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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | V1 complex lacking subunit C from Saccharomyces cerevisiae, State 1 | |||||||||
![]() | V1 without subunit C, State 1 | |||||||||
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![]() | V-ATPase / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex ...proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / ATP metabolic process / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / Golgi membrane / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Vasanthakumar T / Keon KA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Coordinated conformational changes in the V complex during V-ATPase reversible dissociation. 著者: Thamiya Vasanthakumar / Kristine A Keon / Stephanie A Bueler / Michael C Jaskolka / John L Rubinstein / ![]() ![]() 要旨: Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are rotary enzymes that acidify intracellular compartments in eukaryotic cells. These multi-subunit complexes consist of a cytoplasmic V region that hydrolyzes ATP ...Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are rotary enzymes that acidify intracellular compartments in eukaryotic cells. These multi-subunit complexes consist of a cytoplasmic V region that hydrolyzes ATP and a membrane-embedded V region that transports protons. V-ATPase activity is regulated by reversible dissociation of the two regions, with the isolated V and V complexes becoming autoinhibited on disassembly and subunit C subsequently detaching from V. In yeast, assembly of the V and V regions is mediated by the regulator of the ATPase of vacuoles and endosomes (RAVE) complex through an unknown mechanism. We used cryogenic-electron microscopy of yeast V-ATPase to determine structures of the intact enzyme, the dissociated but complete V complex and the V complex lacking subunit C. On separation, V undergoes a dramatic conformational rearrangement, with its rotational state becoming incompatible for reassembly with V. Loss of subunit C allows V to match the rotational state of V, suggesting how RAVE could reassemble V and V by recruiting subunit C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 88.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7tmoMC ![]() 7tmmC ![]() 7tmpC ![]() 7tmqC ![]() 7tmrC ![]() 7tmsC ![]() 7tmtC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | V1 without subunit C, State 1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : V1 complex without subunit C, State 1
+超分子 #1: V1 complex without subunit C, State 1
+分子 #1: H(+)-transporting two-sector ATPase
+分子 #2: Vacuolar proton pump subunit B
+分子 #3: V-type proton ATPase subunit E
+分子 #4: V-type proton ATPase subunit G
+分子 #5: V-type proton ATPase subunit D
+分子 #6: V-type proton ATPase subunit F
+分子 #7: V-type proton ATPase subunit H
+分子 #8: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #9: MAGNESIUM ION
+分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 64329 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |