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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24701 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Metazoan pre-targeting GET complex (cBUGG-out) | ||||||||||||||||||
マップデータ | Sharpened cBUGG-out (C2) | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ATPase / complex / membrane protein chaperone / CHAPERONE | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 BAT3 complex / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / GET complex / maintenance of unfolded protein / ubiquitin-like protein transferase activity / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / positive regulation of ERAD pathway / cytoplasmic sequestering of protein / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / synaptonemal complex assembly ...BAT3 complex / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / GET complex / maintenance of unfolded protein / ubiquitin-like protein transferase activity / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / positive regulation of ERAD pathway / cytoplasmic sequestering of protein / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / synaptonemal complex assembly / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / misfolded protein binding / internal peptidyl-lysine acetylation / natural killer cell activation / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / regulation of embryonic development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / polyubiquitin modification-dependent protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / proteasomal protein catabolic process / ERAD pathway / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / synapse assembly / Hsp70 protein binding / kidney development / molecular function activator activity / negative regulation of proteolysis / lung development / brain development / protein modification process / regulation of protein stability / ribosome binding / chromatin organization / protein-folding chaperone binding / chromosome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / cell differentiation / protein stabilization / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Keszei AFA / Yip MCJ | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Structural insights into metazoan pretargeting GET complexes. 著者: Alexander F A Keszei / Matthew C J Yip / Ta-Chien Hsieh / Sichen Shao / 要旨: Close coordination between chaperones is essential for protein biosynthesis, including the delivery of tail-anchored (TA) proteins containing a single C-terminal transmembrane domain to the ...Close coordination between chaperones is essential for protein biosynthesis, including the delivery of tail-anchored (TA) proteins containing a single C-terminal transmembrane domain to the endoplasmic reticulum (ER) by the conserved GET pathway. For successful targeting, nascent TA proteins must be promptly chaperoned and loaded onto the cytosolic ATPase Get3 through a transfer reaction involving the chaperone SGTA and bridging factors Get4, Ubl4a and Bag6. Here, we report cryo-electron microscopy structures of metazoan pretargeting GET complexes at 3.3-3.6 Å. The structures reveal that Get3 helix 8 and the Get4 C terminus form a composite lid over the Get3 substrate-binding chamber that is opened by SGTA. Another interaction with Get4 prevents formation of Get3 helix 4, which links the substrate chamber and ATPase domain. Both interactions facilitate TA protein transfer from SGTA to Get3. Our findings show how the pretargeting complex primes Get3 for coordinated client loading and ER targeting. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24701.map.gz | 7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24701-v30.xml emd-24701.xml | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24701_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24701.png | 93.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24701.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_24701_additional_1.map.gz emd_24701_additional_2.map.gz emd_24701_half_map_1.map.gz emd_24701_half_map_2.map.gz | 159.7 MB 160.6 MB 164.3 MB 159.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24701 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24701_validation.pdf.gz | 838 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24701_full_validation.pdf.gz | 837.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24701_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24701_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24701 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened cBUGG-out (C2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Masked cBUGG-out (C2)
ファイル | emd_24701_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Masked cBUGG-out (C2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened cBUGG-out (C2)
ファイル | emd_24701_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened cBUGG-out (C2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cBUGG-out half2
ファイル | emd_24701_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cBUGG-out half2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cBUGG-out half1
ファイル | emd_24701_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cBUGG-out half1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : metazoan pre-targeting GET complex cBUGG-out
全体 | 名称: metazoan pre-targeting GET complex cBUGG-out |
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要素 |
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-超分子 #1: metazoan pre-targeting GET complex cBUGG-out
超分子 | 名称: metazoan pre-targeting GET complex cBUGG-out / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
-分子 #1: ATPase GET3
分子 | 名称: ATPase GET3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 38.574414 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GHMAASVEDE FEDAPDVEPL EPTLKNIIEQ KSLKWIFVGG KGGVGKTTCS CSLAVQLAAV RESVLIISTN PAHNISDAFD QKFSKVPTK VKGYDNLFAM EIDPSLGVAE LPDEFFEEDN MLSMGKKMMQ EAMSAFPGID EAMSYAEVMR LVKGMNFSVV V FDTAPTGH ...文字列: GHMAASVEDE FEDAPDVEPL EPTLKNIIEQ KSLKWIFVGG KGGVGKTTCS CSLAVQLAAV RESVLIISTN PAHNISDAFD QKFSKVPTK VKGYDNLFAM EIDPSLGVAE LPDEFFEEDN MLSMGKKMMQ EAMSAFPGID EAMSYAEVMR LVKGMNFSVV V FDTAPTGH TLRLLNFPTI VERGLGRLMQ IKNQISPFIS QMCNMLGLGD MNADQLASKL EETLPVIRSV SEQFKDPEQT TF ICVCIAE FLSLYETERL IQELAKCRID THNIIVNQLV FPDNERPCKM CEARHKIQSK YLDQMEDLYE DFHIVKLPLL PHE VRGADK VNTFSKQLLE PYSPPKK UniProtKB: ATPase GET3 |
-分子 #2: Golgi to ER traffic protein 4 homolog
分子 | 名称: Golgi to ER traffic protein 4 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.054695 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPLGSTMAAA AAMAEQESAR NGGRNRGGVQ RVEGKLRASV EKGDYYEAHQ MYRTLFFRYM SQSKHTEARE LMYSGALLFF SHGQQNSAA DLSMLVLESL EKAEVEVADE LLENLAKVFS LMDPNSPERV TFVSRALKWS SGGSGKLGHP RLHQLLALTL W KEQNYCES ...文字列: GPLGSTMAAA AAMAEQESAR NGGRNRGGVQ RVEGKLRASV EKGDYYEAHQ MYRTLFFRYM SQSKHTEARE LMYSGALLFF SHGQQNSAA DLSMLVLESL EKAEVEVADE LLENLAKVFS LMDPNSPERV TFVSRALKWS SGGSGKLGHP RLHQLLALTL W KEQNYCES RYHFLHSADG EGCANMLVEY STSRGFRSEV DMFVAQAVLQ FLCLKNKSSA SVVFTTYTQK HPSIEDGPPF VE PLLNFIW FLLLAVDGGK LTVFTVLCEQ YQPSLRRDPM YNEYLDRIGQ LFFGVPPKQT SSYGGLLGNL LTSLMGSSEQ EDG EESPSD GSPIELD UniProtKB: Golgi to ER traffic protein 4 homolog |
-分子 #3: Large proline-rich protein BAG6
分子 | 名称: Large proline-rich protein BAG6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.618276 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPGSAETEPW AAAVPPEWVP IIQQDIQSQR KVKPQPPLSD AYLSGMPAKR RKTMQGEGPQ LLLSEAVSRA AKAAGARPLT SPESLSRDL EAPEVQESYR QQLRSDIQKR LQEDPNYSPQ RFPNAQRAFA DDP UniProtKB: Large proline-rich protein BAG6 |
-分子 #4: Ubiquitin-like protein 4A
分子 | 名称: Ubiquitin-like protein 4A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 18.74148 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQLTVKALQG RECSLQVPED ELVSTLKQLV SEKLNVPVRQ QRLLFKGKAL ADGKRLSDYS IGPNSKLNLV VKPLEKVLLE EGEAQRLAD SPPPQVWQLI SKVLARHFSA ADASRVLEQL QRDYERSLSR LTLDDIERLA SRFLHPEVTE TMEKGFSKGS E NLYFQ UniProtKB: Ubiquitin-like protein 4A |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |