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万見
- EMDB-26297: RFC:PCNA bound to nicked DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26297
タイトルRFC:PCNA bound to nicked DNA
マップデータDensity modified map
試料
  • 複合体: RFC bound to PCNA and DNA with a nick
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • DNA: x 3種
  • リガンド: x 3種
キーワードsliding clamp (DNAクランプ) / DNA replication&repair / AAA+ / clamp loader / BRCT domain / REPLICATION (DNA複製)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Elg1 RFC-like complex / Translesion Synthesis by POLH ...DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Elg1 RFC-like complex / Translesion Synthesis by POLH / DNA replication factor C complex / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / SUMOylation of DNA replication proteins / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / DNA clamp loader activity / PCNA complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Termination of translesion DNA synthesis / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / lagging strand elongation / postreplication repair / sister chromatid cohesion / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / DNAミスマッチ修復 / DNA修復 / positive regulation of DNA repair / DNA damage checkpoint signaling / DNA複製 / positive regulation of DNA replication / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / 細胞分裂 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Replication factor C subunit 1 / DNA replication factor RFC1, C-terminal / Replication factor RFC1 C terminal domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site ...Replication factor C subunit 1 / DNA replication factor RFC1, C-terminal / Replication factor RFC1 C terminal domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
増殖細胞核抗原 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C subunit 1 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Liu X / Gaubitz C
資金援助 米国, スイス, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM127776 米国
Swiss National Science Foundation168972 スイス
Swiss National Science Foundation177859 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: A second DNA binding site on RFC facilitates clamp loading at gapped or nicked DNA.
著者: Xingchen Liu / Christl Gaubitz / Joshua Pajak / Brian A Kelch /
要旨: Clamp loaders place circular sliding clamp proteins onto DNA so that clamp-binding partner proteins can synthesize, scan, and repair the genome. DNA with nicks or small single-stranded gaps are ...Clamp loaders place circular sliding clamp proteins onto DNA so that clamp-binding partner proteins can synthesize, scan, and repair the genome. DNA with nicks or small single-stranded gaps are common clamp-loading targets in DNA repair, yet these substrates would be sterically blocked given the known mechanism for binding of primer-template DNA. Here, we report the discovery of a second DNA binding site in the yeast clamp loader replication factor C (RFC) that aids in binding to nicked or gapped DNA. This DNA binding site is on the external surface and is only accessible in the open conformation of RFC. Initial DNA binding at this site thus provides access to the primary DNA binding site in the central chamber. Furthermore, we identify that this site can partially unwind DNA to create an extended single-stranded gap for DNA binding in RFC's central chamber and subsequent ATPase activation. Finally, we show that deletion of the BRCT domain, a major component of the external DNA binding site, results in defective yeast growth in the presence of DNA damage where nicked or gapped DNA intermediates occur. We propose that RFC's external DNA binding site acts to enhance DNA binding and clamp loading, particularly at DNA architectures typically found in DNA repair.
履歴
登録2022年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26297.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26297.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 32.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density modified map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-11.604167 - 20.759288999999999
平均 (標準偏差)0.000000000013149 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin676773
サイズ192181246
Spacing246192181
セルA: 204.18001 Å / B: 159.36002 Å / C: 150.23001 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: #1

ファイルemd_26297_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_26297_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_26297_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RFC bound to PCNA and DNA with a nick

全体名称: RFC bound to PCNA and DNA with a nick
要素
  • 複合体: RFC bound to PCNA and DNA with a nick
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen増殖細胞核抗原
    • DNA: primer DNA
    • DNA: template DNA
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: RFC bound to PCNA and DNA with a nick

超分子名称: RFC bound to PCNA and DNA with a nick / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 367 KDa

+
分子 #1: Replication factor C subunit 1

分子名称: Replication factor C subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 95.048195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVNISDFFGK NKKSVRSSTS RPTRQVGSSK PEVIDLDTES DQESTNKTPK KMPVSNVIDV SETPEGEKKL PLPAKRKASS PTVKPASSK KTKPSSKSSD SASNITAQDV LDKIPSLDLS NVHVKENAKF DFKSANSNAD PDEIVSEIGS FPEGKPNCLL G LTIVFTGV ...文字列:
MVNISDFFGK NKKSVRSSTS RPTRQVGSSK PEVIDLDTES DQESTNKTPK KMPVSNVIDV SETPEGEKKL PLPAKRKASS PTVKPASSK KTKPSSKSSD SASNITAQDV LDKIPSLDLS NVHVKENAKF DFKSANSNAD PDEIVSEIGS FPEGKPNCLL G LTIVFTGV LPTLERGASE ALAKRYGARV TKSISSKTSV VVLGDEAGPK KLEKIKQLKI KAIDEEGFKQ LIAGMPAEGG DG EAAEKAR RKLEEQHNIA TKEAELLVKK EEERSKKLAA TRVSGGHLER DNVVREEDKL WTVKYAPTNL QQVCGNKGSV MKL KNWLAN WENSKKNSFK HAGKDGSGVF RAAMLYGPPG IGKTTAAHLV AQELGYDILE QNASDVRSKT LLNAGVKNAL DNMS VVGYF KHNEEAQNLN GKHFVIIMDE VDGMSGGDRG GVGQLAQFCR KTSTPLILIC NERNLPKMRP FDRVCLDIQF RRPDA NSIK SRLMTIAIRE KFKLDPNVID RLIQTTRGDI RQVINLLSTI STTTKTINHE NINEISKAWE KNIALKPFDI AHKMLD GQI YSDIGSRNFT LNDKIALYFD DFDFTPLMIQ ENYLSTRPSV LKPGQSHLEA VAEAANCISL GDIVEKKIRS SEQLWSL LP LHAVLSSVYP ASKVAGHMAG RINFTAWLGQ NSKSAKYYRL LQEIHYHTRL GTSTDKIGLR LDYLPTFRKR LLDPFLKQ G ADAISSVIEV MDDYYLTKED WDSIMEFFVG PDVTTAIIKK IPATVKSGFT RKYNSMTHPV AIYRTGSTIG GGGVGTSTS TPDFEDVVDA DDNPVPADDE ETQDSSTDLK KDKLIKQKAK PTKRKTATSK PGGSKKRKTK A

UniProtKB: Replication factor C subunit 1

+
分子 #2: Replication factor C subunit 4

分子名称: Replication factor C subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 36.201039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVV RNQIKHFAQK KLHLPPGKHK IVILDEADSM TAGAQQALRR TMELYSNSTR FAFACNQSNK IIEPLQSRCA I LRYSKLSD ...文字列:
MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVV RNQIKHFAQK KLHLPPGKHK IVILDEADSM TAGAQQALRR TMELYSNSTR FAFACNQSNK IIEPLQSRCA I LRYSKLSD EDVLKRLLQI IKLEDVKYTN DGLEAIIFTA EGDMRQAINN LQSTVAGHGL VNADNVFKIV DSPHPLIVKK ML LASNLED SIQILRTDLW KKGYSSIDIV TTSFRVTKNL AQVKESVRLE MIKEIGLTHM RILEGVGTYL QLASMLAKIH KLN NKA

UniProtKB: Replication factor C subunit 4

+
分子 #3: Replication factor C subunit 3

分子名称: Replication factor C subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 38.254543 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRG IDVVRNQIKD FASTRQIFSK GFKLIILDEA DAMTNAAQNA LRRVIERYTK NTRFCVLANY AHKLTPALLS R CTRFRFQP ...文字列:
MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRG IDVVRNQIKD FASTRQIFSK GFKLIILDEA DAMTNAAQNA LRRVIERYTK NTRFCVLANY AHKLTPALLS R CTRFRFQP LPQEAIERRI ANVLVHEKLK LSPNAEKALI ELSNGDMRRV LNVLQSCKAT LDNPDEDEIS DDVIYECCGA PR PSDLKAV LKSILEDDWG TAHYTLNKVR SAKGLALIDL IEGIVKILED YELQNEETRV HLLTKLADIE YSISKGGNDQ IQG SAVIGA IKASFENETV KANV

UniProtKB: Replication factor C subunit 3

+
分子 #4: Replication factor C subunit 2

分子名称: Replication factor C subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.794473 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMK SRILELNASD ERGISIVREK VKNFARLTVS KPSKHDLENY PCPPYKIIIL DEADSMTADA QSALRRTMET Y SGVTRFCL ...文字列:
MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMK SRILELNASD ERGISIVREK VKNFARLTVS KPSKHDLENY PCPPYKIIIL DEADSMTADA QSALRRTMET Y SGVTRFCL ICNYVTRIID PLASRCSKFR FKALDASNAI DRLRFISEQE NVKCDDGVLE RILDISAGDL RRGITLLQSA SK GAQYLGD GKNITSTQVE ELAGVVPHDI LIEIVEKVKS GDFDEIKKYV NTFMKSGWSA ASVVNQLHEY YITNDNFDTN FKN QISWLL FTTDSRLNNG TNEHIQLLNL LVKISQL

UniProtKB: Replication factor C subunit 2

+
分子 #5: Replication factor C subunit 5

分子名称: Replication factor C subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.993582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVS SPYHLEITPS DMGNNDRIVI QELLKEVAQM EQVDFQDSKD GLAHRYKCVI INEANSLTKD AQAALRRTME K YSKNIRLI ...文字列:
MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVS SPYHLEITPS DMGNNDRIVI QELLKEVAQM EQVDFQDSKD GLAHRYKCVI INEANSLTKD AQAALRRTME K YSKNIRLI MVCDSMSPII APIKSRCLLI RCPAPSDSEI STILSDVVTN ERIQLETKDI LKRIAQASNG NLRVSLLMLE SM ALNNELA LKSSSPIIKP DWIIVIHKLT RKIVKERSVN SLIECRAVLY DLLAHCIPAN IILKELTFSL LDVETLNTTN KSS IIEYSS VFDERLSLGN KAIFHLEGFI AKVMCCLD

UniProtKB: Replication factor C subunit 5

+
分子 #6: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 29.525713 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPHMASMLEA KFEEASLFKR IIDGFKDCVQ LVNFQCKEDG IIAQAVDDSR VLLVSLEIGV EAFQEYRCDH PVTLGMDLTS LSKILRCGN NTDTLTLIAD NTPDSIILLF EDTKKDRIAE YSLKLMDIDA DFLKIEELQY DSTLSLPSSE FSKIVRDLSQ L SDSINIMI ...文字列:
GPHMASMLEA KFEEASLFKR IIDGFKDCVQ LVNFQCKEDG IIAQAVDDSR VLLVSLEIGV EAFQEYRCDH PVTLGMDLTS LSKILRCGN NTDTLTLIAD NTPDSIILLF EDTKKDRIAE YSLKLMDIDA DFLKIEELQY DSTLSLPSSE FSKIVRDLSQ L SDSINIMI TKETIKFVAD GDIGSGSVII KPFVDMEHPE TSIKLEMDQP VDLTFGAKYL LDIIKGSSLS DRVGIRLSSE AP ALFQFDL KSGFLQFFLA PKFNDEE

UniProtKB: 増殖細胞核抗原

+
分子 #7: primer DNA

分子名称: primer DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.145022 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)

+
分子 #8: template DNA

分子名称: template DNA / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.400687 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA) (DG)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DG)(DC)

+
分子 #9: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.997607 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC) (DT)(DG)(DT)

+
分子 #10: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.6664 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: RFC:PCNA:5gapped DNA
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 119631
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7u19:
RFC:PCNA bound to nicked DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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