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万見
- EMDB-25989: Rhodobacter sphaeroides Mitochondrial respiratory chain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25989
タイトルRhodobacter sphaeroides Mitochondrial respiratory chain complex
マップデータrsbc1 pq4 C2 classes 2 3
試料
  • 複合体: Cytochrome bc1 complex of rhodobacter sphaeroides inhibited by pyramoxadone
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: 14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (5S)-3-anilino-5-methyl-5-(6-phenoxypyridin-3-yl)-1,3-oxazolidine-2,4-dione
  • リガンド: (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
キーワードMitochondrial respiratory chain complex / cytochrome bc1 / inhibitors / electron transfer / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal ...Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex / Cytochrome c1 / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Xia D / Zhou F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Conformation Switch of Rieske ISP subunit is revealed by the Crystal Structure of Bacterial Cytochrome bc1 in Complex with Azoxystrobin
著者: Xia D / Esser L / Zhou F
履歴
登録2022年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25989.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25989.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈rsbc1 pq4 C2 classes 2 3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.7
最小 - 最大-3.3969862 - 11.121734999999999
平均 (標準偏差)0.007337946 (±0.2772512)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome bc1 complex of rhodobacter sphaeroides inhibited by py...

全体名称: Cytochrome bc1 complex of rhodobacter sphaeroides inhibited by pyramoxadone
要素
  • 複合体: Cytochrome bc1 complex of rhodobacter sphaeroides inhibited by pyramoxadone
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: 14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (5S)-3-anilino-5-methyl-5-(6-phenoxypyridin-3-yl)-1,3-oxazolidine-2,4-dione
  • リガンド: (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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超分子 #1: Cytochrome bc1 complex of rhodobacter sphaeroides inhibited by py...

超分子名称: Cytochrome bc1 complex of rhodobacter sphaeroides inhibited by pyramoxadone
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 250 kDa/nm

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分子 #1: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 50.087422 KDa
配列文字列: MSGIPHDHYE PRTGIEKWLH SRLPIVALAY DTIMIPTPRN LNWMWIWGVV LAFCLVLQIV TGIVLAMHYT PHVDLAFASV EHIMRNVNG GFMLRYLHAN GASLFFIAVY LHIFRGLYYG SYKAPREVTW IVGMLIYLAM MATAFMGYVL PWGQMSFWGA T VITGLFGA ...文字列:
MSGIPHDHYE PRTGIEKWLH SRLPIVALAY DTIMIPTPRN LNWMWIWGVV LAFCLVLQIV TGIVLAMHYT PHVDLAFASV EHIMRNVNG GFMLRYLHAN GASLFFIAVY LHIFRGLYYG SYKAPREVTW IVGMLIYLAM MATAFMGYVL PWGQMSFWGA T VITGLFGA IPGIGHSIQT WLLGGPAVDN ATLNRFFSLH YLLPFVIAAL VAIHIWAFHS TGNNNPTGVE VRRTSKAEAQ KD TVPFWPY FIIKDVFALA VVLLVFFAIV GFMPNYLGHP DNYIEANPLS TPAHIVPEWY FLPFYAILRA FTADVWVVQI ANF ISFGII DAKFFGVLAM FGAILVMALV PWLDTSPVRS GRYRPMFKIY FWLLAADFVI LTWVGAQQTT FPYDWISLIA SAYW FAYFL VILPILGAIE KPVAPPATIE EDFNAHYSPA TGGTKTVVAE

UniProtKB: Cytochrome b

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分子 #2: Cytochrome c1

分子名称: Cytochrome c1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Cyt c1 with c-terminal hexa his tag / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 29.589158 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AGGGHVEDVP FSFEGPFGTF DQHQLQRGLQ VYTEVCAACH GMKFVPIRSL SEPGGPELPE DQVRAYATQF TVTDEETGED REGKPTDHF PHSALENAPD LSLMAKARAG FHGPMGTGIS QLFNGIGGPE YIYSVLTGFP EEPPKCAEGH EPDGFYYNRA F QNGSVPDT ...文字列:
AGGGHVEDVP FSFEGPFGTF DQHQLQRGLQ VYTEVCAACH GMKFVPIRSL SEPGGPELPE DQVRAYATQF TVTDEETGED REGKPTDHF PHSALENAPD LSLMAKARAG FHGPMGTGIS QLFNGIGGPE YIYSVLTGFP EEPPKCAEGH EPDGFYYNRA F QNGSVPDT CKDANGVKTT AGSWIAMPPP LMDDLVEYAD GHDASVHAMA EDVSAFLMWA AEPKLMARKQ AGFTAVMFLT VL SVLLYLT NKRLWAGVKG KKKTNVGTGH HHHHH

UniProtKB: Cytochrome c1

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分子 #3: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 19.928375 KDa
配列文字列:
MSNAEDHAGT RRDFLYYATA GAGAVATGAA VWPLINQMNP SADVQALASI FVDVSSVEPG VQLTVKFLGK PIFIRRRTEA DIELGRSVQ LGQLVDTNAR NANIDAGAEA TDQNRTLDEA GEWLVMWGVC THLGCVPIGG VSGDFGGWFC PCHGSHYDSA G RIRKGPAP ENLPIPLAKF IDETTIQLG

UniProtKB: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

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分子 #4: 14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex

分子名称: 14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: This is the natural subunit IV. Only one helix could be determined. Subunit IV has turned out to be rather elusive in numerous crystal structures - it was never determined i.e. got lost ...詳細: This is the natural subunit IV. Only one helix could be determined. Subunit IV has turned out to be rather elusive in numerous crystal structures - it was never determined i.e. got lost during crystallization. Here in our CryoEM structure we see it for the first time - even though only one helix
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 14.415301 KDa
配列文字列:
MFSFIDDIPS FEQIKARVRD DLRKHGWEKR WNDSRLVQKS RELLNDEELK IDPATWIWKR MPSREEVAAR RQRDFETVWK YRYRLGGFA SGALLALALA GIFSTGNFGG SSDAGNRPSV VYPIE

UniProtKB: 14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex

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分子 #5: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #6: (5S)-3-anilino-5-methyl-5-(6-phenoxypyridin-3-yl)-1,3-oxazolidine...

分子名称: (5S)-3-anilino-5-methyl-5-(6-phenoxypyridin-3-yl)-1,3-oxazolidine-2,4-dione
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PQU
分子量理論値: 375.377 Da
Chemical component information

ChemComp-PQU:
(5S)-3-anilino-5-methyl-5-(6-phenoxypyridin-3-yl)-1,3-oxazolidine-2,4-dione

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分子 #7: (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANO...

分子名称: (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: LOP
分子量理論値: 661.89 Da
Chemical component information

ChemComp-LOP:
(1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE / リン脂質*YM

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分子 #8: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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分子 #9: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTrisHClTRIS Hydrochloride
0.16 %SMCSucrose mono caprate
0.01 %GDNDigitonin
1.0 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 ul of sample blot for 3 sec. blot force 20. glow discharge for 60 sec with easy glow.
詳細Cytochrome bc1 complex from Rhodobacter sphaeroides with inhibitor pyramoxadone (PQ4), frozen stock 84 mg/ml. dilute to 8 mg/ml in buffer 50mM TrisHCl, pH7.5/0.16% SMC/0.01% GDN/1mM EDTA

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 20306 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 54.5 e/Å2 / 詳細: 0.05s per frame for total 50 frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.434 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.836 µm / 倍率（補正後）: 60241 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5498641
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab Initio from subset of particles using 40-8Ang signal.
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 725256
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 255699 / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0) / ソフトウェア - 詳細: beta

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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