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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Multidrug efflux pump subunit AcrB | |||||||||
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![]() | Multidrug efflux pump subunit AcrB / NCMN / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.51 Å | |||||||||
![]() | Trinh TKH / Cabezas A | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Multidrug efflux pump subunit AcrB 著者: Trinh TKH / Cabezas A / Catalano C / Qiu W / des Georges A / Guo Y | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 168.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 91.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7rr8MC ![]() 7rr6C ![]() 7rr7C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_24655_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_24655_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Multidrug efflux pump subunit AcrB
全体 | 名称: Multidrug efflux pump subunit AcrB |
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要素 |
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-超分子 #1: Multidrug efflux pump subunit AcrB
超分子 | 名称: Multidrug efflux pump subunit AcrB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Multidrug efflux pump subunit AcrB
分子 | 名称: Multidrug efflux pump subunit AcrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 114.736289 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISASYP GADAKTVQDT VTQVIEQNMN GIDNLMYMSS NSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP QEVQQQGVSV EKSSSSFLMV VGVINTDGTM TQEDISDYVA A NMKDAISR ...文字列: MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISASYP GADAKTVQDT VTQVIEQNMN GIDNLMYMSS NSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP QEVQQQGVSV EKSSSSFLMV VGVINTDGTM TQEDISDYVA A NMKDAISR TSGVGDVQLF GSQYAMRIWM NPNELNKFQL TPVDVITAIK AQNAQVAAGQ LGGTPPVKGQ QLNASIIAQT RL TSTEEFG KILLKVNQDG SRVLLRDVAK IELGGENYDI IAEFNGQPAS GLGIKLATGA NALDTAAAIR AELAKMEPFF PSG LKIVYP YDTTPFVKIS IHEVVKTLVE AIILVFLVMY LFLQNFRATL IPTIAVPVVL LGTFAVLAAF GFSINTLTMF GMVL AIGLL VDDAIVVVEN VERVMAEEGL PPKEATRKSM GQIQGALVGI AMVLSAVFVP MAFFGGSTGA IYRQFSITIV SAMAL SVLV ALILTPALCA TMLKPIAKGD HGEGKKGFFG WFNRMFEKST HHYTDSVGGI LRSTGRYLVL YLIIVVGMAY LFVRLP SSF LPDEDQGVFM TMVQLPAGAT QERTQKVLNE VTHYYLTKEK NNVESVFAVN GFGFAGRGQN TGIAFVSLKD WADRPGE EN KVEAITMRAT RAFSQIKDAM VFAFNLPAIV ELGTATGFDF ELIDQAGLGH EKLTQARNQL LAEAAKHPDM LTSVRPNG L EDTPQFKIDI DQEKAQALGV SINDINTTLG AAWGGSYVND FIDRGRVKKV YVMSEAKYRM LPDDIGDWYV RAADGQMVP FSAFSSSRWE YGSPRLERYN GLPSMEILGQ AAPGKSTGEA MELMEQLASK LPTGVGYDWT GMSYQERLSG NQAPSLYAIS LIVVFLCLA ALYESWSIPF SVMLVVPLGV IGALLAATFR GLTNDVYFQV GLLTTIGLSA KNAILIVEFA KDLMDKEGKG L IEATLDAV RMRLRPILMT SLAFILGVMP LVISTGAGSG AQNAVGTGVM GGMVTATVLA IFFVPVFFVV VRRRFSRKNE DI EHSHTVD HHLEHHHHHH UniProtKB: Multidrug efflux pump subunit AcrB |
-分子 #2: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子 | 名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 13 / 式: PTY |
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分子量 | 理論値: 734.039 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PTY: |
-分子 #3: DODECANE
分子 | 名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 13 / 式: D12 |
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分子量 | 理論値: 170.335 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-D12: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% uranyl acetate |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 75.57 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100418 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |