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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24110 | |||||||||
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タイトル | Activated state of 2-APB-bound wildtype rat TRPV2 in nanodiscs | |||||||||
マップデータ | 2-APB bound wildtype rat TRPV2 in nanodiscs, activated state | |||||||||
試料 |
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キーワード | TRP channel / ion channel / TRPV / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of axon extension / endomembrane system / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity ...growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of axon extension / endomembrane system / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity / melanosome / lamellipodium / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / negative regulation of cell population proliferation / axon / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Pumroy RA / Protopopova AD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural insights into TRPV2 activation by small molecules. 著者: Ruth A Pumroy / Anna D Protopopova / Tabea C Fricke / Iris U Lange / Ferdinand M Haug / Phuong T Nguyen / Pamela N Gallo / Bárbara B Sousa / Gonçalo J L Bernardes / Vladimir Yarov-Yarovoy / ...著者: Ruth A Pumroy / Anna D Protopopova / Tabea C Fricke / Iris U Lange / Ferdinand M Haug / Phuong T Nguyen / Pamela N Gallo / Bárbara B Sousa / Gonçalo J L Bernardes / Vladimir Yarov-Yarovoy / Andreas Leffler / Vera Y Moiseenkova-Bell / 要旨: Transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) is involved in many critical physiological and pathophysiological processes, making it a promising drug target. Here we present cryo-electron ...Transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) is involved in many critical physiological and pathophysiological processes, making it a promising drug target. Here we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of rat TRPV2 in lipid nanodiscs activated by 2-aminoethoxydiphenyl borate (2-APB) and propose a TRPV2-specific 2-ABP binding site at the interface of S5 of one monomer and the S4-S5 linker of the adjacent monomer. In silico docking and electrophysiological studies confirm the key role of His521 and Arg539 in 2-APB activation of TRPV2. Additionally, electrophysiological experiments show that the combination of 2-APB and cannabidiol has a synergetic effect on TRPV2 activation, and cryo-EM structures demonstrate that both drugs were able to bind simultaneously. Together, our cryo-EM structures represent multiple functional states of the channel, providing a native picture of TRPV2 activation by small molecules and a structural framework for the development of TRPV2-specific activators. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24110.map.gz | 59.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24110-v30.xml emd-24110.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24110.png | 118.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24110.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24110 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24110 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24110_validation.pdf.gz | 564.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24110_full_validation.pdf.gz | 564.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24110_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24110_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24110 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24110 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24110.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 2-APB bound wildtype rat TRPV2 in nanodiscs, activated state | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 2-APB-bound tetramer of wildtype rat TRPV2 in nanodiscs
全体 | 名称: 2-APB-bound tetramer of wildtype rat TRPV2 in nanodiscs |
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要素 |
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-超分子 #1: 2-APB-bound tetramer of wildtype rat TRPV2 in nanodiscs
超分子 | 名称: 2-APB-bound tetramer of wildtype rat TRPV2 in nanodiscs タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 86.798891 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MTSASSPPAF RLETSDGDEE GNAEVNKGKQ EPPPMESPFQ REDRNSSPQI KVNLNFIKRP PKNTSAPSQQ EPDRFDRDRL FSVVSRGVP EELTGLLEYL RWNSKYLTDS AYTEGSTGKT CLMKAVLNLQ DGVNACIMPL LQIDKDSGNP KLLVNAQCTD E FYQGHSAL ...文字列: MTSASSPPAF RLETSDGDEE GNAEVNKGKQ EPPPMESPFQ REDRNSSPQI KVNLNFIKRP PKNTSAPSQQ EPDRFDRDRL FSVVSRGVP EELTGLLEYL RWNSKYLTDS AYTEGSTGKT CLMKAVLNLQ DGVNACIMPL LQIDKDSGNP KLLVNAQCTD E FYQGHSAL HIAIEKRSLQ CVKLLVENGA DVHLRACGRF FQKHQGTCFY FGELPLSLAA CTKQWDVVTY LLENPHQPAS LE ATDSLGN TVLHALVMIA DNSPENSALV IHMYDGLLQM GARLCPTVQL EEISNHQGLT PLKLAAKEGK IEIFRHILQR EFS GPYQPL SRKFTEWCYG PVRVSLYDLS SVDSWEKNSV LEIIAFHCKS PNRHRMVVLE PLNKLLQEKW DRLVSRFFFN FACY LVYMF IFTVVAYHQP SLDQPAIPSS KATFGESMLL LGHILILLGG IYLLLGQLWY FWRRRLFIWI SFMDSYFEIL FLLQA LLTV LSQVLRFMET EWYLPLLVLS LVLGWLNLLY YTRGFQHTGI YSVMIQKVIL RDLLRFLLVY LVFLFGFAVA LVSLSR EAR SPKAPEDNNS TVTEQPTVGQ EEEPAPYRSI LDASLELFKF TIGMGELAFQ EQLRFRGVVL LLLLAYVLLT YVLLLNM LI ALMSETVNHV ADNSWSIWKL QKAISVLEME NGYWWCRRKK HREGRLLKVG TRGDGTPDER WCFRVEEVNW AAWEKTLP T LSEDPSGPGI TGNKKNPTSK PGKNSASEED HLPLQVLQSP UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8258 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |