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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23790 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with nanobodies Nb21 and Nb36 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å | |||||||||
![]() | Huang W / Taylor DJ | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Potent neutralizing nanobodies resist convergent circulating variants of SARS-CoV-2 by targeting diverse and conserved epitopes. 著者: Dapeng Sun / Zhe Sang / Yong Joon Kim / Yufei Xiang / Tomer Cohen / Anna K Belford / Alexis Huet / James F Conway / Ji Sun / Derek J Taylor / Dina Schneidman-Duhovny / Cheng Zhang / Wei Huang / Yi Shi / ![]() ![]() 要旨: Interventions against variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are urgently needed. Stable and potent nanobodies (Nbs) that target the receptor binding domain (RBD) of ...Interventions against variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are urgently needed. Stable and potent nanobodies (Nbs) that target the receptor binding domain (RBD) of SARS-CoV-2 spike are promising therapeutics. However, it is unknown if Nbs broadly neutralize circulating variants. We found that RBD Nbs are highly resistant to variants of concern (VOCs). High-resolution cryoelectron microscopy determination of eight Nb-bound structures reveals multiple potent neutralizing epitopes clustered into three classes: Class I targets ACE2-binding sites and disrupts host receptor binding. Class II binds highly conserved epitopes and retains activity against VOCs and RBD. Cass III recognizes unique epitopes that are likely inaccessible to antibodies. Systematic comparisons of neutralizing antibodies and Nbs provided insights into how Nbs target the spike to achieve high-affinity and broadly neutralizing activity. Structure-function analysis of Nbs indicates a variety of antiviral mechanisms. Our study may guide the rational design of pan-coronavirus vaccines and therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 444.7 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 5.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 86.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 11.9 MB 11.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 538.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 537.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7mejMC ![]() 7mdwC ![]() 7me7C ![]() 7n9tC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 5.0 TB / Data #1: raw movie stacks [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.775 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_23790_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_23790_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : CryoEM map of SARS-CoV-2 RBD in complex with Nb21 and Nb105
全体 | 名称: CryoEM map of SARS-CoV-2 RBD in complex with Nb21 and Nb105 |
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要素 |
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-超分子 #1: CryoEM map of SARS-CoV-2 RBD in complex with Nb21 and Nb105
超分子 | 名称: CryoEM map of SARS-CoV-2 RBD in complex with Nb21 and Nb105 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Nanobody Nb21
分子 | 名称: Nanobody Nb21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.593007 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAVSGLGAH RVGWFRRAPG KEREFVAAIG ANGGNTNYLD SVKGRFTISR DNAKNTIYLQ MNSLKPQDT AVYYCAARDI ETAEYTYWGQ GTQVTVSS |
-分子 #2: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 21.776381 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT ...文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCG |
-分子 #3: Nanobody Nb36
分子 | 名称: Nanobody Nb36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.484716 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: VQLVESGGGL VQAGGSLTLT CAASGRTFSS ETMDMGWFRQ APGKEREFVA ADSWNDGSTY YADSVKGRFT ISRDSAKNTL YLQMNSLKP EDTAVYYCAA ETYSIYEKDD SWGYWGQGTQ VTVS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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糖包埋 | 材質: vitrified ice |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |