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万見
- EMDB-26063: Single-particle Cryo-EM structure of Arp2/3 complex at branched-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26063
タイトルSingle-particle Cryo-EM structure of Arp2/3 complex at branched-actin junction.
マップデータArp2/3 mediated branched actin junction sharpened map
試料
  • 複合体: Complex consisting of Arp2/3 complex-mediated branched actin junction
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding ...EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / cilium assembly / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of lamellipodium assembly / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / cell projection / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / cell migration / lamellipodium / site of double-strand break / actin binding / cell cortex / cell body / hydrolase activity / neuron projection / protein domain specific binding / calcium ion binding / synapse / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex subunit 2/4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 superfamily / Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc ...Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex subunit 2/4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 superfamily / Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc / ARP2/3 complex ARPC3 (21 kDa) subunit / ARP2/3 complex 20 kDa subunit (ARPC4) / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-related protein 2 / Actin-related protein 3 / Actin, alpha skeletal muscle / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / cattle (ウシ) / rabbit (ウサギ) / Amanita phalloides (タマゴテングタケ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Ding B / Narvaez-Ortiz HY / Nolen BJ / Chowdhury S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM127440, R01GM092917, S10OD012272 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structure of Arp2/3 complex at a branched actin filament junction resolved by single-particle cryo-electron microscopy.
著者: Bojian Ding / Heidy Y Narvaez-Ortiz / Yuvraj Singh / Glen M Hocky / Saikat Chowdhury / Brad J Nolen /
要旨: Arp2/3 complex nucleates branched actin filaments that provide pushing forces to drive cellular processes such as lamellipodial protrusion and endocytosis. Arp2/3 complex is intrinsically inactive, ...Arp2/3 complex nucleates branched actin filaments that provide pushing forces to drive cellular processes such as lamellipodial protrusion and endocytosis. Arp2/3 complex is intrinsically inactive, and multiple classes of nucleation promoting factors (NPFs) stimulate its nucleation activity. When activated by WASP family NPFs, the complex must bind to the side of a preexisting (mother) filament of actin to complete the nucleation process, ensuring that WASP-mediated activation creates branched rather than linear actin filaments. How actin filaments contribute to activation is currently not understood, largely due to the lack of high-resolution structures of activated Arp2/3 complex bound to the side of a filament. Here, we present the 3.9-Å cryo-electron microscopy structure of the Arp2/3 complex at a branch junction. The structure reveals contacts between Arp2/3 complex and the side of the mother actin filament that likely stimulate subunit flattening, a conformational change that allows the actin-related protein subunits in the complex (Arp2 and Arp3) to mimic filamentous actin subunits. In contrast, limited contact between the bottom half of the complex and the mother filament suggests that clamp twisting, a second major conformational change observed in the active state, is not stimulated by actin filaments, potentially explaining why actin filaments are required but insufficient to trigger nucleation during WASP-mediated activation. Along with biochemical and live-cell imaging data and molecular dynamics simulations, the structure reveals features critical for the interaction of Arp2/3 complex with actin filaments and regulated assembly of branched actin filament networks in cells.
履歴
登録2022年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年6月8日-
現状2022年6月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26063.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26063.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Arp2/3 mediated branched actin junction sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 368 pix.
= 412.16 Å		1.12 Å/pix.
x 368 pix.
= 412.16 Å		1.12 Å/pix.
x 368 pix.
= 412.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.030343888 - 2.3073242
平均 (標準偏差)0.0020308052 (±0.032612532)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 412.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26063_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Arp2/3 mediated branched actin junction masked unsharpened map

ファイルemd_26063_additional_1.map
注釈Arp2/3 mediated branched actin junction masked unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Arp2/3 mediated branched actin junction sharpened map with...

ファイルemd_26063_additional_2.map
注釈Arp2/3 mediated branched actin junction sharpened map with peripheral actins
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Arp2/3 mediated branched actin junction masked first half map

ファイルemd_26063_half_map_1.map
注釈Arp2/3 mediated branched actin junction masked first half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Arp2/3 mediated branched actin junction masked second half map

ファイルemd_26063_half_map_2.map
注釈Arp2/3 mediated branched actin junction masked second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex consisting of Arp2/3 complex-mediated branched actin junction

全体名称: Complex consisting of Arp2/3 complex-mediated branched actin junction
要素
  • 複合体: Complex consisting of Arp2/3 complex-mediated branched actin junction
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
    • タンパク質・ペプチド: Phalloidin
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Complex consisting of Arp2/3 complex-mediated branched actin junction

超分子名称: Complex consisting of Arp2/3 complex-mediated branched actin junction
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 834 KDa

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分子 #1: Actin-related protein 3

分子名称: Actin-related protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Missing sequences correspond to unmodeled regions due to poor density map
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 47.428031 KDa
配列文字列: MAGRLPACVV DCGTGYTKLG YAGNTEPQFI IPSCIAIKES AKVGDQAQRR VMKGVDDLDF FIGDEAIEKP TYATKWPIRH GIVEDWDLM ERFMEQVIFK YLRAEPEDHY FLLTEPPLNT PENREYTAEI MFESFNVPGL YIAVQAVLAL AASWTSRQVG E RTLTGTVI ...文字列:
MAGRLPACVV DCGTGYTKLG YAGNTEPQFI IPSCIAIKES AKVGDQAQRR VMKGVDDLDF FIGDEAIEKP TYATKWPIRH GIVEDWDLM ERFMEQVIFK YLRAEPEDHY FLLTEPPLNT PENREYTAEI MFESFNVPGL YIAVQAVLAL AASWTSRQVG E RTLTGTVI DSGDGVTHVI PVAEGYVIGS CIKHIPIAGR DITYFIQQLL RDREVGIPPE QSLETAKAVK ERYSYVCPDL VK EFNKYDT DGSKWIKQYT GINAISKKEF SIDVGYERFL GPEIFFHPEF ANPDFTQPIS EVVDEVIQNC PIDVRRPLYK NIV LSGGST MFRDFGRRLQ RDLKRTVDAR LKLSEELSGG RLKPKPIDVQ VITHHMQRYA VWFGGSMLAS TPEFYQVCHT KKDY EEIGP SICRHNPVFG VMS

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分子 #2: Actin-related protein 2

分子名称: Actin-related protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Missing sequences correspond to unmodelled regions due to poor density map
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 44.818711 KDa
配列文字列: MDSQGRKVVV CDNGTGFVKC GYAGSNFPEH IFPALVGRPI IRSTTKVGNI EIKDLMVGDE ASELRSMLEV NYPMENGIVR NWDDMKHLW DYTFGPEKLN IDTRNCKILL TEPPMNPTKN REKIVEVMFE TYQFSGVYVA IQAVLTLYAQ GLLTGVVVDS G DGVTHICP ...文字列:
MDSQGRKVVV CDNGTGFVKC GYAGSNFPEH IFPALVGRPI IRSTTKVGNI EIKDLMVGDE ASELRSMLEV NYPMENGIVR NWDDMKHLW DYTFGPEKLN IDTRNCKILL TEPPMNPTKN REKIVEVMFE TYQFSGVYVA IQAVLTLYAQ GLLTGVVVDS G DGVTHICP VYEGFSLPHL TRRLDIAGRD ITRYLIKLLL LRGYAFNHSA DFETVRMIKE KLCYVGYNIE QEQKLALETT VL VESYTLP DGRIIKVGGE RFEAPEALFQ PHLINVEGVG VAELLFNTIQ AADIDTRSEF YKHIVLSGGS TMYPGLPSRL ERE LKQLYL ERVLKGDVEK LSKFKIRIED PPRRKHMVFL GGAVLADIMK DKDNFWMTRQ EYQEKGVRVL EKLGVTVR

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分子 #3: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Missing sequences correspond to unmodeled regions due to poor density map
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 41.030766 KDa
配列文字列: MAYHSFLVEP ISCHAWNKDR TQIAICPNNH EVHIYEKSGN KWVQVHELKE HNGQVTGIDW APDSNRIVTC GTDRNAYVWT LKGRTWKPT LVILRINRAA RCVRWAPNEK KFAVGSGSRV ISICYFEQEN DWWVCKHIKK PIRSTVLSLD WHPNSVLLAA G SCDFKCRI ...文字列:
MAYHSFLVEP ISCHAWNKDR TQIAICPNNH EVHIYEKSGN KWVQVHELKE HNGQVTGIDW APDSNRIVTC GTDRNAYVWT LKGRTWKPT LVILRINRAA RCVRWAPNEK KFAVGSGSRV ISICYFEQEN DWWVCKHIKK PIRSTVLSLD WHPNSVLLAA G SCDFKCRI FSAYIKEVEE RPAPTPWGSK MPFGELMFES SSSCGWVHGV CFSANGSRVA WVSHDSTVCL ADADKKMAVA TL ASETLPL LAVTFITESS LVAAGHDCFP VLFTYDSAAG KLSFGGRLDV PKQSSQRGLT ARERFQNLDK KASSEGSAAA GAG LDSLHK NSVSQISVLS GGKAKCSQFC TTGMDGGMSI WDVRSLESAL KDLKIV

+
分子 #4: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: Missing sequences correspond to unmodeled regions due to poor density map
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 34.402043 KDa
配列文字列: MILLEVNNRI IEETLALKFE NAAAGNKPEA VEVTFADFDG VLYHISNPNG DKTKVMVSIS LKFYKELQAH GADELLKRVY GSYLVNPES GYNVSLLYDL ENLPASKDSI VHQAGMLKRN CFASVFEKYF QFQEEGKEGE NRAVIHYRDD ETMYVESKKD R VTVVFSTV ...文字列:
MILLEVNNRI IEETLALKFE NAAAGNKPEA VEVTFADFDG VLYHISNPNG DKTKVMVSIS LKFYKELQAH GADELLKRVY GSYLVNPES GYNVSLLYDL ENLPASKDSI VHQAGMLKRN CFASVFEKYF QFQEEGKEGE NRAVIHYRDD ETMYVESKKD R VTVVFSTV FKDDDDVVIG KVFMQEFKEG RRASHTAPQV LFSHREPPLE LKDTDAAVGD NIGYITFVLF PRHTNASARD NT INLIHTF RDYLHYHIKC SKAYIHTRMR AKTSDFLKVL NRARPDAEKK EMKTITGKTF SSR

+
分子 #5: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Missing sequences correspond to unmodeled regions due to poor density map
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 20.572666 KDa
配列文字列:
MPAYHSSLMD PDTKLIGNMA LLPIRSQFKG PAPRETKDTD IVDEAIYYFK ANVFFKNYEI KNEADRTLIY ITLYISECLK KLQKCNSKS QGEKEMYTLG ITNFPIPGEP GFPLNAIYAK PANKQEDEVM RAYLQQLRQE TGLRLCEKVF DPQNDKPSKW W TCFVKRQF MNKSLSGPGQ

+
分子 #6: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 19.697047 KDa
配列文字列:
MTATLRPYLS AVRATLQAAL CLENFSSQVV ERHNKPEVEV RSSKELLLQP VTISRNEKEK VLIEGSINSV RVSIAVKQAD EIEKILCHK FMRFMMMRAE NFFILRRKPV EGYDISFLIT NFHTEQMYKH KLVDFVIHFM EEIDKEISEM KLSVNARARI V AEEFLKNF

+
分子 #7: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: Missing sequences correspond to unmodeled regions due to poor density map
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 16.251308 KDa
配列文字列:
MSKNTVSSAR FRKVDVGEYD ENKFVDEEDG GDGQAGPDEG EVDSCLRQGN MTAALQAALK NPPINTKSQA VKDRAGSIVL KVLISFKAN DIEKAVQSLD KNGVDLLMKY IYKGFESPSD NSSAVLLQWH EKALAAGGVG SIVRVLTARK TV

+
分子 #8: Actin, alpha skeletal muscle

分子名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: Missing sequences correspond to unmodeled regions due to poor density map. Actin subunits corresponding to chains J,K,L,M,T and U have been trimmed to c-beta due to lack of density for ...詳細: Missing sequences correspond to unmodeled regions due to poor density map. Actin subunits corresponding to chains J,K,L,M,T and U have been trimmed to c-beta due to lack of density for modeling sidechains. These subunits were rigid body fitted into the map.
コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 42.109973 KDa
配列文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG ...文字列:
MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG DGVTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSS S LEKSYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQ KEITALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F

+
分子 #9: Phalloidin

分子名称: Phalloidin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9
詳細: Phalloidin from Amanita phalloides is a rigid bicyclic heptapeptide. This is a small molecule and does not have conventional planar peptide bonds present in proteins.
コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amanita phalloides (タマゴテングタケ)
分子量理論値: 808.899 Da
配列文字列:
W(EEP)A(DTH)C(HYP)A

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分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 16 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #11: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 16 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.019 kPa / 詳細: 30 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
詳細Data were collected by shifting of stage to targeted exposure position. Stage was tilted to different angles: including 40 degree, 36 degree, 30 degree, 25 degree, 15 degree, 0 degree, -20 degree, and -33 degree during data collection.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 7436 / 平均露光時間: 70.0 sec. / 平均電子線量: 41.97 e/Å2
詳細: Each micrograph was acquired as dose-fractionated movies consisting of 82 frames per movie.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2290562
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. version 2) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF
詳細: Particles were CTF-corrected during projection matching and back projection
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab-initio initial model was determined using CryoSPARC v2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. version 2) / 使用した粒子像数: 127093
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. Version 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7tpt:
Single-particle Cryo-EM structure of Arp2/3 complex at branched-actin junction.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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