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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26351 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Mitochondrial Creatine Kinase | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CK / creatine kinase / mitochondrial / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Creatine metabolism / creatine kinase / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / mitochondrial inner membrane / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | |||||||||
データ登録者 | Morgan CE / Yu EW / Zhang Z | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Toward structural-omics of the bovine retinal pigment epithelium. 著者: Christopher E Morgan / Zhemin Zhang / Masaru Miyagi / Marcin Golczak / Edward W Yu / 要旨: The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on ...The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on determining the structure of a particular biomacromolecule of interest. Here, we report the use of cryoelectron microscopy (cryo-EM) to define the composition of a raw bovine retinal pigment epithelium (RPE) lysate. From this sample, we simultaneously identify and solve cryo-EM structures of seven different RPE enzymes whose functions affect neurotransmitter recycling, iron metabolism, gluconeogenesis, glycolysis, axonal development, and energy homeostasis. Interestingly, dysfunction of these important proteins has been directly linked to several neurodegenerative disorders, including Huntington's disease, amyotrophic lateral sclerosis (ALS), Parkinson's disease, Alzheimer's disease, and schizophrenia. Our work underscores the importance of cryo-EM in facilitating tissue and organ proteomics at the atomic level. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26351.map.gz | 8.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26351-v30.xml emd-26351.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26351_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26351.png | 116.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26351.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_26351_additional_1.map.gz emd_26351_half_map_1.map.gz emd_26351_half_map_2.map.gz | 32 MB 58.9 MB 58.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26351 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26351 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26351_validation.pdf.gz | 969.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26351_full_validation.pdf.gz | 968.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26351_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26351_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26351 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26351 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7u5iMC 7u5hC 7u5jC 7u5kC 7u5lC 7u5mC 7u5nC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_26351_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26351_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26351_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Octamer of Creatine Kinase
全体 | 名称: Octamer of Creatine Kinase |
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要素 |
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-超分子 #1: Octamer of Creatine Kinase
超分子 | 名称: Octamer of Creatine Kinase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: Creatine kinase U-type, mitochondrial
分子 | 名称: Creatine kinase U-type, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: creatine kinase |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 46.965605 KDa |
配列 | 文字列: MAGPFSRLLS ARPGLRLLAL AGAGSLAAGF LLRSEPVRAA SERRRLYPPS AEYPDLRKHN NCMASHLTPA VYARLCDKTT PTGWTLDQC IQTGVDNPGH PFIKTVGMVA GDEETYEVFA ELFDPVIQER HNGYDPRTMK HTTDLDASKI RSGYFDERYV L SSRVRTGR ...文字列: MAGPFSRLLS ARPGLRLLAL AGAGSLAAGF LLRSEPVRAA SERRRLYPPS AEYPDLRKHN NCMASHLTPA VYARLCDKTT PTGWTLDQC IQTGVDNPGH PFIKTVGMVA GDEETYEVFA ELFDPVIQER HNGYDPRTMK HTTDLDASKI RSGYFDERYV L SSRVRTGR SIRGLSLPPA CTRAERREVE RVVVDALSGL KGDLAGRYYR LSEMTEAEQQ QLIDDHFLFD KPVSPLLTAA GM ARDWPDA RGIWHNNEKS FLIWVNEEDH TRVISMEKGG NMKKVFERFC RGLKEVERLI QERGWEFMWN ERLGYILTCP SNL GTGLRA GVHIKLPLLS KDSRFPKILE NLRLQKRGTG GVDTAATGSV FDISNLDRLG KSEVELVQLV IDGVNFLIDC ERRL ERGQD IRIPPPLPNK H UniProtKB: Creatine kinase U-type, mitochondrial |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 123 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 37.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |