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- EMDB-24807: Cryo-EM structure of human NKCC1 K289NA492EL671C bound with bumetanide -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human NKCC1 K289NA492EL671C bound with bumetanide | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of cell volume / positive regulation of aspartate secretion / transepithelial ammonium transport / regulation of matrix metallopeptidase secretion / metal ion transmembrane transporter activity / cell body membrane / inorganic anion import across plasma membrane / inorganic cation import across plasma membrane / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity ...positive regulation of cell volume / positive regulation of aspartate secretion / transepithelial ammonium transport / regulation of matrix metallopeptidase secretion / metal ion transmembrane transporter activity / cell body membrane / inorganic anion import across plasma membrane / inorganic cation import across plasma membrane / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / transepithelial chloride transport / potassium ion transmembrane transporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / ammonium transmembrane transport / sodium ion homeostasis / intracellular chloride ion homeostasis / negative regulation of vascular wound healing / chloride ion homeostasis / cellular response to potassium ion / cell projection membrane / ammonium channel activity / intracellular potassium ion homeostasis / potassium ion homeostasis / T cell chemotaxis / cellular response to chemokine / sodium ion import across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / hyperosmotic response / cell volume homeostasis / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / maintenance of blood-brain barrier / potassium ion import across plasma membrane / transport across blood-brain barrier / lateral plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / basal plasma membrane / cell projection / cell periphery / Hsp90 protein binding / cytoplasmic vesicle membrane / extracellular vesicle / protein-folding chaperone binding / cell body / basolateral plasma membrane / neuron projection / apical plasma membrane / neuronal cell body / protein kinase binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Zhao YX / Cao EH | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for inhibition of the Cation-chloride cotransporter NKCC1 by the diuretic drug bumetanide 著者: Zhao Y / Roy K / Vidossich P / Cancedda L / De Vivo M / Forbush B / Cao E | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 37 KB | ||
その他 | ![]() | 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7s1xMC ![]() 7s1yC ![]() 7s1zC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.8 TB Data #1: Cryo-EM structure of human NKCC1 K289NA492EL671C bound with bumetanide [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_24807_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : human NKCC1 K289NA492EL671C bound with bumetanide
全体 | 名称: human NKCC1 K289NA492EL671C bound with bumetanide |
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要素 |
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-超分子 #1: human NKCC1 K289NA492EL671C bound with bumetanide
超分子 | 名称: human NKCC1 K289NA492EL671C bound with bumetanide / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
分子量 | 理論値: 263.34 KDa |
-分子 #1: Solute carrier family 12 member 2
分子 | 名称: Solute carrier family 12 member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 131.888641 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
配列 | 文字列: GAMGSEPRPT APSSGAPGLA GVGETPSAAA LAAARVELPG TAVPSVPEDA APASRDGGGV RDEGPAAAGD GLGRPLGPTP SQSRFQVDL VSENAGRAAA AAAAAAAAAA AAGAGAGAKQ TPADGEASGE SEPAKGSEEA KGRFRVNFVD PAASSSAEDS L SDAAGVGV ...文字列: GAMGSEPRPT APSSGAPGLA GVGETPSAAA LAAARVELPG TAVPSVPEDA APASRDGGGV RDEGPAAAGD GLGRPLGPTP SQSRFQVDL VSENAGRAAA AAAAAAAAAA AAGAGAGAKQ TPADGEASGE SEPAKGSEEA KGRFRVNFVD PAASSSAEDS L SDAAGVGV DGPNVSFQNG GDTVLSEGSS LHSGGGGGSG HHQHYYYDTH TNTYYLRTFG HNTMDAVPRI DHYRHTAAQL GE KLLRPSL AELHDELEKE PFEDGFANGE ESTPTRDAVV TYTAESKGVV KFGWINGVLV RCMLNIWGVM LFIRLSWIVG QAG IGLSVL VIMMATVVTT ITGLSTSAIA TNGFVRGGGA YYLISRSLGP EFGGAIGLIF AFANAVAVAM YVVGFAETVV ELLK EHSIL MIDEINDIRI IGAITVVILL GISVAGMEWE AKAQIVLLVI LLLAIGDFVI GTFIPLESKK PKGFFGYKSE IFNEN FGPD FREEETFFSV FEIFFPAATG ILAGANISGD LADPQSAIPK GTLLAILITT LVYVGIAVSV GSCVVRDATG NVNDTI VTE LTNCTSAACK LNFDFSSCES SPCSYGLMNN FQVMSMVSGF TPLISAGIFS ATLSSALASL VSAPKIFQAL CKDNIYP AF QMFAKGYGKN NEPLRGYILT FLIALGFILI AECNVIAPII SNFFLASYAL INFSVFHASL AKSPGWRPAF KYYNMWIS L LGAILCCIVM FVINWWAALL TYVIVLGLYI YVTYKKPDVN WGSSTQALTY LNALQHSIRL SGVEDHVKNF RPQCLVMTG APNSRPALLH LVHDFTKNVG LMICGHVHMG PRRQAMKEMS IDQAKYQRWL IKNKMKAFYA PVHADDLREG AQYLMQAAGL GRMKPNTLV LGFKKDWLQA DMRDVDMYIN LFHDAFDIQY GVVVIRLKEG LDISHLQGQE ELLSSQEKSP GTKDVVVSVE Y SKKSDLDT SKPLSEKPIT HKVEEEDGKT ATQPLLKKES KGPIVPLNVA DQKLLEASTQ FQKKQGKNTI DVWWLFDDGG LT LLIPYLL TTKKKWKDCK IRVFIGGKIN RIDHDRRAMA TLLSKFRIDF SDIMVLGDIN TKPKKENIIA FEEIIEPYRL HED DKEQDI ADKMKEDEPW RITDNELELY KTKTYRQIRL NELLKEHSST ANIIVMSLPV ARKGAVSSAL YMAWLEALSK DLPP ILLVR GNHQSVLTFY S |
-分子 #2: 3-(butylamino)-4-phenoxy-5-sulfamoylbenzoic acid
分子 | 名称: 3-(butylamino)-4-phenoxy-5-sulfamoylbenzoic acid / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 82U |
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分子量 | 理論値: 364.416 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-82U: |
-分子 #3: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #4: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.175 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |