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- EMDB-26213: the apo structure of human mTORC2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26213
タイトルthe apo structure of human mTORC2 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: apostate of mTORC2 complex, composed of mTOR, Rictor, mLST8 and mSin1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Rapamycin-insensitive companion of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1
キーワードcomplex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TORC2 signaling / regulation of peptidyl-serine phosphorylation / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 complex ...TORC2 signaling / regulation of peptidyl-serine phosphorylation / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 complex / cellular response to leucine starvation / TFIIIC-class transcription factor complex binding / regulation of membrane permeability / negative regulation of lysosome organization / heart valve morphogenesis / nucleus localization / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / TORC1 complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / regulation of cellular response to oxidative stress / calcineurin-NFAT signaling cascade / voluntary musculoskeletal movement / TORC1 signaling / regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of keratinocyte migration / phosphatidic acid binding / cellular response to L-leucine / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / cellular response to nutrient / regulation of autophagosome assembly / cellular response to methionine / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / energy reserve metabolic process / negative regulation of cell size / ruffle organization / negative regulation of Ras protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / cellular response to osmotic stress / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / negative regulation of protein localization to nucleus / anoikis / cardiac muscle cell development / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of myelination / positive regulation of actin filament polymerization / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of cell size / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / lysosome organization / Macroautophagy / positive regulation of myotube differentiation / behavioral response to pain / oligodendrocyte differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / mTORC1-mediated signalling / germ cell development / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / : / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / HSF1-dependent transactivation / neuronal action potential / positive regulation of TOR signaling / response to amino acid / TOR signaling / endomembrane system / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / regulation of macroautophagy / positive regulation of translational initiation / cellular response to nutrient levels / positive regulation of lamellipodium assembly / phagocytic vesicle / heart morphogenesis / positive regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / phosphorylation / cardiac muscle contraction / regulation of cellular response to heat / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of stress fiber assembly / cytoskeleton organization / positive regulation of endothelial cell proliferation / T cell costimulation / substantia nigra development / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / post-embryonic development / positive regulation of glycolytic process / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase activator activity / response to nutrient / response to nutrient levels / VEGFR2 mediated vascular permeability / regulation of signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of translation / Regulation of PTEN gene transcription
類似検索 - 分子機能
Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-terminal domain / Pianissimo family / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, phosphorylation-site / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 4 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR RasGEF_N domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-term / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, phosphorylation-site / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain ...Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-terminal domain / Pianissimo family / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, phosphorylation-site / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 4 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR RasGEF_N domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-term / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, phosphorylation-site / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR RasGEF_N domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-term / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, phosphorylation-site / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Sin1, N-terminal / Stress-activated map kinase interacting protein 1 (SIN1) / TORC2 component Sin1/Avo1 / SAPK-interacting protein 1, Pleckstrin-homology domain / Sin1, middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), Pleckstrin-homology / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / : / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / FAT domain profile. / FATC domain profile. / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase mTOR / Rapamycin-insensitive companion of mTOR / Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1 / Target of rapamycin complex subunit LST8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Yu Z / Chen J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Interactions between mTORC2 core subunits Rictor and mSin1 dictate selective and context-dependent phosphorylation of substrate kinases SGK1 and Akt.
著者: Zanlin Yu / Junliang Chen / Enzo Takagi / Feng Wang / Bidisha Saha / Xi Liu / Lydia-Marie Joubert / Catherine E Gleason / Mingliang Jin / Chengmin Li / Carlos Nowotny / David Agard / Yifan Cheng / David Pearce /
要旨: Mechanistic target of rapamycin complex 2 (mTORC2) is a multi-subunit kinase complex, central to multiple essential signaling pathways. Two core subunits, Rictor and mSin1, distinguish it from the ...Mechanistic target of rapamycin complex 2 (mTORC2) is a multi-subunit kinase complex, central to multiple essential signaling pathways. Two core subunits, Rictor and mSin1, distinguish it from the related mTORC1 and support context-dependent phosphorylation of its substrates. mTORC2 structures have been determined previously; however, important questions remain, particularly regarding the structural determinants mediating substrate specificity and context-dependent activity. Here, we used cryo-EM to obtain high-resolution structures of the human mTORC2 apo-complex in the presence of substrates Akt and SGK1. Using functional assays, we then tested predictions suggested by substrate-induced structural changes in mTORC2. For the first time, we visualized in the apo-state the side chain interactions between Rictor and mTOR that sterically occlude recruitment of mTORC1 substrates and confer resistance to the mTORC1 inhibitor rapamycin. Also in the apo-state, we observed that mSin1 formed extensive contacts with Rictor via a pair of short α-helices nestled between two Rictor helical repeat clusters, as well as by an extended strand that makes multiple weak contacts with Rictor helical cluster 1. In co-complex structures, we found that SGK1, but not Akt, markedly altered the conformation of the mSin1 N-terminal extended strand, disrupting multiple weak interactions while inducing a large rotation of mSin1 residue Arg-83, which then interacts with a patch of negatively charged residues within Rictor. Finally, we demonstrate mutation of Arg-83 to Ala selectively disrupts mTORC2-dependent phosphorylation of SGK1, but not of Akt, supporting context-dependent substrate selection. These findings provide new structural and functional insights into mTORC2 specificity and context-dependent activity.
履歴
登録2022年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26213.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26213.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 324 pix.
= 356.4 Å		1.1 Å/pix.
x 324 pix.
= 356.4 Å		1.1 Å/pix.
x 324 pix.
= 356.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.64
最小 - 最大-11.647442 - 22.607026999999999
平均 (標準偏差)0.025841018 (±1.0290349)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 356.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : apostate of mTORC2 complex, composed of mTOR, Rictor, mLST8 and mSin1

全体名称: apostate of mTORC2 complex, composed of mTOR, Rictor, mLST8 and mSin1
要素
  • 複合体: apostate of mTORC2 complex, composed of mTOR, Rictor, mLST8 and mSin1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Rapamycin-insensitive companion of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1

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超分子 #1: apostate of mTORC2 complex, composed of mTOR, Rictor, mLST8 and mSin1

超分子名称: apostate of mTORC2 complex, composed of mTOR, Rictor, mLST8 and mSin1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase mTOR

分子名称: Serine/threonine-protein kinase mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 302.330406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVTTLSGLSG EQGPSGDMTT EEDSATHIKF SKRDEDGREL AGATMELRDS SGKTISTWIS DGHVKDFYLY PGKYTFVETA APDGYEVAT PIEFTVNEDG QVTVDGEATE GDAHTGSSGS GSGTGSMLGT GPAAATTAAT TSSNVSVLQQ FASGLKSRNE E TRAKAAKE ...文字列:
MVTTLSGLSG EQGPSGDMTT EEDSATHIKF SKRDEDGREL AGATMELRDS SGKTISTWIS DGHVKDFYLY PGKYTFVETA APDGYEVAT PIEFTVNEDG QVTVDGEATE GDAHTGSSGS GSGTGSMLGT GPAAATTAAT TSSNVSVLQQ FASGLKSRNE E TRAKAAKE LQHYVTMELR EMSQEESTRF YDQLNHHIFE LVSSSDANER KGGILAIASL IGVEGGNATR IGRFANYLRN LL PSNDPVV MEMASKAIGR LAMAGDTFTA EYVEFEVKRA LEWLGADRNE GRRHAAVLVL RELAISVPTF FFQQVQPFFD NIF VAVWDP KQAIREGAVA ALRACLILTT QREPKEMQKP QWYRHTFEEA EKGFDETLAK EKGMNRDDRI HGALLILNEL VRIS SMEGE RLREEMEEIT QQQLVHDKYC KDLMGFGTKP RHITPFTSFQ AVQPQQSNAL VGLLGYSSHQ GLMGFGTSPS PAKST LVES RCCRDLMEEK FDQVCQWVLK CRNSKNSLIQ MTILNLLPRL AAFRPSAFTD TQYLQDTMNH VLSCVKKEKE RTAAFQ ALG LLSVAVRSEF KVYLPRVLDI IRAALPPKDF AHKRQKAMQV DATVFTCISM LARAMGPGIQ QDIKELLEPM LAVGLSP AL TAVLYDLSRQ IPQLKKDIQD GLLKMLSLVL MHKPLRHPGM PKGLAHQLAS PGLTTLPEAS DVGSITLALR TLGSFEFE G HSLTQFVRHC ADHFLNSEHK EIRMEAARTC SRLLTPSIHL ISGHAHVVSQ TAVQVVADVL SKLLVVGITD PDPDIRYCV LASLDERFDA HLAQAENLQA LFVALNDQVF EIRELAICTV GRLSSMNPAF VMPFLRKMLI QILTELEHSG IGRIKEQSAR MLGHLVSNA PRLIRPYMEP ILKALILKLK DPDPDPNPGV INNVLATIGE LAQVSGLEMR KWVDELFIII MDMLQDSSLL A KRQVALWT LGQLVASTGY VVEPYRKYPT LLEVLLNFLK TEQNQGTRRE AIRVLGLLGA LDPYKHKVNI GMIDQSRDAS AV SLSESKS SQDSSDYSTS EMLVNMGNLP LDEFYPAVSM VALMRIFRDQ SLSHHHTMVV QAITFIFKSL GLKCVQFLPQ VMP TFLNVI RVCDGAIREF LFQQLGMLVS FVKSHIRPYM DEIVTLMREF WVMNTSIQST IILLIEQIVV ALGGEFKLYL PQLI PHMLR VFMHDNSPGR IVSIKLLAAI QLFGANLDDY LHLLLPPIVK LFDAPEAPLP SRKAALETVD RLTESLDFTD YASRI IHPI VRTLDQSPEL RSTAMDTLSS LVFQLGKKYQ IFIPMVNKVL VRHRINHQRY DVLICRIVKG YTLADEEEDP LIYQHR MLR SGQGDALASG PVETGPMKKL HVSTINLQKA WGAARRVSKD DWLEWLRRLS LELLKDSSSP SLRSCWALAQ AYNPMAR DL FNAAFVSCWS ELNEDQQDEL IRSIELALTS QDIAEVTQTL LNLAEFMEHS DKGPLPLRDD NGIVLLGERA AKCRAYAK A LHYKELEFQK GPTPAILESL ISINNKLQQP EAAAGVLEYA MKHFGELEIQ ATWYEKLHEW EDALVAYDKK MDTNKDDPE LMLGRMRCLE ALGEWGQLHQ QCCEKWTLVN DETQAKMARM AAAAAWGLGQ WDSMEEYTCM IPRDTHDGAF YRAVLALHQD LFSLAQQCI DKARDLLDAE LTAMAGESYS RAYGAMVSCH MLSELEEVIQ YKLVPERREI IRQIWWERLQ GCQRIVEDWQ K ILMVRSLV VSPHEDMRTW LKYASLCGKS GRLALAHKTL VLLLGVDPSR QLDHPLPTVH PQVTYAYMKN MWKSARKIDA FQ HMQHFVQ TMQQQAQHAI ATEDQQHKQE LHKLMARCFL KLGEWQLNLQ GINESTIPKV LQYYSAATEH DRSWYKAWHA WAV MNFEAV LHYKHQNQAR DEKKKLRHAS GANITNATTA ATTAATATTT ASTEGSNSES EAESTENSPT PSPLQKKVTE DLSK TLLMY TVPAVQGFFR SISLSRGNNL QDTLRVLTLW FDYGHWPDVN EALVEGVKAI QIDTWLQVIP QLIARIDTPR PLVGR LIHQ LLTDIGRYHP QALIYPLTVA SKSTTTARHN AANKILKNMC EHSNTLVQQA MMVSEELIRV AILWHEMWHE GLEEAS RLY FGERNVKGMF EVLEPLHAMM ERGPQTLKET SFNQAYGRDL MEAQEWCRKY MKSGNVKDLT QAWDLYYHVF RRISKQL PQ LTSLELQYVS PKLLMCRDLE LAVPGTYDPN QPIIRIQSIA PSLQVITSKQ RPRKLTLMGS NGHEFVFLLK GHEDLRQD E RVMQLFGLVN TLLANDPTSL RKNLSIQRYA VIPLSTNSGL IGWVPHCDTL HALIRDYREK KKILLNIEHR IMLRMAPDY DHLTLMQKVE VFEHAVNNTA GDDLAKLLWL KSPSSEVWFD RRTNYTRSLA VMSMVGYILG LGDRHPSNLM LDRLSGKILH IDFGDCFEV AMTREKFPEK IPFRLTRMLT NAMEVTGLDG NYRITCHTVM EVLREHKDSV MAVLEAFVYD PLLNWRLMDT N TKGNKRSR TRTDSYSAGQ SVEILDGVEL GEPAHKKTGT TVPESIHSFI GDGLVKPEAL NKKAIQIINR VRDKLTGRDF SH DDTLDVP TQVELLIKQA TSHENLCQCY IGWCPFW

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase mTOR

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分子 #2: Target of rapamycin complex subunit LST8

分子名称: Target of rapamycin complex subunit LST8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.998254 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGYPYDVPDY ADLNGGGGGS TMNTSPGTVG SDPVILATAG YDHTVRFWQA HSGICTRTVQ HQDSQVNALE VTPDRSMIAA AGYQHIRMY DLNSNNPNPI ISYDGVNKNI ASVGFHEDGR WMYTGGEDCT ARIWDLRSRN LQCQRIFQVN APINCVCLHP N QAELIVGD ...文字列:
MGYPYDVPDY ADLNGGGGGS TMNTSPGTVG SDPVILATAG YDHTVRFWQA HSGICTRTVQ HQDSQVNALE VTPDRSMIAA AGYQHIRMY DLNSNNPNPI ISYDGVNKNI ASVGFHEDGR WMYTGGEDCT ARIWDLRSRN LQCQRIFQVN APINCVCLHP N QAELIVGD QSGAIHIWDL KTDHNEQLIP EPEVSITSAH IDPDASYMAA VNSTGNCYVW NLTGGIGDEV TQLIPKTKIP AH TRYALQC RFSPDSTLLA TCSADQTCKI WRTSNFSLMT ELSIKSGNPG ESSRGWMWGC AFSGDSQYIV TASSDNLARL WCV ETGEIK REYGGHQKAV VCLAFNDSVL G

UniProtKB: Target of rapamycin complex subunit LST8

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分子 #3: Rapamycin-insensitive companion of mTOR

分子名称: Rapamycin-insensitive companion of mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 193.846328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG STMAAIGRGR SLKNLRVRGR NDSGEENVPL DLTREPSDNL REILQNVARL QGVSNMRKLG HLNNFTKLLC DIGHSEEKL GFHYEDIIIC LRLALLNEAK EVRAAGLRAL RYLIQDSSIL QKVLKLKVDY LIARCIDIQQ SNEVERTQAL R LVRKMITV ...文字列:
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UniProtKB: Rapamycin-insensitive companion of mTOR

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分子 #4: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1

分子名称: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.732328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAFLDNPTII LAHIRQSHVT SDDTGMCEMV LIDHDVDLEK IHPPSMPGDS GSEIQGSNGE TQGYVYAQSV DITSSWDFGI RRRSNTAQR LERLRKERQN QIKCKNIQWK ERNSKQSAQE LKSLFEKKSL KEKPPISGKQ SILSVRLEQC PLQLNNPFNE Y SKFDGKGH ...文字列:
MAFLDNPTII LAHIRQSHVT SDDTGMCEMV LIDHDVDLEK IHPPSMPGDS GSEIQGSNGE TQGYVYAQSV DITSSWDFGI RRRSNTAQR LERLRKERQN QIKCKNIQWK ERNSKQSAQE LKSLFEKKSL KEKPPISGKQ SILSVRLEQC PLQLNNPFNE Y SKFDGKGH VGTTATKKID VYLPLHSSQD RLLPMTVVTM ASARVQDLIG LICWQYTSEG REPKLNDNVS AYCLHIAEDD GE VDTDFPP LDSNEPIHKF GFSTLALVEK YSSPGLTSKE SLFVRINAAH GFSLIQVDNT KVTMKEILLK AVKRRKGSQK VSG PQYRLE KQSEPNVAVD LDSTLESQSA WEFCLVRENS SRADGVFEED SQIDIATVQD MLSSHHYKSF KVSMIHRLRF TTDV QLGIS GDKVEIDPVT NQKASTKFWI KQKPISIDSD LLCACDLAEE KSPSHAIFKL TYLSNHDYKH LYFESDAATV NEIVL KVNY ILESRASTAR ADYFAQKQRK LNRRTSFSFQ KEKKSGQQAA AGGGGYPYDV PDYA

UniProtKB: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 22 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 288538
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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