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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25198 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 7SK core RNP with circular RNA | |||||||||||||||
マップデータ | 7SK core RNP with circular RNA | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | non-coding RNA / La-related protein / methylphosphate capping enzyme / transcription regulation / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / U6 2'-O-snRNA methylation / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing ...RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / U6 2'-O-snRNA methylation / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / RNA methyltransferase activity / RNA methylation / negative regulation of viral transcription / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / O-methyltransferase activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / U6 snRNA binding / RNA splicing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA processing / spermatogenesis / cell differentiation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Yang Y / Liu S | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural basis of RNA conformational switching in the transcriptional regulator 7SK RNP. 著者: Yuan Yang / Shiheng Liu / Sylvain Egloff / Catherine D Eichhorn / Tanya Hadjian / James Zhen / Tamás Kiss / Z Hong Zhou / Juli Feigon / 要旨: 7SK non-coding RNA (7SK) negatively regulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation by inhibiting positive transcription elongation factor b (P-TEFb), and its ribonucleoprotein complex (RNP) is ...7SK non-coding RNA (7SK) negatively regulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation by inhibiting positive transcription elongation factor b (P-TEFb), and its ribonucleoprotein complex (RNP) is hijacked by HIV-1 for viral transcription and replication. Methylphosphate capping enzyme (MePCE) and La-related protein 7 (Larp7) constitutively associate with 7SK to form a core RNP, while P-TEFb and other proteins dynamically assemble to form different complexes. Here, we present the cryo-EM structures of 7SK core RNP formed with two 7SK conformations, circular and linear, and uncover a common RNA-dependent MePCE-Larp7 complex. Together with NMR, biochemical, and cellular data, these structures reveal the mechanism of MePCE catalytic inactivation in the core RNP, unexpected interactions between Larp7 and RNA that facilitate a role as an RNP chaperone, and that MePCE-7SK-Larp7 core RNP serves as a scaffold for switching between different 7SK conformations essential for RNP assembly and regulation of P-TEFb sequestration and release. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25198.map.gz | 28.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25198-v30.xml emd-25198.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25198.png | 98.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25198.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25198 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25198 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25198_validation.pdf.gz | 487.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25198_full_validation.pdf.gz | 487.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25198_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25198_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25198 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25198 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7slqMC 7slpC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 7SK core RNP with circular RNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 7SK circular core RNP with MePCE, Larp7 and circular 7SK RNA
全体 | 名称: 7SK circular core RNP with MePCE, Larp7 and circular 7SK RNA |
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要素 |
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-超分子 #1: 7SK circular core RNP with MePCE, Larp7 and circular 7SK RNA
超分子 | 名称: 7SK circular core RNP with MePCE, Larp7 and circular 7SK RNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme, La-related protein 7
超分子 | 名称: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme, La-related protein 7 タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: RNA
超分子 | 名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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-分子 #1: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme
分子 | 名称: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 35.122797 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSP LPAAGFKKQQ RKFQYGNYCK YYGYRNPSCE DGRLRVLKPE WFRGRDVLDL GCNVGHLTLS IACKWGPSR MVGLDIDSRL IHSARQNIRH YLSEELRLPP QTLEGDPGAE GEEGTTTVRK RSCFPASLTA SRGPIAAPQV P LDGADTSV ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSP LPAAGFKKQQ RKFQYGNYCK YYGYRNPSCE DGRLRVLKPE WFRGRDVLDL GCNVGHLTLS IACKWGPSR MVGLDIDSRL IHSARQNIRH YLSEELRLPP QTLEGDPGAE GEEGTTTVRK RSCFPASLTA SRGPIAAPQV P LDGADTSV FPNNVVFVTG NYVLDRDDLV EAQTPEYDVV LCLSLTKWVH LNWGDEGLKR MFRRIYRHLR PGGILVLEPQ PW SSYGKRK TLTETIYKNY YRIQLKPEQF SSYLTSPDVG FSSYELVATP HNTSKGFQRP VYLFHKARSP SH UniProtKB: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme |
-分子 #2: La-related protein 7
分子 | 名称: La-related protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 55.109129 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GMETESGNQE KVMEEESTEK KKEVEKKKRS RVKQVLADIA KQVDFWFGDA NLHKDRFLRE QIEKSRDGYV DISLLVSFNK MKKLTTDGK LIARALRSSA VVELDLEGTR IRRKKPLGER PKDEDERTVY VELLPKNVNH SWIERVFGKC GNVVYISIPH Y KSTGDPKG ...文字列: GMETESGNQE KVMEEESTEK KKEVEKKKRS RVKQVLADIA KQVDFWFGDA NLHKDRFLRE QIEKSRDGYV DISLLVSFNK MKKLTTDGK LIARALRSSA VVELDLEGTR IRRKKPLGER PKDEDERTVY VELLPKNVNH SWIERVFGKC GNVVYISIPH Y KSTGDPKG FAFVEFETKE QAAKAIEFLN NPPEEAPRKP GIFPKTVKNK PIPALRVVEE KKKKKKKKGR MKKEDNIQAK EE NMDTSNT SISKMKRSRP TSEGSDIEST GEEVIPLRVL SKSEWMDLKK EYLALQKASM ASLKKTISQI KSESEMETDS GVP QNTGMK NEKTANREEC RTQEKVNATG PQFVSGVIVK IISTEPLPGR KQVRDTLAAI SEVLYVDLLE GDTECHARFK TPED AQAVI NAYTEINKKH CWKLEILSGD HEQRYWQKIL VDRQAKLNQP REKKRGTEKL ITKAEKIRLA KTQQASKHIR FSEYD UniProtKB: La-related protein 7 |
-分子 #3: Minimal circular 7SK RNA
分子 | 名称: Minimal circular 7SK RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 21.032305 KDa |
配列 | 文字列: (G5J)GAUGUGAGG CUUCGGCCAG ACACAUCCAA AUGAGGCGCU GCAUGUGGCA GUCUGCCUUU CUUUU |
-分子 #4: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子 | 名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SAH |
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分子量 | 理論値: 384.411 Da |
Chemical component information | ChemComp-SAH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.00933 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 294504 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION |