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- EMDB-25164: Cryo-EM structure of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25164
タイトルCryo-EM structure of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM map of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase
    • DNA: DNA (70-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードhomologous recombination / DNA end resection / cryoelectron microscopy / DNA curtain / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / recombinational repair / exonuclease activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / DNA helicase activity / DNA helicase / DNA repair / hydrolase activity / DNA binding ...DNA helicase complex / recombinational repair / exonuclease activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / DNA helicase activity / DNA helicase / DNA repair / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. ...: / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / Restriction endonuclease type II-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA helicase / DNA 3'-5' helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wang J / Warren GM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA008748 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI64693 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structure-activity relationships at a nucleobase-stacking tryptophan required for chemomechanical coupling in the DNA resecting motor-nuclease AdnAB.
著者: Garrett M Warren / Aviv Meir / Juncheng Wang / Dinshaw J Patel / Eric C Greene / Stewart Shuman /
要旨: Mycobacterial AdnAB is a heterodimeric helicase-nuclease that initiates homologous recombination by resecting DNA double-strand breaks. The AdnB subunit hydrolyzes ATP to drive single-nucleotide ...Mycobacterial AdnAB is a heterodimeric helicase-nuclease that initiates homologous recombination by resecting DNA double-strand breaks. The AdnB subunit hydrolyzes ATP to drive single-nucleotide steps of 3'-to-5' translocation of AdnAB on the tracking DNA strand via a ratchet-like mechanism. Trp325 in AdnB motif III, which intercalates into the tracking strand and makes a π stack on a nucleobase 5' of a flipped-out nucleoside, is the putative ratchet pawl without which ATP hydrolysis is mechanically futile. Here, we report that AdnAB mutants wherein Trp325 was replaced with phenylalanine, tyrosine, histidine, leucine, or alanine retained activity in ssDNA-dependent ATP hydrolysis but displayed a gradient of effects on DSB resection. The resection velocities of Phe325 and Tyr325 mutants were 90% and 85% of the wild-type AdnAB velocity. His325 slowed resection rate to 3% of wild-type and Leu325 and Ala325 abolished DNA resection. A cryo-EM structure of the DNA-bound Ala325 mutant revealed that the AdnB motif III peptide was disordered and the erstwhile flipped out tracking strand nucleobase reverted to a continuous base-stacked arrangement with its neighbors. We conclude that π stacking of Trp325 on a DNA nucleobase triggers and stabilizes the flipped-out conformation of the neighboring nucleoside that underlies formation of a ratchet pawl.
履歴
登録2021年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月22日-
マップ公開2021年12月22日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sjr
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25164.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25164.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.089118406 - 0.24863328
平均 (標準偏差)0.00001032289 (±0.0039714836)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 272.384 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0641.0641.064
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z272.384272.384272.384
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0890.2490.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM map of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP

全体名称: Cryo-EM map of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP
要素
  • 複合体: Cryo-EM map of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase
    • DNA: DNA (70-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Cryo-EM map of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP

超分子名称: Cryo-EM map of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

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分子 #1: DNA helicase

分子名称: DNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 118.013406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTQVASPVVQ ARYSPVELSA ALGLFPPTDE QAAVIAAPPG PLVVIAGAGA GKTETMAARV VWLVANGFAT PSQVLGLTFT RKAAGQLLR RVRTRLARLA GAGLAPGSGA SDESATVSTY HAFAGTLLRE HGLLLPVEPD TRLLSETELW QLAYDVVCAH P GHLDTEKT ...文字列:
MTQVASPVVQ ARYSPVELSA ALGLFPPTDE QAAVIAAPPG PLVVIAGAGA GKTETMAARV VWLVANGFAT PSQVLGLTFT RKAAGQLLR RVRTRLARLA GAGLAPGSGA SDESATVSTY HAFAGTLLRE HGLLLPVEPD TRLLSETELW QLAYDVVCAH P GHLDTEKT PAAVTAMVLR LSGALAEHLV DTDQLRDTHV ELERLVHTLP AGPYQRDRGP SQWLLRMLAT QTERTELVPL ID ALHQRMR AEKVMDFGMQ MAAAARLAAR FPQVGEQLRQ RFRVVLLDEY QDTGHAQRIA LSSLFGGGAD DGLALTAVGD PIQ SIYGAR GASATNLPRF TTDFPYSDGT PAPTLELRTS WRNPPSTLHV ANAVSEEARR RSVAVRALRP RPDAEPGTIR CALL NNVAA ERDWVADHLA RAYHGAIGRG EAAPTAAVLV RRNADAAPMA EALTARGVPV EVVGVAGLLA VPEVADLVAM LRLIA DPTA GSAVMRILTG PRWRFGARDI AALWRRAVEL DDRPKGELGT ADIVAQAAPD ADTACVADAI CDPGDAERYS PAGYER IVA LGRELTMLRA HLGHPLPELV AEVRRVLGLD AEARAARPVA AGWAGTENLD RFSDLVSDFA GHAGASVSAL LAYLDAA VE VENGLAPAEL TVSHDRVQIL TVHAAKGLEW QVVAVPHLSA RVFPSTTQAR TWLTDASDLP PLLRGDRATE SEIGVPVL D TSDIYDRKIL SDKISDHKKS LDQRRVDEER RLLYVAITRA EDTLLLSGHH WGATESKPRG PSEFLCELKT ILEEATAAG TPCGEIEHWA PDPAPGETNP LRDQVVEALW PPVASADDHV HRGAQLVAAA MAGEVSAEAD QEGWAADVDA LLAERERPPQ QEDTELPGQ LSVSTLVELS RDPKAALTRL RRRLPQRPDP HALLGTTFHE WVQRYFHAER LFDLDDLPGA VDSDSGRAVE E SLAELQDA FVKSPWAART PVEVEVPFDM VLGETVVRGR IDAVFAEPDG TTMVLDWKTG DPPETPEAKE HAAVQLAVYR LA WAAMRGC PPESVRAAFH YVRSGQTVIP ETLPGAEELV KLLAAAPTET AEEADRIT

UniProtKB: DNA 3'-5' helicase

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分子 #2: DNA helicase

分子名称: DNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 111.030656 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SMTTRPAESA PQTASTLLEP GSNGVVRLLG GPGTGKSSLL VDTAVQHILA GADPESVLLL TGSARLRTAA RAAITARLLG AGTVGVVRE PLVRTVHSYA FAVLRLAAQR NGDPPPRLIT SAEQDGIIRE LLAGDLEDGH RSPVGWPEQL WPALTTAGFA T ELRDLMAR ...文字列:
SMTTRPAESA PQTASTLLEP GSNGVVRLLG GPGTGKSSLL VDTAVQHILA GADPESVLLL TGSARLRTAA RAAITARLLG AGTVGVVRE PLVRTVHSYA FAVLRLAAQR NGDPPPRLIT SAEQDGIIRE LLAGDLEDGH RSPVGWPEQL WPALTTAGFA T ELRDLMAR CTERGVDPIA LQRLGRTAKR PEWLAAGRFA QAYEQIMLLR SAVGMAAPQA TVPALGAAEL VGAALEALGA DD ELLDTER NRIKLLLVDD AQHLDPQAAR LVRALAAGTG LTVIAGDPDQ SVFGYRGADP VLLRDDTHPA ITLTQSYRCA PEI ASAITG LGQRLPGVSD TRHWTGNPQR EGTVTVRLAA STHAEGTMIA DALRRAHLVD GIPWSQMAVI VRSVPRVGTA LARA LTAAG VPVQDNGTDV PVGRQPAAAA LLTVLDVTAT GHLDADSAVA LLTGPIGRVD PVTLRQLRRA LRRADGSQPP RDFGD LLVD AIEREPKGLS AEHARTLRRL RAVLTAARRS DASGADPRYT LWQAWHASGL QRRWLAASER GGSVGAQADR DLDAVT TLF DVADQYVNRT AGASLRGLVD HVTRLGAAVA RTEPETAAEA VAVLSVHGAL AGEWDFVVIA GVQEGLWPNM IPRGGVL GT QHLVDVLDGV ADMTDRTVST RAPLVAEERR LLMAAMGRAR TRVMITAVDS DTGDESLLPS PFCAEISAWA TEPVAEPP L VAPRVLAPSA LVGRLRAVVC APDGAVDDDA RACAAAQLAR LAAAGVPGAD PSQWHAMTSL TTEEPLWSEP GHVVTLSPS TLQMLTDCPL RWLLERHGGD DGRDVRSTVG SLVHALVSEP GKTESQLVNE LEKVWDDLPY DAKWYSDNEL ARHRAMLETF TRWREDTRR QLTEVATEIP VEGIVVEPGE NTPGVRVRGR LDRLERDEAG RLVVVDLKTG KSPVTKDDAQ NHAQLAMYQL A VAAGLLDD GDEPGGGKLV YLGKAGAAGA TEREQDPLTP DKRAEWLETV GEAAAATAGP RFVARVNNGC ANCPVRSSCP AQ ANGDRP

UniProtKB: DNA helicase

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分子 #3: DNA (70-MER)

分子名称: DNA (70-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 21.477703 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

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分子 #6: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ppj

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98408
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ppj


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7sjr:
Cryo-EM structure of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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