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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23779 | |||||||||
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タイトル | BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.4O9 | |||||||||
マップデータ | 3D map of BG505 SOSIP v5.2 in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.4O9. Main map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Antanasijevic A / Ozorowski G / Nogal B / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: From structure to sequence: Antibody discovery using cryoEM. 著者: Aleksandar Antanasijevic / Charles A Bowman / Robert N Kirchdoerfer / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Amit A Upadhyay / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo ...著者: Aleksandar Antanasijevic / Charles A Bowman / Robert N Kirchdoerfer / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Amit A Upadhyay / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo / Leigh M Sewall / Bartek Nogal / Fangzhu Zhao / Bettina Groschel / William R Schief / Devin Sok / Guido Silvestri / Shane Crotty / Steven E Bosinger / Andrew B Ward / 要旨: One of the rate-limiting steps in analyzing immune responses to vaccines or infections is the isolation and characterization of monoclonal antibodies. Here, we present a hybrid structural and ...One of the rate-limiting steps in analyzing immune responses to vaccines or infections is the isolation and characterization of monoclonal antibodies. Here, we present a hybrid structural and bioinformatic approach to directly assign the heavy and light chains, identify complementarity-determining regions, and discover sequences from cryoEM density maps of serum-derived polyclonal antibodies bound to an antigen. When combined with next-generation sequencing of immune repertoires, we were able to specifically identify clonal family members, synthesize the monoclonal antibodies, and confirm that they interact with the antigen in a manner equivalent to the corresponding polyclonal antibodies. This structure-based approach for identification of monoclonal antibodies from polyclonal sera opens new avenues for analysis of immune responses and iterative vaccine design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23779.map.gz | 166 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23779-v30.xml emd-23779.xml | 24 KB 24 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23779_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23779.png | 116 KB | ||
マスクデータ | emd_23779_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_23779_half_map_1.map.gz emd_23779_half_map_2.map.gz | 140.8 MB 140.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23779 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23779_validation.pdf.gz | 839.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23779_full_validation.pdf.gz | 838.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23779_validation.xml.gz | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23779_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23779 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D map of BG505 SOSIP v5.2 in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.4O9. Main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23779_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 3D map of BG505 SOSIP v5.2 in complex...
ファイル | emd_23779_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 3D map of BG505 SOSIP v5.2 in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.4O9. Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 3D map of BG505 SOSIP v5.2 in complex...
ファイル | emd_23779_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 3D map of BG505 SOSIP v5.2 in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.4O9. Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the polyclonal Fab sample isolat...
全体 | 名称: BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the polyclonal Fab sample isolated from animal Rh4O9. |
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要素 |
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-超分子 #1: BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the polyclonal Fab sample isolat...
超分子 | 名称: BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the polyclonal Fab sample isolated from animal Rh4O9. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4 詳細: The map was generated from polyclonal Fab sample isolated from animal Rh4O9. The polyclonal Fabs were complexed with BG505 SOSIP.v5.2 and imaged. Rh4O9.8 monoclonal antibody sequence was ...詳細: The map was generated from polyclonal Fab sample isolated from animal Rh4O9. The polyclonal Fabs were complexed with BG505 SOSIP.v5.2 and imaged. Rh4O9.8 monoclonal antibody sequence was relaxed into the Fab-corresponding density. |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4 |
-分子 #1: Surface protein gp120
分子 | 名称: Surface protein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 57.775883 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS QEIHARFRRG ARAENLWVTV YYGVPVWKDA ETTLFCASDA KAYETKKHNV WATHCCVPTD PNPQEIHLE NVTEEFNMWK NNMVEQMHTD IISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLQCTNVTNN ITDDMRGELK NCSFNMTTEL R DKKQKVYS ...文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS QEIHARFRRG ARAENLWVTV YYGVPVWKDA ETTLFCASDA KAYETKKHNV WATHCCVPTD PNPQEIHLE NVTEEFNMWK NNMVEQMHTD IISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLQCTNVTNN ITDDMRGELK NCSFNMTTEL R DKKQKVYS LFYRLDVVQI NENQGNRSNN SNKEYRLINC NTSAITQACP KVSFEPIPIH YCAPAGFAIL KCKDKKFNGT GP CPSVSTV QCTHGIKPVV STQLLLNGSL AEEEVMIRSE NITNNAKNIL VQFNTPVQIN CTRPNNNTRK SIRIGPGQWF YAT GDIIGD IRQAHCNVSK ATWNETLGKV VKQLRKHFGN NTIIRFANSS GGDLEVTTHS FNCGGEFFYC NTSGLFNSTW ISNT SVQGS NSTGSNDSIT LPCRIKQIIN MWQRIGQAMY APPIQGVIRC VSNITGLILT RDGGSTNSTT ETFRPGGGDM RDNWR SELY KYKVVKIEPL GVAPTRCKRR VVGRRRRRR |
-分子 #2: Transmembrane protein gp41
分子 | 名称: Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.178549 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEC QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: Rh4O9.8 monoclonal antibody Light Chain
分子 | 名称: Rh4O9.8 monoclonal antibody Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 11.339304 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QAGLTQPPSA SEAAGKSVTI SCSGSSANIG STSVSWYQQL PGTAPKLLIY YNDQRASGVS DRFSGSKSGT SASLAISGLQ TEDEADYYC AAWDDNLSGR IFGGGTRLTV L |
-分子 #4: Rh4O9.8 monoclonal antibody Heavy Chain
分子 | 名称: Rh4O9.8 monoclonal antibody Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 12.736094 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLQESGGG LAQPGGSLRL TCEASGFTFG RDDMAWVRQA LGKGLEWVSS ISNSGNTIYY ADPVKGRFSI SRDNAKNSLS LQMNSLKIE DTAVYFCTRT LGDYYLDWGQ GVQVTVSS |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 31 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: TBS, 0.2um filtered | |||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | The complex was generated by incubation of Rh4O9 polyclonal antibody (as Fab) with recombinantly expressed BG505 SOSIP.v5.2 and subsequent SEC purification. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 13.5 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |