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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25120 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of full-length MAP7 bound to the microtubule | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | microtubule / microtubule-associated protein / cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / microtubule associated complex / response to osmotic stress / COPI-mediated anterograde transport / establishment or maintenance of cell polarity / protein localization to plasma membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / basolateral plasma membrane / microtubule / axon / signaling receptor binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ferro LS / Fang Q | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structural and functional insight into regulation of kinesin-1 by microtubule-associated protein MAP7. 著者: Luke S Ferro / Qianglin Fang / Lisa Eshun-Wilson / Jonathan Fernandes / Amanda Jack / Daniel P Farrell / Mert Golcuk / Teun Huijben / Katelyn Costa / Mert Gur / Frank DiMaio / Eva Nogales / Ahmet Yildiz / 要旨: Microtubule (MT)-associated protein 7 (MAP7) is a required cofactor for kinesin-1-driven transport of intracellular cargoes. Using cryo-electron microscopy and single-molecule imaging, we ...Microtubule (MT)-associated protein 7 (MAP7) is a required cofactor for kinesin-1-driven transport of intracellular cargoes. Using cryo-electron microscopy and single-molecule imaging, we investigated how MAP7 binds MTs and facilitates kinesin-1 motility. The MT-binding domain (MTBD) of MAP7 bound MTs as an extended α helix between the protofilament ridge and the site of lateral contact. Unexpectedly, the MTBD partially overlapped with the binding site of kinesin-1 and inhibited its motility. However, by tethering kinesin-1 to the MT, the projection domain of MAP7 prevented dissociation of the motor and facilitated its binding to available neighboring sites. The inhibitory effect of the MTBD dominated as MTs became saturated with MAP7. Our results reveal biphasic regulation of kinesin-1 by MAP7 in the context of their competitive binding to MTs. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25120.map.gz | 10.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25120-v30.xml emd-25120.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25120.png | 93.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25120.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_25120_additional_1.map.gz | 130.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25120 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25120 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25120_validation.pdf.gz | 525.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25120_full_validation.pdf.gz | 525.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25120_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25120_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25120 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25120 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Cryo-EM map of FL-MAP7 before symmetry expansion
ファイル | emd_25120_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of FL-MAP7 before symmetry expansion | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated...
全体 | 名称: Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated protein 7 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated...
超分子 | 名称: Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated protein 7 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
-分子 #1: Tubulin alpha-1B chain
分子 | 名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
分子量 | 理論値: 50.204445 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLISQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRSIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain |
-分子 #2: Tubulin beta chain
分子 | 名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
分子量 | 理論値: 49.90777 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEGEEDEA UniProtKB: Tubulin beta chain |
-分子 #3: Ensconsin
分子 | 名称: Ensconsin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 84.207195 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAELGAGGDG HRGGDGAVRS ETAPDSYKVQ DKKNASSRPA SAISGQNNNH SGNKPDPPPV LRVDDRQRLA RERREEREKQ LAAREIVWL EREERARQHY EKHLEERKKR LEEQRQKEER RRAAVEEKRR QRLEEDKERH EAVVRRTMER SQKPKQKHNR W SWGGSLHG ...文字列: MAELGAGGDG HRGGDGAVRS ETAPDSYKVQ DKKNASSRPA SAISGQNNNH SGNKPDPPPV LRVDDRQRLA RERREEREKQ LAAREIVWL EREERARQHY EKHLEERKKR LEEQRQKEER RRAAVEEKRR QRLEEDKERH EAVVRRTMER SQKPKQKHNR W SWGGSLHG SPSIHSADPD RRSVSTMNLS KYVDPVISKR LSSSSATLLN SPDRARRLQL SPWESSVVNR LLTPTHSFLA RS KSTAALS GEAASCSPII MPYKAAHSRN SMDRPKLFVT PPEGSSRRRI IHGTASYKKE RERENVLFLT SGTRRAVSPS NPK ARQPAR SRLWLPSKSL PHLPGTPRPT SSLPPGSVKA APAQVRPPSP GNIRPVKREV KVEPEKKDPE KEPQKVANEP SLKG RAPLV KVEEATVEER TPAEPEVGPA APAMAPAPAS APAPASAPAP APVPTPAMVS APSSTVNASA SVKTSAGTTD PEEAT RLLA EKRRLAREQR EKEERERREQ EELERQKREE LAQRVAEERT TRREEESRRL EAEQAREKEE QLQRQAEERA LREREE AER AQRQKEEEAR VREEAERVRQ EREKHFQREE QERLERKKRL EEIMKRTRRT EATDKKTSDQ RNGDIAKGAL TGGTEVS AL PCTTNAPGNG KPVGSPHVVT SHQSKVTVES TPDLEKQPNE NGVSVQNENF EEIINLPIGS KPSRLDVTNS ESPEIPLN P ILAFDDEGTL GPLPQVDGVQ TQQTAEVI UniProtKB: Ensconsin |
-分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GDP |
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分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-GDP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99219 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |