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万見- EMDB-26305: EBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26305 | |||||||||
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タイトル | EBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | EBV latency protein EBNA1 Dyad symmetry / VIRAL PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell PML body / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / virus-mediated perturbation of host defense response ...host cell PML body / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / virus-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Mei Y / Lieberman P | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: EBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element 著者: Mei Y / Lieberman P | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26305.map.gz | 80.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26305-v30.xml emd-26305.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26305_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26305.png | 28.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26305.cif.gz | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26305 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26305 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26305_validation.pdf.gz | 480.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26305_full_validation.pdf.gz | 479.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26305_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26305_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26305 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26305 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7u1tMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26305.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region
全体 | 名称: EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region |
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要素 |
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-超分子 #1: EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region
超分子 | 名称: EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: Epstein-Barr nuclear antigen 1
分子 | 名称: Epstein-Barr nuclear antigen 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 |
分子量 | 理論値: 19.243031 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: PADDPGEGPS TGPRGQGDGG RRKKGGWFGK HRGQGGSNPK FENIAEGLRA LLARSHVERT TDEGTWVAGV FVYGGSKTSL YNLRRGTAL AIPQCRLTPL SRLPFGMAPG PGPQPGPLRE SIVCYFMVFL QTHIFAEVLK DAIKDLVMTK PAPTCNIRVT V CSFDDGVD LPPWFPPMVE UniProtKB: Epstein-Barr nuclear antigen 1 |
-分子 #2: DNA (59-MER)
分子 | 名称: DNA (59-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 18.181674 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC) (DA) (DT)(DA)(DT)(DG)(DC) ...文字列: (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC) (DA) (DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT) GENBANK: GENBANK: M80517.1 |
-分子 #3: DNA (59-MER)
分子 | 名称: DNA (59-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 18.177703 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA) ...文字列: (DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG) (DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA) GENBANK: GENBANK: M80517.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 30.0 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 21 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4938 / 平均露光時間: 1.68 sec. / 平均電子線量: 1.03 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 30.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 10.0 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 30.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 10.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 135 | ||||||||||||||
得られたモデル | PDB-7u1t: |