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- EMDB-24286: State E2 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Foot re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24286
タイトルState E2 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Foot region map
マップデータState E2 foot region locally refined map
試料
  • 複合体: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
キーワードribosome biogenesis / DEAD-box ATPase / methyltransferase / nucleolus / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA release from pre-rRNA / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / proteasome binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...snoRNA release from pre-rRNA / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / proteasome binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / 90S preribosome / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA / proteasome complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein catabolic process / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / nuclear envelope / protein-macromolecule adaptor activity / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / rRNA binding / RNA helicase / structural constituent of ribosome / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis protein 15, RNA recognition motif / DDX18/Has1, DEAD-box helicase domain / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Domain of unknown function DUF4217 / Domain of unknown function (DUF4217) / DUF4217 / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain ...Ribosome biogenesis protein 15, RNA recognition motif / DDX18/Has1, DEAD-box helicase domain / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Domain of unknown function DUF4217 / Domain of unknown function (DUF4217) / DUF4217 / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / breast cancer carboxy-terminal domain / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7/L30 / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / : / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Helicase conserved C-terminal domain / 50S ribosomal protein L30e-like / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L23 / helicase superfamily c-terminal domain / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL8A / Proteasome-interacting protein CIC1 / Nucleolar protein 16 / Ribosome biogenesis protein RLP7 / Pescadillo homolog / Ribosome biogenesis protein 15 / ATP-dependent RNA helicase HAS1 ...Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL8A / Proteasome-interacting protein CIC1 / Nucleolar protein 16 / Ribosome biogenesis protein RLP7 / Pescadillo homolog / Ribosome biogenesis protein 15 / ATP-dependent RNA helicase HAS1 / Ribosome biogenesis protein ERB1 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Cruz VE / Sekulski K / Peddada N / Erzberger JP
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135617-01 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR150074 米国
Robert A. Welch FoundationI-1897 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Sequence-specific remodeling of a topologically complex RNP substrate by Spb4.
著者: Victor Emmanuel Cruz / Kamil Sekulski / Nagesh Peddada / Carolin Sailer / Sahana Balasubramanian / Christine S Weirich / Florian Stengel / Jan P Erzberger /
要旨: DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular ...DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular roles, most notably in driving large-scale RNA remodeling steps during the assembly of ribonucleoproteins (RNPs). We describe cryo-EM structures of 60S ribosomal biogenesis intermediates that reveal how context-specific RNA unwinding by the DEAD-box ATPase Spb4 results in extensive, sequence-specific remodeling of rRNA secondary structure. Multiple cis and trans interactions stabilize Spb4 in a post-catalytic, high-energy intermediate that drives the organization of the three-way junction at the base of rRNA domain IV. This mechanism explains how limited strand separation by DEAD-box ATPases is leveraged to provide non-equilibrium directionality and ensure efficient and accurate RNP assembly.
履歴
登録2021年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24286.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈State E2 foot region locally refined map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 420 pix.
= 453.6 Å		1.08 Å/pix.
x 420 pix.
= 453.6 Å		1.08 Å/pix.
x 420 pix.
= 453.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.05132839 - 0.11928569
平均 (標準偏差)0.000023413188 (±0.0021613527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 453.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: State E2 foot region locally refined half map 1

ファイルemd_24286_half_map_1.map
注釈State E2 foot region locally refined half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: State E2 foot region locally refined half map 2

ファイルemd_24286_half_map_2.map
注釈State E2 foot region locally refined half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4

全体名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4
要素
  • 複合体: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4
    • RNA: ITS-2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase HAS1
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L8-A
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome-interacting protein CIC1
    • タンパク質・ペプチド: Pescadillo homolog
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein 15
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein RLP7
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein ERB1
    • RNA: 25S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Nucleolar protein 16
    • RNA: 5.8S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L15-A
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34-A
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosome biogenesis factor Spb1
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36-A
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13-A

+
超分子 #1: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4

超分子名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
分子量理論値: 3.3 MDa

+
分子 #1: ITS-2

分子名称: ITS-2 / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 27.786307 KDa
配列文字列:
CCUUCUCAAA CAUUCUGUUU GGUAGUGAGU GAUACUCUUU GGAGUUAACU UGAAAUUGCU GGCCUUUAGG CGAACAAUGU UCUUAAA

+
分子 #10: 25S rRNA

分子名称: 25S rRNA / タイプ: rna / ID: 10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 95.192117 KDa
配列文字列: GUUUGACCUC AAAUCAGGUA GGAAAGCUCA AAUUUGAAAU CUGGUACCUU CGGUGCCCGA GUUGUAAUUU GGAGAGGGCA ACUUUGGGU UUGUAAAGUG CCUUCGAAGA GUCGCUAAGU GGGUGGUCCA UCUAAAGCUA AUAGUCGAUC CUAAGAGAUG G GGAAGCUC ...文字列:
GUUUGACCUC AAAUCAGGUA GGAAAGCUCA AAUUUGAAAU CUGGUACCUU CGGUGCCCGA GUUGUAAUUU GGAGAGGGCA ACUUUGGGU UUGUAAAGUG CCUUCGAAGA GUCGCUAAGU GGGUGGUCCA UCUAAAGCUA AUAGUCGAUC CUAAGAGAUG G GGAAGCUC CGUUUCAAAG GCCUGAUUUU AUGCAGGCCA CCAUCGAAAG GGAAUCCUUC CGGAACCUGG AUAUGGAUUC UU CACACUG AAUGUGGAGA AAAUCCACAG GAAGGAAUAG UUUUCAUGCC AGGUCGUA

+
分子 #12: 5.8S rRNA

分子名称: 5.8S rRNA / タイプ: rna / ID: 12 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 18.22373 KDa
配列文字列:
UGAACGCACA UUGCGCCCCU UGGUAUUCCA GGGGGCAUGC CUGUUUGAGC GUCAUUU

+
分子 #2: ATP-dependent RNA helicase HAS1

分子名称: ATP-dependent RNA helicase HAS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 56.798348 KDa
配列文字列: MATPSNKRSR DSESTEEPVV DEKSTSKQNN AAPEGEQTTC VEKFEELKLS QPTLKAIEKM GFTTMTSVQA RTIPPLLAGR DVLGAAKTG SGKTLAFLIP AIELLHSLKF KPRNGTGIIV ITPTRELALQ IFGVARELME FHSQTFGIVI GGANRRQEAE K LMKGVNML ...文字列:
MATPSNKRSR DSESTEEPVV DEKSTSKQNN AAPEGEQTTC VEKFEELKLS QPTLKAIEKM GFTTMTSVQA RTIPPLLAGR DVLGAAKTG SGKTLAFLIP AIELLHSLKF KPRNGTGIIV ITPTRELALQ IFGVARELME FHSQTFGIVI GGANRRQEAE K LMKGVNML IATPGRLLDH LQNTKGFVFK NLKALIIDEA DRILEIGFED EMRQIIKILP NEDRQSMLFS ATQTTKVEDL AR ISLRPGP LFINVVPETD NSTADGLEQG YVVCDSDKRF LLLFSFLKRN QKKKIIVFLS SCNSVKYYAE LLNYIDLPVL ELH GKQKQQ KRTNTFFEFC NAERGILICT DVAARGLDIP AVDWIIQFDP PDDPRDYIHR VGRTARGTKG KGKSLMFLTP NELG FLRYL KASKVPLNEY EFPENKIANV QSQLEKLIKS NYYLHQTAKD GYRSYLQAYA SHSLKTVYQI DKLDLAKVAK SYGFP VPPK VNITIGASGK TPNTKRRKTH K

UniProtKB: ATP-dependent RNA helicase HAS1

+
分子 #3: 60S ribosomal protein L8-A

分子名称: 60S ribosomal protein L8-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 28.17582 KDa
配列文字列: MAPGKKVAPA PFGAKSTKSN KTRNPLTHST PKNFGIGQAV QPKRNLSRYV KWPEYVRVQR QKKILSIRLK VPPTIAQFQY TLDRNTAAE TFKLFNKYRP ETAAEKKERL TKEAAAVAEG KSKQDASPKP YAVKYGLNHV VALIENKKAK LVLIANDVDP I ELVVFLPA ...文字列:
MAPGKKVAPA PFGAKSTKSN KTRNPLTHST PKNFGIGQAV QPKRNLSRYV KWPEYVRVQR QKKILSIRLK VPPTIAQFQY TLDRNTAAE TFKLFNKYRP ETAAEKKERL TKEAAAVAEG KSKQDASPKP YAVKYGLNHV VALIENKKAK LVLIANDVDP I ELVVFLPA LCKKMGVPYA IVKGKARLGT LVNQKTSAVA ALTEVRAEDE AALAKLVSTI DANFADKYDE VKKHWGGGIL GN KAQAKMD KRAKNSDSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8A

+
分子 #4: Proteasome-interacting protein CIC1

分子名称: Proteasome-interacting protein CIC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 42.596691 KDa
配列文字列: MAKKSNSKKS TPVSTPSKEK KKVIEKKSST AIPRERVIKA VNELIKFTSK PQDENNEEGN NGKKNLLEDD EEELKKDLQL IVVNNKSFT GTSKSFKLKL LNVKHSFYKP WKEASATAVK DFKVLLILKD SDIKKVSEDD LFDQLDSEGI KVDEIICGKD L KTVYKAYE ...文字列:
MAKKSNSKKS TPVSTPSKEK KKVIEKKSST AIPRERVIKA VNELIKFTSK PQDENNEEGN NGKKNLLEDD EEELKKDLQL IVVNNKSFT GTSKSFKLKL LNVKHSFYKP WKEASATAVK DFKVLLILKD SDIKKVSEDD LFDQLDSEGI KVDEIICGKD L KTVYKAYE ARNAFISQFS LILADDSIVT SLPKLMGGKA YNKVETTPIS IRTHANKEFS LTTLTNNIKK VYMNQLPVKL PR GTTLNVH LGNLEWLRPE EFVDNVELIS EQLIKAYQIR SIFIKTNRSP VLPLYYNQDV LDELEAKKDK IEETHEDDMV TID GVQVHL STFNKGLMEI ANPSELGSIF SKQINNAKKR SSSELEKESS ESEAVKKAKS

UniProtKB: Proteasome-interacting protein CIC1

+
分子 #5: Pescadillo homolog

分子名称: Pescadillo homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 69.984148 KDa
配列文字列: MRIKKKNTRG NARNFITRSQ AVRKLQVSLA DFRRLCIFKG IYPREPRNKK KANKGSTAPT TFYYAKDIQY LMHEPVLAKF REHKTFARK LTRALGRGEV SSAKRLEENR DSYTLDHIIK ERYPSFPDAI RDIDDALNML FLFSNLPSTN QVSSKIINDA Q KICNQWLA ...文字列:
MRIKKKNTRG NARNFITRSQ AVRKLQVSLA DFRRLCIFKG IYPREPRNKK KANKGSTAPT TFYYAKDIQY LMHEPVLAKF REHKTFARK LTRALGRGEV SSAKRLEENR DSYTLDHIIK ERYPSFPDAI RDIDDALNML FLFSNLPSTN QVSSKIINDA Q KICNQWLA YVAKERLVRK VFVSIKGVYY QANIKGEEVR WLVPFKFPEN IPSDVDFRIM LTFLEFYSTL LHFVLYKLYT DS GLIYPPK LDLKKDKIIS GLSSYILESR QEDSLLKLDP TEIEEDVKVE SLDASTLKSA LNADEANTDE TEKEEEQEKK QEK EQEKEQ NEETELDTFE DNNKNKGDIL IQPSKYDSPV ASLFSAFVFY VSREVPIDIL EFLILSCGGN VISEAAMDQI ENKK DIDMS KVTHQIVDRP VLKNKVAGRT YIQPQWIFDC INKGELVPAN KYLPGEALPP HLSPWGDAIG YDPTAPVEEG EEEES ESES ESEDQVEEED QEVVAGEEDD DDDEELQAQK ELELEAQGIK YSETSEADKD VNKSKNKKRK VDEEEEEKKL KMIMMS NKQ KKLYKKMKYS NAKKEEQAEN LKKKKKQIAK QKAKLNKLDS KK

UniProtKB: Pescadillo homolog

+
分子 #6: Ribosome biogenesis protein 15

分子名称: Ribosome biogenesis protein 15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 25.499186 KDa
配列文字列: MVKSTSKTST KETVTKQPTE EKPIQEKEEL ALETSSSSSD EEDEKDEDEI EGLAASDDEQ SGTHKIKRLN PKKQANEKKS KDKKTLEEY SGIIYVSRLP HGFHEKELSK YFAQFGDLKE VRLARNKKTG NSRHYGFLEF VNKEDAMIAQ ESMNNYLLMG H LLQVRVLP ...文字列:
MVKSTSKTST KETVTKQPTE EKPIQEKEEL ALETSSSSSD EEDEKDEDEI EGLAASDDEQ SGTHKIKRLN PKKQANEKKS KDKKTLEEY SGIIYVSRLP HGFHEKELSK YFAQFGDLKE VRLARNKKTG NSRHYGFLEF VNKEDAMIAQ ESMNNYLLMG H LLQVRVLP KGAKIEKLYK YKKRVLVEKG ITKPVKQLKD NMKQKHEERI KKLAKSGIEF KW

UniProtKB: Ribosome biogenesis protein 15

+
分子 #7: Ribosome biogenesis protein RLP7

分子名称: Ribosome biogenesis protein RLP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 36.621074 KDa
配列文字列: MSSTQDSKAQ TLNSNPEILL RKRRNADRTR IERQELAKKK REEQIKKKRS NKNKFVRAES IVAKTLATSR EKERIKRVSI LEDKKAKNE TQHIASGKDF ILKITEKANG AEENSVDLEE TEEEEDDGLI REKTTYDGKP ALLFIVRVRG PLAVNIPNKA F KILSLLRL ...文字列:
MSSTQDSKAQ TLNSNPEILL RKRRNADRTR IERQELAKKK REEQIKKKRS NKNKFVRAES IVAKTLATSR EKERIKRVSI LEDKKAKNE TQHIASGKDF ILKITEKANG AEENSVDLEE TEEEEDDGLI REKTTYDGKP ALLFIVRVRG PLAVNIPNKA F KILSLLRL VETNTGVFVK LTKNVYPLLK VIAPYVVIGK PSLSSIRSLI QKRGRIIYKG ENEAEPHEIV LNDNNIVEEQ LG DHGIICV EDIIHEIATM GESFSVCNFF LQPFKLNREV SGFGSLNRLR KIKQREAESR TRQFSNAATA PVIEVDIDSL LAK LN

UniProtKB: Ribosome biogenesis protein RLP7

+
分子 #8: 60S ribosomal protein L25

分子名称: 60S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 15.787612 KDa
配列文字列:
MAPSAKATAA KKAVVKGTNG KKALKVRTSA TFRLPKTLKL ARAPKYASKA VPHYNRLDSY KVIEQPITSE TAMKKVEDGN ILVFQVSMK ANKYQIKKAV KELYEVDVLK VNTLVRPNGT KKAYVRLTAD YDALDIANRI GYI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #9: Ribosome biogenesis protein ERB1

分子名称: Ribosome biogenesis protein ERB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 91.830609 KDa
配列文字列: MMAKNNKTTE AKMSKKRAAS EESDVEEDED KLLSVDGLID AEASESDEDD DEYESAVEEK ESSSDKEAQD DSDDDSDAEL NKLLAEEEG DGEEDYDSSE FSDDTTSLTD RLSGVKLQTI VDPNIYSKYA DGSDRIIKPE INPVYDSDDS DAETQNTIGN I PLSAYDEM ...文字列:
MMAKNNKTTE AKMSKKRAAS EESDVEEDED KLLSVDGLID AEASESDEDD DEYESAVEEK ESSSDKEAQD DSDDDSDAEL NKLLAEEEG DGEEDYDSSE FSDDTTSLTD RLSGVKLQTI VDPNIYSKYA DGSDRIIKPE INPVYDSDDS DAETQNTIGN I PLSAYDEM PHIGYDINGK RIMRPAKGSA LDQLLDSIEL PEGWTGLLDK NSGSSLNLTK EELELISKIQ RNEQTDDSIN PY EPLIDWF TRHEEVMPLT AVPEPKRRFV PSKNEAKRVM KIVRAIREGR IIPPKKLKEM KEKEKIENYQ YDLWGDSTET NDH VMHLRA PKLPPPTNEE SYNPPEEYLL SPEEKEAWEN TEYSERERNF IPQKYSALRK VPGYGESIRE RFERSLDLYL APRV RKNKL NIDPNSLIPE LPSPKDLRPF PIRCSTIYAG HKGKVRTLSI DPSGLWLATG SDDGTVRVWE ILTGREVYRT TLIDD EENP DYHIECIEWN PDANNGILAV AVGENIHLIV PPIFGYDIEN NGKTKIEDGF GYDTFGTVKK SNLEVNENGD GDEDGE NES AKNAVKKQVA QWNKPSQKQL EKDICITISC KKTVKKLSWH RKGDYFVTVQ PDSGNTSVLI HQVSKHLTQS PFKKSKG II MDAKFHPFKP QLFVCSQRYV RIYDLSQQIL VKKLLPGARW LSKIDIHPRG DNLIASSFDK RVLWHDLDLA STPYKTLR Y HEKAVRSVNF HKKLPLFSSA ADDGTIHVFH ATVYDDMMKN PMIVPLKKLT GHKVINSLGV LDAIWHPREA WLFSAGADN TARLWTT

UniProtKB: Ribosome biogenesis protein ERB1

+
分子 #11: Nucleolar protein 16

分子名称: Nucleolar protein 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 26.954447 KDa
配列文字列: MTSVRKRKMN RSSVGKATRR NKDKQRKINI QSNPIIAANW DYSLTMAQNY KKLGLRAKLQ TPAGGKEADL SKVVKRIPLT KPVLDEDED EDEGEDEQND YNAATVELDE NEIPEGGARI QRDKNGDVVR VVYGKKKNFD ADEDVNEIKA RDTTEETEVV K KLEELASR ...文字列:
MTSVRKRKMN RSSVGKATRR NKDKQRKINI QSNPIIAANW DYSLTMAQNY KKLGLRAKLQ TPAGGKEADL SKVVKRIPLT KPVLDEDED EDEGEDEQND YNAATVELDE NEIPEGGARI QRDKNGDVVR VVYGKKKNFD ADEDVNEIKA RDTTEETEVV K KLEELASR PVIRKERSQS EREEEWLEKL YKKHGDDYKK MFFDKKLNIY QQSEGDLKRR LLRWKKRNGI ASK

UniProtKB: Nucleolar protein 16

+
分子 #13: 60S ribosomal protein L15-A

分子名称: 60S ribosomal protein L15-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 24.482357 KDa
配列文字列: MGAYKYLEEL QRKKQSDVLR FLQRVRVWEY RQKNVIHRAA RPTRPDKARR LGYKAKQGFV IYRVRVRRGN RKRPVPKGAT YGKPTNQGV NELKYQRSLR ATAEERVGRR AANLRVLNSY WVNQDSTYKY FEVILVDPQH KAIRRDARYN WICDPVHKHR E ARGLTATG ...文字列:
MGAYKYLEEL QRKKQSDVLR FLQRVRVWEY RQKNVIHRAA RPTRPDKARR LGYKAKQGFV IYRVRVRRGN RKRPVPKGAT YGKPTNQGV NELKYQRSLR ATAEERVGRR AANLRVLNSY WVNQDSTYKY FEVILVDPQH KAIRRDARYN WICDPVHKHR E ARGLTATG KKSRGINKGH KFNNTKAGRR KTWKRQNTLS LWRYRK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL15A

+
分子 #14: 60S ribosomal protein L35

分子名称: 60S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 2.165599 KDa
配列文字列:
GKKYQPKVTE KQRKKQIA

+
分子 #15: 60S ribosomal protein L27

分子名称: 60S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 1.801269 KDa
配列文字列:
LKVTKKHGAK KVAKRT

+
分子 #16: 60S ribosomal protein L34-A

分子名称: 60S ribosomal protein L34-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 4.511246 KDa
配列文字列:
FRRRNHVKKL ATISTLRPRQ YATVSKTHKT ALQAYGGSR

+
分子 #17: 60S ribosome biogenesis factor Spb1

分子名称: 60S ribosome biogenesis factor Spb1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 8.182842 KDa
配列文字列:
MIKDKDSAAD ADDLESELNA MYSDYKTRRS ERDAKFRVDE GFNRYTFRDT ENLPDWFLED EKEHSKIN

+
分子 #18: 60S ribosomal protein L36-A

分子名称: 60S ribosomal protein L36-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 11.151259 KDa
配列文字列:
MTVKTGIAIG LNKGKKVTSM TPAPKISYKK GAASNRTKFV RSLVREIAGL SPYERRLIDL IRNSGEKRAR KVAKKRLGSF TRAKAKVEE MNNIIAASRR H

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL36A

+
分子 #19: 60S ribosomal protein L13-A

分子名称: 60S ribosomal protein L13-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 22.604164 KDa
配列文字列: MAISKNLPIL KNHFRKHWQE RVKVHFDQAG KKVSRRNARA TRAAKIAPRP LDLLRPVVRA PTVKYNRKVR AGRGFTLAEV KAAGLTAAY ARTIGIAVDH RRQNRNQEIF DANVQRLKEY QSKIIVFPRN GKAPEAEQVL SAAATFPIAQ PATDVEARAV Q DNGESAFR ...文字列:
MAISKNLPIL KNHFRKHWQE RVKVHFDQAG KKVSRRNARA TRAAKIAPRP LDLLRPVVRA PTVKYNRKVR AGRGFTLAEV KAAGLTAAY ARTIGIAVDH RRQNRNQEIF DANVQRLKEY QSKIIVFPRN GKAPEAEQVL SAAATFPIAQ PATDVEARAV Q DNGESAFR TLRLARSEKK FRGIREKRAR EKAEAEAEKK K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL13A

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMCH2[CH2NHC(CH2OH)3]2Bis-Tris-Propane
150.0 mMNaClSodium Chloride
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
1.0 mMC9H15O6PHClTCEP
0.01 mMNP-40
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4523 / 平均露光時間: 0.05 sec. / 平均電子線量: 1.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 825096
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3891

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 198000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 118000 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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