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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2448 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of T. thermophilus 30S Translation Initiation complex | |||||||||
マップデータ | Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus containing 30S, IF1, IF2, mRNA and fMet-tRNA. The structure have been used for modeling full atom IF2. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Translation Initiation complex / 30S / IF2 / IF1 / fMet-tRNA / mRNA / IF2 atomic model | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation initiation factor activity / ribosome binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / synthetic construct (人工物) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Simonetti A / Marzi S / Billas IML / Tsai A / Fabbretti A / Myasnikov A / Roblin P / Vaiana AC / Hazemann I / Eiler D ...Simonetti A / Marzi S / Billas IML / Tsai A / Fabbretti A / Myasnikov A / Roblin P / Vaiana AC / Hazemann I / Eiler D / Steitz TA / Puglisi JD / Gualerzi GO / Klaholz BP | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013 タイトル: Involvement of protein IF2 N domain in ribosomal subunit joining revealed from architecture and function of the full-length initiation factor. 著者: Angelita Simonetti / Stefano Marzi / Isabelle M L Billas / Albert Tsai / Attilio Fabbretti / Alexander G Myasnikov / Pierre Roblin / Andrea C Vaiana / Isabelle Hazemann / Daniel Eiler / ...著者: Angelita Simonetti / Stefano Marzi / Isabelle M L Billas / Albert Tsai / Attilio Fabbretti / Alexander G Myasnikov / Pierre Roblin / Andrea C Vaiana / Isabelle Hazemann / Daniel Eiler / Thomas A Steitz / Joseph D Puglisi / Claudio O Gualerzi / Bruno P Klaholz / 要旨: Translation initiation factor 2 (IF2) promotes 30S initiation complex (IC) formation and 50S subunit joining, which produces the 70S IC. The architecture of full-length IF2, determined by small angle ...Translation initiation factor 2 (IF2) promotes 30S initiation complex (IC) formation and 50S subunit joining, which produces the 70S IC. The architecture of full-length IF2, determined by small angle X-ray diffraction and cryo electron microscopy, reveals a more extended conformation of IF2 in solution and on the ribosome than in the crystal. The N-terminal domain is only partially visible in the 30S IC, but in the 70S IC, it stabilizes interactions between IF2 and the L7/L12 stalk of the 50S, and on its deletion, proper N-formyl-methionyl(fMet)-tRNA(fMet) positioning and efficient transpeptidation are affected. Accordingly, fast kinetics and single-molecule fluorescence data indicate that the N terminus promotes 70S IC formation by stabilizing the productive sampling of the 50S subunit during 30S IC joining. Together, our data highlight the dynamics of IF2-dependent ribosomal subunit joining and the role played by the N terminus of IF2 in this process. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2448.map.gz | 3.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2448-v30.xml emd-2448.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2448-30SICIF2wt2.png | 188.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2448 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2448 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 33.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus containing 30S, IF1, IF2, mRNA and fMet-tRNA. The structure have been used for modeling full atom IF2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus...
全体 | 名称: Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus containing 30S, IF1, IF2, mRNA and fMet-tRNA. The structure have been used for modeling full atom IF2. |
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要素 |
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-超分子 #1000: Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus...
超分子 | 名称: Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus containing 30S, IF1, IF2, mRNA and fMet-tRNA. The structure have been used for modeling full atom IF2. タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 5 |
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分子量 | 理論値: 900 KDa |
-超分子 #1: 30S
超分子 | 名称: 30S / タイプ: complex / ID: 1 詳細: Thermus thermophilus 30S subunit purified from tight couple 70S ribosome 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S, PSR16s |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
分子量 | 実験値: 850 KDa |
-分子 #1: Translation Initiation Factor 1
分子 | 名称: Translation Initiation Factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IF1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 8.234 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET |
配列 | UniProtKB: Translation initiation factor IF-1 |
-分子 #2: Translation Initiation Factor 2
分子 | 名称: Translation Initiation Factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: IF2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 63.178 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET |
配列 | UniProtKB: Translation initiation factor IF-2 |
-分子 #3: mRNA
分子 | 名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 詳細: model mRNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
配列 | 文字列: GGCAAGGAGG UAAAAAUGAA AAAAAAA |
-分子 #4: fMet-tRNA
分子 | 名称: fMet-tRNA / タイプ: rna / ID: 4 / 詳細: fMet-tRNA charged with Met and formylated / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM Hepes (pH 7.5), 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 8 mM MgAc2 and 1 mM DTT |
グリッド | 詳細: QuantiFoil Grid 2/2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 78 K / 最高: 96 K / 平均: 88 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
日付 | 2011年10月9日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.82 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 150 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 82417 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particle selection was done semiautomatically with the BOXER routine of the EMAN2 software package followed by visual inspection. Defocus value estimation and contrast transfer function (CTF) correction by phase flipping were done using the program CTFIT from the EMAN2. Sample homogeneity was tested through 3D resampling and classification (3D-SC) using the IMAGIC suite, and structure determination and refinement were done using the EMAN2 software package. |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, IMAGIC / 使用した粒子像数: 13000 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: DIREX |
詳細 | flexible fitting, dynamic elastic network |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT 当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-3j4j: |