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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24667 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to GMPCPP-Stabilized Microtubules | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to GMPCPP-Stabilized Microtubules | |||||||||
試料 |
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キーワード | kinesin-8 / microtubules / complex / MOTOR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / microtubule / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Hernandez-Lopez RA / Leschziner AE | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: Multimodal tubulin binding by the yeast kinesin-8, Kip3, underlies its motility and depolymerization 著者: Arellano-Santoyo H / Hernandez-Lopez RA / Stokasimov E / Wang RY-R / Pellman D / Lesczhiner AE | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24667.map.gz | 12.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24667-v30.xml emd-24667.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24667.png | 206 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24667.cif.gz | 7.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24667 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24667 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24667_validation.pdf.gz | 473.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24667_full_validation.pdf.gz | 473.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24667_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24667_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24667 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24667 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rs6MC 7rs5C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to GMPCPP-Stabilized Microtubules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to GMPCPP-Stabilized Mic...
+超分子 #1: Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to GMPCPP-Stabilized Mic...
+超分子 #2: GMPCPP-stabilized microtubules
+超分子 #3: yeast kinesin-8/ Kip3
+分子 #1: Tubulin alpha-1B chain
+分子 #2: Tubulin beta chain
+分子 #3: kinesin-8/ Kip3
+分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #5: MAGNESIUM ION
+分子 #6: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
+分子 #7: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 詳細: BRB80 buffer (80 mM PIPES-KOH, pH 6.8; 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM DTT) |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 22 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Highly purified, glycerol-free tubulin (Cytoskeleton, Inc.) was resuspended in BRB80 buffer (80 mM PIPES-KOH, pH 6.8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM DTT) to a concentration of 10 mg/mL. GMPCPP microtubules were polymerized using GMPCPP seeds (20 uM tubulin, 1mM GMPCPP, 1mM MgCl2, 1mM DTT in BRB80). A 1 uL aliquot of seeds was transferred to a 37 C water bath. After 30 minutes, 40 uL of elongation mix (2 uM tubulin, 0.5 mM GMPCPP, 0.5 mM MgCl2, 1 mM DTT in BRB80) were added and the mixture was then incubated for additional 4.5 - 5 hours at 37 C. Purified Kip3 438 protein was buffer exchanged to cryoEM buffer (50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM DTT supplemented with 2mM AMPPNP) and desalted using a ZEBA spin desalting column. The protein was recovered by centrifugation at 15,000 rcf for 2 min. A final spin at 30,000 x g in a TLA 100 rotor (Beckman) for 10 min at 4 C was carried out to remove big aggregates. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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詳細 | Images were recorded using a semi-automated acquisition program Serial EM with a defocus range from 1.5 to 3.5 um. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 643 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: Final accumulated electron doses were 40 electrons/A2. Images were collected in super-resolution mode. The total exposure time was 5 seconds, fractionated into 20 subframes, each with an exposure time of 0.25 s. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.9 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.76 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C14 (14回回転対称) アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 21788 |
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Segment selection | 選択した数: 29090 / ソフトウェア - 名称: Appion 詳細: Inspection, defocus estimation, microtubule picking, and stack creation were performed within the Appion processing environment (Lander et al., 2009). Images were selected for processing on ...詳細: Inspection, defocus estimation, microtubule picking, and stack creation were performed within the Appion processing environment (Lander et al., 2009). Images were selected for processing on the basis of high decoration, straight MTs, and the absence of crystalline ice. |
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Multiple rounds of refinement were carried out against one half map (training map), and the other half map (validation map) was used to monitor overfitting based on the procedure described in Wang et al. elife, 2016. It is to note that the molecular interactions of ligand-protein were restrained to the initial poses adapted from the high-resolution structures during structure refinement. | ||||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 100 当てはまり具合の基準: Overall correlation of the residues to the map | ||||||||
得られたモデル | PDB-7rs6: |