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万見
- EMDB-24181: The structure of bovine thyroglobulin with iodinated tyrosines -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24181
タイトルThe structure of bovine thyroglobulin with iodinated tyrosines
マップデータCombined EM map of reconstructions from focused refinements around the region surrounding half of the dimeric Tg molecule and the arm region of a Tg monomer - resampled in finer grid points.
試料
  • 複合体: Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid
    • タンパク質・ペプチド: Thyroglobulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードthyroid hormone synthesis / HORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


iodide transport / hormone biosynthetic process / thyroid hormone generation / regulation of myelination / thyroid gland development / hormone activity / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Thyroglobulin / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Carboxylesterase type B, conserved site ...Thyroglobulin / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos indicus x Bos taurus (哺乳類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Kim K / Clarke OB
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: The structure of natively iodinated bovine thyroglobulin.
著者: Kookjoo Kim / Mykhailo Kopylov / Daija Bobe / Kotaro Kelley / Edward T Eng / Peter Arvan / Oliver B Clarke /
要旨: Thyroglobulin is a homodimeric glycoprotein that is essential for the generation of thyroid hormones in vertebrates. Upon secretion into the lumen of follicles in the thyroid gland, tyrosine residues ...Thyroglobulin is a homodimeric glycoprotein that is essential for the generation of thyroid hormones in vertebrates. Upon secretion into the lumen of follicles in the thyroid gland, tyrosine residues within the protein become iodinated to produce monoiodotyrosine (MIT) and diiodotyrosine (DIT). A subset of evolutionarily conserved pairs of DIT (and MIT) residues can then engage in oxidative coupling reactions that yield either thyroxine (T; produced from coupling of a DIT `acceptor' with a DIT `donor') or triiodothyronine (T; produced from coupling of a DIT acceptor with an MIT donor). Although multiple iodotyrosine residues have been identified as potential donors and acceptors, the specificity and structural context of the pairings (i.e. which donor is paired with which acceptor) have remained unclear. Here, single-particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) was used to generate a high-resolution reconstruction of bovine thyroglobulin (2.3 Å resolution in the core region and 2.6 Å overall), allowing the structural characterization of two post-reaction acceptor-donor pairs as well as tyrosine residues modified as MIT and DIT. A substantial spatial separation between donor Tyr149 and acceptor Tyr24 was observed, suggesting that for thyroxine synthesis significant peptide motion is required for coupling at the evolutionarily conserved thyroglobulin amino-terminus.
履歴
登録2021年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月10日-
マップ公開2021年11月10日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
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  • 表面レベル: 0.035
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  • 表面レベル: 0.035
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24181.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24181.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Combined EM map of reconstructions from focused refinements around the region surrounding half of the dimeric Tg molecule and the arm region of a Tg monomer - resampled in finer grid points.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7453 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.0070776534 - 0.32060194
平均 (標準偏差)0.0028776657 (±0.0057799513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 381.5936 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.745300781250.745300781250.74530078125
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.594381.594381.594
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0070.3210.003

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24181_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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マスク #2

ファイルemd_24181_msk_2.map
投影像・断面図
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追加マップ: EM map of the focused refinement on the arm region of a Tg monomer

ファイルemd_24181_additional_1.map
注釈EM map of the focused refinement on the arm region of a Tg monomer
投影像・断面図
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追加マップ: Combined EM map of density-modified maps of focused...

ファイルemd_24181_additional_10.map
注釈Combined EM map of density-modified maps of focused refinements around the region surrounding half of the dimeric Tg molecule and the arm region of a Tg monomer - the model is aligned to this map
投影像・断面図
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追加マップ: EM map of the global consensus refinement -...

ファイルemd_24181_additional_2.map
注釈EM map of the global consensus refinement - the reference map for subsequent focused refinements
投影像・断面図
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追加マップ: EM map of the focused refinement on the...

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注釈EM map of the focused refinement on the region surrounding half of the dimeric Tg molecule
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追加マップ: The second EM half map of the focused...

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注釈The second EM half map of the focused refinement on the region surrounding half of the dimeric Tg molecule
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追加マップ: The first EM half map of the focused...

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注釈The first EM half map of the focused refinement on the region surrounding half of the dimeric Tg molecule
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注釈The second EM half map of the focused refinement on the arm region of a Tg monomer
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追加マップ: The first EM half map of the focused...

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注釈The first EM half map of the focused refinement on the arm region of a Tg monomer
投影像・断面図
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追加マップ: density-modified EM map of the focused refinement on...

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注釈density-modified EM map of the focused refinement on the arm region of a Tg monomer
投影像・断面図
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追加マップ: density-modified EM map of the focused refinement on...

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注釈density-modified EM map of the focused refinement on the region surrounding half of the dimeric Tg molecule
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: The first EM half map of the global consensus reconstruction

ファイルemd_24181_half_map_1.map
注釈The first EM half map of the global consensus reconstruction
投影像・断面図
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ハーフマップ: The second EM half map of the global consensus reconstruction

ファイルemd_24181_half_map_2.map
注釈The second EM half map of the global consensus reconstruction
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid

全体名称: Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid
要素
  • 複合体: Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid
    • タンパク質・ペプチド: Thyroglobulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid

超分子名称: Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bos indicus x Bos taurus (哺乳類)
分子量理論値: 660 KDa

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分子 #1: Thyroglobulin

分子名称: Thyroglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos indicus x Bos taurus (哺乳類)
分子量理論値: 303.087844 KDa
配列文字列: NIFE(T44)QVDAQ PLRPCELQRE RAFLKREDYV PQCAEDGSFQ TVQCGKDGAS CWCVDADGRE VPGSRQPGRP AACLSF CQL QKQQILLSSY INSTATSYLP QCQDSGDYSP VQCDLRRRQC WCVDAEGMEV YGTRQQGRPA RCPRSCEIRN RRLLHGV GD ...文字列:
NIFE(T44)QVDAQ PLRPCELQRE RAFLKREDYV PQCAEDGSFQ TVQCGKDGAS CWCVDADGRE VPGSRQPGRP AACLSF CQL QKQQILLSSY INSTATSYLP QCQDSGDYSP VQCDLRRRQC WCVDAEGMEV YGTRQQGRPA RCPRSCEIRN RRLLHGV GD RSPPQCSPDG AFRPVQCKFV NTTDMMIFDL VHSYSRFPDA FVTFSSFRSR FPEVSGYCYC ADSQGRELAE TGLELLLD E IYDTIFAGLD LASTFAETTL YRILQRRFLA VQLVISGRFR CPTKCEVERF AATSFRHPYV PSCHPDGEYQ AAQCQQGGP CWCVDSRGQE IPGTRQRGEP PSCAEDQSCP SERRRAFSRL RFGPSGYFSR RSLLLAPEEG PVSQRFARFT ASCPPSIKEL FLDSGIFQP MLQGRDTRFV APESLLKEAI RGLFPSRELA RLALQFTTNA KRLQQNLFGG RFLVNVGQFN LSGALGTRGT F NFSHFFQQ LGLPGFQDGR ALADLAKPLS VGLNSNPASE APKASKIDVA LRKPVVGSFG FEVNLQENQN ALQFLSSFLE LP EFLLFLQ HAISVPEDIA RDLGDVMEMV FSSQGCGQAP GSLFVPACTA EGSYEEVQCF AGDCWCVDAQ GRELAGSRVR GGR PRCPTE CEKQRARMQS LLGSQPAGSS LFVPACTSKG NFLPVQCFNS ECYCVDTEGQ PIPGTRSALG EPKKCPSPCQ LQAE RAFLG TVRTLVSNPS TLPALSSIYI PQCSASGQWS PVQCDGPPEQ AFEWYERWEA QNSAGQALTP AELLMKIMSY REAAS RNFR LFIQNLYEAG QQGIFPGLAR YSSFQDVPVS VLEGNQTQPG GNVFLEPYLF WQILNGQLDR YPGPYSDFSA PLAHFD LRS CWCVDEAGQK LEGTRNEPNK VPACPGSCEE VKLRVLQFIR EAEEIVTYSN SSRFPLGESF LAAKGIRLTD EELAFPP LS PSRETFLEKF LSGSDYAIRL AAQSTFDFYQ RRLVTLAESP RAPSPVWSSA YLPQCDAFGG WEPVQCHAAT GHCWCVDG K GEYVPTSLTA RSRQIPQCPT SCERLRASGL LSSWKQAGVQ AEPSPKDLFI PTCLETGEFA RLQASEAGTW CVDPASGEG VPPGTNSSAQ CPSLCEVLQS GVPSRRTSPG YSPACRAEDG GFSPVQCDPA QGSCWCVLGS GEEVPGTRVA GSQPACESPQ CPLPFSVAD VAGGAILCER ASGLGAAAGQ RCQLRCSQGY RSAFPPEPLL CSVQRRRWES RPPQPRACQR PQFWQTLQTQ A QFQLLLPL GKVCSADYSG LLLAFQVFLL DELTARGFCQ IQVKTAGTPV SIPVCDDSSV KVECLSRERL GVNITWKLQL VD APPASLP DLQDVEEALA GKYLAGRFAD LIQSGTFQLH LDSKTFSADT SIRFLQGDRF GISPRTQFGC LEGFGRVVAA SDA SQDALG CVKCPEGSYF QDEQCIPCPA GFYQEQAGSL ACVPCPEGRT TVYAGAFSQT HCVTDCQKNE VGLQCDQDGQ YRAS QRDRT SGKAFCVDGE GRRLPWTEAE APLVDAQCLV MRKFEKLPES KVIFSADVAV MVRSEVPGSE SSLMQCLADC ALDEA CGFL TVSTAGSEVS CDFYAWASDS IACTTSGRSE DALGTSQATS FGSLQCQVKV RSREGDPLAV YLKKGQEFTI TGQKRF EQT GFQSALSGMY SPVTFSASGA SLAEVHLFCL LACDHDSCCD GFILVQVQGG PLLCGLLSSP DVLLCHVRDW RDPAEAQ AN ASCPGVTYDQ DSRQVTLRLG GQEIRGLTPL EGTQDTLTSF QQVYLWKDSD MGSRSESMGC RRDTEPRPAS PSETDLTT G LFSPVDLIQV IVDGNVSLPS QQHWLFKHLF SLQQANLWCL SRCAGEPSFC QLAEVTDSEP LYFTCTLYPE AQVCDDILE SSPKGCRLIL PRRPSALYRK KVVLQDRVKN FYNRLPFQKL TGISIRNKVP MSDKSISSGF FECERLCDMD PCCTGFGFLN VSQLKGGEV TCLTLNSLGL QTCSEE(TYI)GGV WRILDCGSPD TEVRTYPFGW YQKPVSPSDA PSFCPSVALP ALTENVA LD SWQSLALSSV IVDPSIRNFD VAHISTAAVG NFSAARDRCL WECSRHQDCL VTTLQTQPGA VRCMFYADTQ SCTHSLQA Q NCRLLLHEEA TYIYRKPNIP LPGFGTSSPS VPIATHGQLL GRSQAIQVGT SWKPVDQFLG VPYAAPPLGE KRFRAPEHL NWTGSWEATK PRARCWQPGI RTPTPPGVSE DCLYLNVFVP QNMPPNASVL VFFHNAAEGK GSGDRPAVDG SFLAAVGNLI VVTASYRTG IFGFLSSGSS ELSGNWGLLD QVVALTWVQT HIQAFGGDPR RVTLAADRGG ADIASIHLVT TRAANSRLFR R AVLMGGSA LSPAAVIRPE RARQQAAALA KEVGCPSSSV QEMVSCLRQE PARILNDAQT KLLAVSGPFH YWGPVVDGQY LR ETPARVL QRAPRVKVDL LIGSSQDDGL INRAKAVKQF EESQGRTSSK TAFYQALQNS LGGEAADAGV QAAATWYYSL EHD SDD(T44)AS FSRALEQATR DYFIICPVID MASHWARTVR GNVFMYHAPE SYSHSSLELL TDVLYAFGLP FYPAYEGQFT LEEKSLSLK IMQYFSNFIR SGNPNYPHEF SRRAPEFAAP WPDFVPRDGA ESYKELSVLL PNRQGLKKAD CSFWSKYIQS L KASADETK DGPSADSEEE DQPAGSGLTE DLLGLPELAS KTYSK

UniProtKB: Thyroglobulin

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 308 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 71.32 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 554053
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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