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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26005 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the Inmazeb cocktail and resistance to escape against Ebola virus | ||||||||||||
マップデータ | Inmazeb cocktail | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rayaprolu V / Fulton B / Rafique A / Arturo E / Williams D / Hariharan C / Callaway H / Parvate A / Schendel SL / Parekh D ...Rayaprolu V / Fulton B / Rafique A / Arturo E / Williams D / Hariharan C / Callaway H / Parvate A / Schendel SL / Parekh D / Hui S / Shaffer K / Pascal KE / Wloga E / Giordano S / Copin R / Franklin M / Boytz RM / Donahue C / Davey R / Baum A / Kyratsous CA / Saphire EO | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023 タイトル: Structure of the Inmazeb cocktail and resistance to Ebola virus escape. 著者: Vamseedhar Rayaprolu / Benjamin O Fulton / Ashique Rafique / Emilia Arturo / Dewight Williams / Chitra Hariharan / Heather Callaway / Amar Parvate / Sharon L Schendel / Diptiben Parekh / Sean ...著者: Vamseedhar Rayaprolu / Benjamin O Fulton / Ashique Rafique / Emilia Arturo / Dewight Williams / Chitra Hariharan / Heather Callaway / Amar Parvate / Sharon L Schendel / Diptiben Parekh / Sean Hui / Kelly Shaffer / Kristen E Pascal / Elzbieta Wloga / Stephanie Giordano / Nicole Negron / Min Ni / Richard Copin / Gurinder S Atwal / Matthew Franklin / Ruth Mabel Boytz / Callie Donahue / Robert Davey / Alina Baum / Christos A Kyratsous / Erica Ollmann Saphire / 要旨: Monoclonal antibodies can provide important pre- or post-exposure protection against infectious disease for those not yet vaccinated or in individuals that fail to mount a protective immune response ...Monoclonal antibodies can provide important pre- or post-exposure protection against infectious disease for those not yet vaccinated or in individuals that fail to mount a protective immune response after vaccination. Inmazeb (REGN-EB3), a three-antibody cocktail against Ebola virus, lessened disease and improved survival in a controlled trial. Here, we present the cryo-EM structure at 3.1 Å of the Ebola virus glycoprotein, determined without symmetry averaging, in a simultaneous complex with the antibodies in the Inmazeb cocktail. This structure allows the modeling of previously disordered portions of the glycoprotein glycan cap, maps the non-overlapping epitopes of Inmazeb, and illuminates the basis for complementary activities and residues critical for resistance to escape by these and other clinically relevant antibodies. We further provide direct evidence that Inmazeb protects against the rapid emergence of escape mutants, whereas monotherapies even against conserved epitopes do not, supporting the benefit of a cocktail versus a monotherapy approach. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26005.map.gz | 257.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26005-v30.xml emd-26005.xml | 27.5 KB 27.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26005_fsc.xml | 19.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26005.png | 27.7 KB | ||
その他 | emd_26005_half_map_1.map.gz emd_26005_half_map_2.map.gz | 475.8 MB 475.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26005 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26005 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26005_validation.pdf.gz | 877.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26005_full_validation.pdf.gz | 877 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26005_validation.xml.gz | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26005_validation.cif.gz | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26005 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26005 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tn9MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26005.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Inmazeb cocktail | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0504 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Inmazeb cocktail
ファイル | emd_26005_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Inmazeb cocktail | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Inmazeb cocktail
ファイル | emd_26005_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Inmazeb cocktail | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Inmazeb therapeutic cocktail
+超分子 #1: Inmazeb therapeutic cocktail
+超分子 #2: Envelope glycoprotein, Shed GP
+超分子 #3: REGN3471 heavy chain, REGN3479 light chain, REGN3471 light chain,...
+分子 #1: REGN3471 heavy chain
+分子 #2: Envelope glycoprotein
+分子 #3: REGN3479 light chain
+分子 #4: REGN3471 light chain
+分子 #5: GP2
+分子 #6: REGN3479 heavy chain
+分子 #7: REGN3470 heavy chain
+分子 #8: REGN3470 light chain
+分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 6360 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 52.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |