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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25208 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Torpedo acetylcholine receptor in complex with d-tubocurarine and carbachol | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of Torpedo acetylcholine receptor in complex with d-tubocurarine and carbachol | |||||||||
試料 |
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キーワード | acetylcholine receptor / nicotinic receptor / Torpedo / Cys-loop receptor / ion channel / muscle-type nicotinic receptor / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / neuron projection 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tetronarce californica (エイ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Rahman MM / Basta T | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structural mechanism of muscle nicotinic receptor desensitization and block by curare. 著者: Md Mahfuzur Rahman / Tamara Basta / Jinfeng Teng / Myeongseon Lee / Brady T Worrell / Michael H B Stowell / Ryan E Hibbs / 要旨: Binding of the neurotransmitter acetylcholine to its receptors on muscle fibers depolarizes the membrane and thereby triggers muscle contraction. We sought to understand at the level of three- ...Binding of the neurotransmitter acetylcholine to its receptors on muscle fibers depolarizes the membrane and thereby triggers muscle contraction. We sought to understand at the level of three-dimensional structure how agonists and antagonists alter nicotinic acetylcholine receptor conformation. We used the muscle-type receptor from the Torpedo ray to first define the structure of the receptor in a resting, activatable state. We then determined the receptor structure bound to the agonist carbachol, which stabilizes an asymmetric, closed channel desensitized state. We find conformational changes in a peripheral membrane helix are tied to recovery from desensitization. To probe mechanisms of antagonism, we obtained receptor structures with the active component of curare, a poison arrow toxin and precursor to modern muscle relaxants. d-Tubocurarine stabilizes the receptor in a desensitized-like state in the presence and absence of agonist. These findings define the transitions between resting and desensitized states and reveal divergent means by which antagonists block channel activity of the muscle-type nicotinic receptor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25208.map.gz | 4.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25208-v30.xml emd-25208.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25208_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25208.png | 99.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25208.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_25208_additional_1.map.gz | 4.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25208 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25208 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25208_validation.pdf.gz | 407.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25208_full_validation.pdf.gz | 407 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25208_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25208_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25208 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25208 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25208.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Torpedo acetylcholine receptor in complex with d-tubocurarine and carbachol | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0694 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_25208_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Torpedo acetylcholine receptor in complex with d-tubocurarine and...
+超分子 #1: Torpedo acetylcholine receptor in complex with d-tubocurarine and...
+分子 #1: Acetylcholine receptor subunit alpha
+分子 #2: Acetylcholine receptor subunit delta
+分子 #3: Acetylcholine receptor subunit beta
+分子 #4: Acetylcholine receptor subunit gamma
+分子 #8: 2-[(AMINOCARBONYL)OXY]-N,N,N-TRIMETHYLETHANAMINIUM
+分子 #9: CHOLESTEROL
+分子 #10: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
+分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #12: nonane
+分子 #13: D-TUBOCURARINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |