF VMGVNHEKYN NTLKIVSNAS CTTNCLAPLA K VIHDHFGI ...文字列: MVKVGVNGFG RIGRLVTRAA FNSGKVDIVA INDPFIDLHY MVYMFQYDST HGKFNGTVKA ENGKLVINGK AITIFQERDP ANIKWGDAG AEYVVESTGV FTTMEKAGAH LKGGAKRVII SAPSADAPMF VMGVNHEKYN NTLKIVSNAS CTTNCLAPLA K VIHDHFGI VEGLMTTVHA ITATQKTVDG PSGKLWRDGR GAAQNIIPAS TGAAKAVGKV IPELNGKLTG MAFRVPTPNV SV VDLTCRL EKPAKYDEIK KVVKQASEGP LKGILGYTED QVVSCDFNSD THSSTFDAGA GIALNDHFVK LISWYDNEFG YSN RVVDLM VHMASKE UniProtKB: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase |
-分子 #2: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAD |
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分子量 | 理論値: 663.425 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAD: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 399 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 36.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |