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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25162 | |||||||||
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タイトル | HtrA1:Fab15H6.v4 complex | |||||||||
マップデータ | Main map with enforced C3 symmetry. Used for structure determination. | |||||||||
試料 |
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キーワード | HtrA1 / allosteric inhibition / Age-related macular degeneration / Geographic Atrophy / Antibody complex / HYDROLASE / HYDROLASE-Immune System complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chorionic trophoblast cell differentiation / programmed cell death / growth factor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / negative regulation of BMP signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / molecular function activator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / placenta development ...chorionic trophoblast cell differentiation / programmed cell death / growth factor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / negative regulation of BMP signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / molecular function activator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / placenta development / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Gerhardy S / Green E | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Allosteric inhibition of HTRA1 activity by a conformational lock mechanism to treat age-related macular degeneration. 著者: Stefan Gerhardy / Mark Ultsch / Wanjian Tang / Evan Green / Jeffrey K Holden / Wei Li / Alberto Estevez / Chris Arthur / Irene Tom / Alexis Rohou / Daniel Kirchhofer / 要旨: The trimeric serine protease HTRA1 is a genetic risk factor associated with geographic atrophy (GA), a currently untreatable form of age-related macular degeneration. Here, we describe the allosteric ...The trimeric serine protease HTRA1 is a genetic risk factor associated with geographic atrophy (GA), a currently untreatable form of age-related macular degeneration. Here, we describe the allosteric inhibition mechanism of HTRA1 by a clinical Fab fragment, currently being evaluated for GA treatment. Using cryo-EM, X-ray crystallography and biochemical assays we identify the exposed LoopA of HTRA1 as the sole Fab epitope, which is approximately 30 Å away from the active site. The cryo-EM structure of the HTRA1:Fab complex in combination with molecular dynamics simulations revealed that Fab binding to LoopA locks HTRA1 in a non-competent conformational state, incapable of supporting catalysis. Moreover, grafting the HTRA1-LoopA epitope onto HTRA2 and HTRA3 transferred the allosteric inhibition mechanism. This suggests a conserved conformational lock mechanism across the HTRA family and a critical role of LoopA for catalysis, which was supported by the reduced activity of HTRA1-3 upon LoopA deletion or perturbation. This study reveals the long-range inhibition mechanism of the clinical Fab and identifies an essential function of the exposed LoopA for activity of HTRA family proteases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25162.map.gz | 2.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25162-v30.xml emd-25162.xml | 26 KB 26 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25162.png | 70.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25162.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_25162_additional_1.map.gz emd_25162_additional_2.map.gz emd_25162_additional_3.map.gz emd_25162_half_map_1.map.gz emd_25162_half_map_2.map.gz | 2.3 MB 84.5 MB 84.5 MB 84.7 MB 84.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25162 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25162 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25162_validation.pdf.gz | 634.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25162_full_validation.pdf.gz | 634.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25162_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25162_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25162 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25162 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25162.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map with enforced C3 symmetry. Used for structure determination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Additional map without enforced symmetry (C1).
ファイル | emd_25162_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Additional map without enforced symmetry (C1). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half-map 1/2 for C1 additional map
ファイル | emd_25162_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1/2 for C1 additional map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half-map 2/2 for C1 additional map
ファイル | emd_25162_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2/2 for C1 additional map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1/2 for C3 main map
ファイル | emd_25162_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1/2 for C3 main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2/2 for C3 main map
ファイル | emd_25162_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2/2 for C3 main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope
全体 | 名称: HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope |
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要素 |
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-超分子 #1: HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope
超分子 | 名称: HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: HtrA1PD bound by clinical Fab15H6.v4 at LoopA epitope |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 220 KDa |
-分子 #1: Serine protease HTRA1
分子 | 名称: Serine protease HTRA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.434699 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: DPNSLRHKYN FIADVVEKIA PAVVHIELFR KLPFSKREVP VASGSGFIVS EDGLIVTNAH VVTNKHRVKV ELKNGATYEA KIKDVDEKA DIALIKIDHQ GKLPVLLLGR SSELRPGEFV VAIGSPFSLQ NTVTTGIVST TQRGGKELGL RNSDMDYIQT D AIINYGNS ...文字列: DPNSLRHKYN FIADVVEKIA PAVVHIELFR KLPFSKREVP VASGSGFIVS EDGLIVTNAH VVTNKHRVKV ELKNGATYEA KIKDVDEKA DIALIKIDHQ GKLPVLLLGR SSELRPGEFV VAIGSPFSLQ NTVTTGIVST TQRGGKELGL RNSDMDYIQT D AIINYGNS GGPLVNLDGE VIGINTLKVT AGISFAIPSD KIKKFLTES UniProtKB: Serine protease HTRA1 |
-分子 #2: Fab15H6.v4 Heavy Chain
分子 | 名称: Fab15H6.v4 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.906205 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: EVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYKFT DSEMHWVRQA PGQGLEWIGG VDPETEGAAY NQKFKGRATI TRDTSTSTAY LELSSLRSE DTAVYYCTRG YDYDYALDYW GQGTLVTV |
-分子 #3: Fab15H6.v4 Light Chain
分子 | 名称: Fab15H6.v4 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.421634 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASSSVE FIHWYQQKPG KAPKPLISAT SNLASGVPSR FSGSGSGTDF TLTISSLQPE DFATYYCQQ WSSAPWTFGQ GTKVEIK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.067 kPa 詳細: SAM: Grids were incubated in 4 mM monothiolalkane(C11)PEG6-OH (11-mercaptoundecyl) hexaethylenglycol (SPT-0011P6, SensoPath Technologies, Inc., Bozeman, MT) for 24h and rinsed in EtOH before sample application | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 3.5s blot time. | ||||||||||||
詳細 | HtrA1PD:Fab15H6.v4 complex |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5345 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |