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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24283 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Exon-free state of the Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct | ||||||||||||||||||
マップデータ | Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Ribozyme / catalytic RNA / RNA | ||||||||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Thelot F / Liu D | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2022 タイトル: Sub-3-Å cryo-EM structure of RNA enabled by engineered homomeric self-assembly. 著者: Di Liu / François A Thélot / Joseph A Piccirilli / Maofu Liao / Peng Yin / 要旨: High-resolution structural studies are essential for understanding the folding and function of diverse RNAs. Herein, we present a nanoarchitectural engineering strategy for efficient structural ...High-resolution structural studies are essential for understanding the folding and function of diverse RNAs. Herein, we present a nanoarchitectural engineering strategy for efficient structural determination of RNA-only structures using single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM). This strategy-ROCK (RNA oligomerization-enabled cryo-EM via installing kissing loops)-involves installing kissing-loop sequences onto the functionally nonessential stems of RNAs for homomeric self-assembly into closed rings with multiplied molecular weights and mitigated structural flexibility. ROCK enables cryo-EM reconstruction of the Tetrahymena group I intron at 2.98-Å resolution overall (2.85 Å for the core), allowing de novo model building of the complete RNA, including the previously unknown peripheral domains. ROCK is further applied to two smaller RNAs-the Azoarcus group I intron and the FMN riboswitch, revealing the conformational change of the former and the bound ligand in the latter. ROCK holds promise to greatly facilitate the use of cryo-EM in RNA structural studies. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24283.map.gz | 2.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24283-v30.xml emd-24283.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24283.png | 98.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24283.cif.gz | 4.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24283 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24283 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24283_validation.pdf.gz | 456.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24283_full_validation.pdf.gz | 456.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24283_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24283_validation.cif.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24283 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24283 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24283.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded ...
全体 | 名称: Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct |
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要素 |
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-超分子 #1: Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded ...
超分子 | 名称: Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / Synthetically produced: Yes |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-分子 #1: Group I intron
分子 | 名称: Group I intron / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 127.005961 KDa |
配列 | 文字列: UGGAGGGAAA AGUUAUCAGG CAUGCACCUG GUAGCUAGUC UUUAAACCAA UAGAUUGCAU CGGUUUAAAA GGCAAGACCG UCAAAUUGC GGGAAAGGGG UCAACAGCCG UUCAGUACCA AGUCUCAGGG GAAACUUUGA GAUGGCCUUG CAAAGGGUAU G GUAAUAAG ...文字列: UGGAGGGAAA AGUUAUCAGG CAUGCACCUG GUAGCUAGUC UUUAAACCAA UAGAUUGCAU CGGUUUAAAA GGCAAGACCG UCAAAUUGC GGGAAAGGGG UCAACAGCCG UUCAGUACCA AGUCUCAGGG GAAACUUUGA GAUGGCCUUG CAAAGGGUAU G GUAAUAAG CUGACGGACA UGGUCCUAAC CACGCAGCCA AGUCCUAAGU CAACAGGAUG GUUCUGUUGA UAUGGAUGCA GU UCACAGA CUAAAUGUCG GUCGGGGAAG AUGUAUUCUU CUCAUAAGAU AUAGUCGGAC CUCUCCUUAA UGGGAGCUAG CGG AUGAAG UGAUGCAACA CUGGAGCCGC UGGGAACUAA UCAGUGAACC AUCCACUGAU UAGUUUUGGA GUACUCG GENBANK: GENBANK: V01416.1 |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 85596 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |