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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23764 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The F1 region of apoptolidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase | |||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Locally sharpened map. | |||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | F1-ATPase / inhibitor / anti-cancer / HYDROLASE / TRANSLOCASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism ...: / : / : / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / ADP binding / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Guo H / Rubinstein JL | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 8件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022 タイトル: Apoptolidin family glycomacrolides target leukemia through inhibition of ATP synthase. 著者: Benjamin J Reisman / Hui Guo / Haley E Ramsey / Madison T Wright / Bradley I Reinfeld / P Brent Ferrell / Gary A Sulikowski / W Kimryn Rathmell / Michael R Savona / Lars Plate / John L ...著者: Benjamin J Reisman / Hui Guo / Haley E Ramsey / Madison T Wright / Bradley I Reinfeld / P Brent Ferrell / Gary A Sulikowski / W Kimryn Rathmell / Michael R Savona / Lars Plate / John L Rubinstein / Brian O Bachmann / 要旨: Cancer cells have long been recognized to exhibit unique bioenergetic requirements. The apoptolidin family of glycomacrolides are distinguished by their selective cytotoxicity towards oncogene- ...Cancer cells have long been recognized to exhibit unique bioenergetic requirements. The apoptolidin family of glycomacrolides are distinguished by their selective cytotoxicity towards oncogene-transformed cells, yet their molecular mechanism remains uncertain. We used photoaffinity analogs of the apoptolidins to identify the F subcomplex of mitochondrial ATP synthase as the target of apoptolidin A. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) of apoptolidin and ammocidin-ATP synthase complexes revealed a novel shared mode of inhibition that was confirmed by deep mutational scanning of the binding interface to reveal resistance mutations which were confirmed using CRISPR-Cas9. Ammocidin A was found to suppress leukemia progression in vivo at doses that were tolerated with minimal toxicity. The combination of cellular, structural, mutagenesis, and in vivo evidence defines the mechanism of action of apoptolidin family glycomacrolides and establishes a path to address oxidative phosphorylation-dependent cancers. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23764.map.gz | 55.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23764-v30.xml emd-23764.xml | 27.1 KB 27.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23764_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23764.png | 89.5 KB | ||
マスクデータ | emd_23764_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-23764.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_23764_additional_1.map.gz emd_23764_half_map_1.map.gz emd_23764_half_map_2.map.gz | 32.2 MB 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23764 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23764 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23764_validation.pdf.gz | 767.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23764_full_validation.pdf.gz | 767.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23764_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23764_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23764 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23764 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23764.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally sharpened map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2875 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23764_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map.
ファイル | emd_23764_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1.
ファイル | emd_23764_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2.
ファイル | emd_23764_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The F1 region of apoptolidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP s...
全体 | 名称: The F1 region of apoptolidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: The F1 region of apoptolidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP s...
超分子 | 名称: The F1 region of apoptolidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
-分子 #1: ATP synthase subunit alpha
分子 | 名称: ATP synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 |
分子量 | 理論値: 55.007402 KDa |
配列 | 文字列: ASTKAQPTEV SSILEERIKG VSDEANLNET GRVLAVGDGI ARVFGLNNIQ AEELVEFSSG VKGMALNLEP GQVGIVLFGS DRLVKEGEL VKRTGNIVDV PVGPGLLGRV VDALGNPIDG KGPIDAAGRS RAQVKAPGIL PRRSVHEPVQ TGLKAVDALV P IGRGQREL ...文字列: ASTKAQPTEV SSILEERIKG VSDEANLNET GRVLAVGDGI ARVFGLNNIQ AEELVEFSSG VKGMALNLEP GQVGIVLFGS DRLVKEGEL VKRTGNIVDV PVGPGLLGRV VDALGNPIDG KGPIDAAGRS RAQVKAPGIL PRRSVHEPVQ TGLKAVDALV P IGRGQREL IIGDRQTGKT AVALDTILNQ KRWNNGSDES KKLYCVYVAV GQKRSTVAQL VQTLEQHDAM KYSIIVAATA SE AAPLQYL APFTAASIGE WFRDNGKHAL IVYDDLSKQA VAYRQLSLLL RRPPGREAYP GDVFYLHSRL LERAAKLSEK EGS GSLTAL PVIETQGGDV SAYIPTNVIS ITDGQIFLEA ELFYKGIRPA INVGLSVSRV GSAAQVKALK QVAGSLKLFL AQYR EVAAF AQFGSDLDAS TKQTLVRGER LTQLLKQNQY SPLATEEQVP LIYAGVNGHL DGIELSRIGE FESSFLSYLK SNHNE LLTE IREKGELSKE LLASLKSATE SFVATF UniProtKB: ATP synthase subunit alpha |
-分子 #2: ATP synthase subunit beta
分子 | 名称: ATP synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 |
分子量 | 理論値: 51.181082 KDa |
配列 | 文字列: ASAAQSTPIT GKVTAVIGAI VDVHFEQSEL PAILNALEIK TPQGKLVLEV AQHLGENTVR TIAMDGTEGL VRGEKVLDTG GPISVPVGR ETLGRIINVI GEPIDERGPI KSKLRKPIHA DPPSFAEQST SAEILETGIK VVDLLAPYAR GGKIGLFGGA G VGKTVFIQ ...文字列: ASAAQSTPIT GKVTAVIGAI VDVHFEQSEL PAILNALEIK TPQGKLVLEV AQHLGENTVR TIAMDGTEGL VRGEKVLDTG GPISVPVGR ETLGRIINVI GEPIDERGPI KSKLRKPIHA DPPSFAEQST SAEILETGIK VVDLLAPYAR GGKIGLFGGA G VGKTVFIQ ELINNIAKAH GGFSVFTGVG ERTREGNDLY REMKETGVIN LEGESKVALV FGQMNEPPGA RARVALTGLT IA EYFRDEE GQDVLLFIDN IFRFTQAGSE VSALLGRIPS AVGYQPTLAT DMGLLQERIT TTKKGSVTSV QAVYVPADDL TDP APATTF AHLDATTVLS RGISELGIYP AVDPLDSKSR LLDAAVVGQE HYDVASKVQE TLQTYKSLQD IIAILGMDEL SEQD KLTVE RARKIQRFLS QPFAVAEVFT GIPGKLVRLK DTVASFKAVL EGKYDNIPEH AFYMVGGIED VVAKAEKLAA EAN UniProtKB: ATP synthase subunit beta |
-分子 #3: ATP synthase subunit gamma
分子 | 名称: ATP synthase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 |
分子量 | 理論値: 30.65716 KDa |
配列 | 文字列: ATLKEVEMRL KSIKNIEKIT KTMKIVASTR LSKAEKAKIS AKKMDEAEQL FYKNAETKNL DVEATETGAP KELIVAITSD KGLCGSIHS QLAKAVRRHL NDQPNADIVT IGDKIKMQLL RTHPNNIKLS INGIGKDAPT FQESALIADK LLSVMKAGTY P KISIFYND ...文字列: ATLKEVEMRL KSIKNIEKIT KTMKIVASTR LSKAEKAKIS AKKMDEAEQL FYKNAETKNL DVEATETGAP KELIVAITSD KGLCGSIHS QLAKAVRRHL NDQPNADIVT IGDKIKMQLL RTHPNNIKLS INGIGKDAPT FQESALIADK LLSVMKAGTY P KISIFYND PVSSLSFEPS EKPIFNAKTI EQSPSFGKFE IDTDANVPRD LFEYTLANQM LTAMAQGYAA EISARRNAMD NA SKNAGDM INRYSILYNR TRQAVITNEL VDIITGASSL G UniProtKB: ATP synthase subunit gamma |
-分子 #4: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 |
分子量 | 理論値: 6.618359 KDa |
配列 | 文字列: SAWRKAGISY AAYLNVAAQA IRSSLKTELQ TASVLNRSQT DAFYTQYKNG TAASEPTPIT K UniProtKB: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #7: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-分子 #8: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{R},10~{R},11~{E},13~{E},17~{S},18~{S},20~{S...
分子 | 名称: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{R},10~{R},11~{E},13~{E},17~{S},18~{S},20~{S})-18-methoxy-20-[(~{R})-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(2~{R})-3-methoxy-2-[(2~{R},4~{S},5~{S},6~{S})-5- ...名称: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{R},10~{R},11~{E},13~{E},17~{S},18~{S},20~{S})-18-methoxy-20-[(~{R})-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(2~{R})-3-methoxy-2-[(2~{R},4~{S},5~{S},6~{S})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-methoxy-6-methyl-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-4,6-dimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-propyl]-3,5-dimethyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-oxidanyl-methyl]-10-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-5-methoxy-6-methyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5,7,9,13-pentamethyl-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13-pentaen-2-one タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ZH7 |
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分子量 | 理論値: 1.12937 KDa |
Chemical component information | ChemComp-ZH7: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 30 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 4019 / 平均露光時間: 9.5 sec. / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 倍率(補正後): 135922 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7md3: |