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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23747 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 E337A mutant in the presence of 5 mM calcium (high calcium occupancy in the transmembrane domain) | ||||||||||||||||||
マップデータ | Tetrameric map of zebrafish TRPM5 E337A mutant with high calcium occupancy in the transmembrane domain. The map is only used for docking a tetramer model. The associated subunit map is also provided. | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ligand-gated calcium channel activity / calcium-activated cation channel activity / calcium ion transmembrane transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Ruan Z / Lu W / Du J / Haley E | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Structures of the TRPM5 channel elucidate mechanisms of activation and inhibition. 著者: Zheng Ruan / Emery Haley / Ian J Orozco / Mark Sabat / Richard Myers / Rebecca Roth / Juan Du / Wei Lü / 要旨: The Ca-activated TRPM5 channel plays essential roles in taste perception and insulin secretion. However, the mechanism by which Ca regulates TRPM5 activity remains elusive. We report cryo-EM ...The Ca-activated TRPM5 channel plays essential roles in taste perception and insulin secretion. However, the mechanism by which Ca regulates TRPM5 activity remains elusive. We report cryo-EM structures of the zebrafish TRPM5 in an apo closed state, a Ca-bound open state, and an antagonist-bound inhibited state. We define two novel ligand binding sites: a Ca site (Ca) in the intracellular domain and an antagonist site in the transmembrane domain (TMD). The Ca site is unique to TRPM5 and has two roles: modulating the voltage dependence and promoting Ca binding to the Ca site, which is conserved throughout TRPM channels. Conformational changes initialized from both Ca sites cooperatively open the ion-conducting pore. The antagonist NDNA wedges into the space between the S1-S4 domain and pore domain, stabilizing the transmembrane domain in an apo-like closed state. Our results lay the foundation for understanding the voltage-dependent TRPM channels and developing new therapeutic agents. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23747.map.gz | 135.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23747-v30.xml emd-23747.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23747.png | 157 KB | ||
その他 | emd_23747_additional_1.map.gz emd_23747_additional_2.map.gz | 140.2 MB 11.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23747 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23747 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23747_validation.pdf.gz | 580.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23747_full_validation.pdf.gz | 579.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23747_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23747_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23747 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23747 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23747.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tetrameric map of zebrafish TRPM5 E337A mutant with high calcium occupancy in the transmembrane domain. The map is only used for docking a tetramer model. The associated subunit map is also provided. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.826 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Non-sharpened single subunit map for zebrafish TRPM5 E337A...
ファイル | emd_23747_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Non-sharpened single subunit map for zebrafish TRPM5 E337A mutant with high calcium occupancy at the transmembrane domain. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened single subunit map for zebrafish TRPM5 E337A...
ファイル | emd_23747_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened single subunit map for zebrafish TRPM5 E337A mutant with high calcium occupancy at the transmembrane domain. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TRPM5 channel E337A mutant
全体 | 名称: TRPM5 channel E337A mutant |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPM5 channel E337A mutant
超分子 | 名称: TRPM5 channel E337A mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Transient receptor potential melastatin 5
分子 | 名称: Transient receptor potential melastatin 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 132.740953 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVEKSSERFD KQMAGRLGDI DFTGVSRTRG KFVRVTSSTD PAEIYQILTK QWGLAPPHLV VALMGGDEVA QLKPWLRDTL RKGLVKAAQ STGAWILTSG LRFGITKNLG QAVRDHSLAS TSPKVRVVAI GIAPWNMIQN RDLLLSAKPD HPATYPTEDL P YGAVYSLD ...文字列: MVEKSSERFD KQMAGRLGDI DFTGVSRTRG KFVRVTSSTD PAEIYQILTK QWGLAPPHLV VALMGGDEVA QLKPWLRDTL RKGLVKAAQ STGAWILTSG LRFGITKNLG QAVRDHSLAS TSPKVRVVAI GIAPWNMIQN RDLLLSAKPD HPATYPTEDL P YGAVYSLD CNHSHFILVD EDPKRPGATG EMRVKMLKHI SLQRTGYGGT GSIEIPVLCL LVHGEPRILQ KMYKNIQNSI PW LILAGSG GVADILVTLM DRGCWDADIV QELLINTFPD GLHSTEITSW TKLIQRILDH GHLLTVHDPE QDSELDTVIL KAL VKACKS QSQEAQDFLD ALKLAVAWNR VDIAKSEIFS GDVQWSAQDL EEVMMEALVN DKPDFVRLFV DNGVNIKQFL TYGR LQELY CSVSEKNLLH TLLLKKNQER QAQLARKRMS GNPNNELGDR KFRFTFHEVS KVLKDFLDDT CKGFYQKLPA ERMGK GRLF HSQKNLPDMD RRCEHPWRDL FLWAILQNRQ EMANYFWAMG PEAVAAALVG CKIMKEMAHL ATEAESARSM KNAKYE QFA MDLFSECYSN SEDRAYSLLV RKTCCWSKAT VLNIATLAEA KCFFAHDGVQ ALLTKVWWGA MRTDTSISRL VLTFFIP PL VWTSLIKFNP EEQVSKDEGE PFAELDSLET EQALLLTDGD PVAGEGSAET AARSCSATFI RVVLRRWNRF WSAPVTVF M GNVIMYFAFL ILFSYVLLLD FRPPPPYGPS AAEIILYFWV FTLVLEEIRQ SFFTDEDMSI LKKMKLYVED NWNKCDMVA ISLFVVGLSC RMAMSTYEAG RTVLALDFMV FTLRLIHIFA IHKQLGPKII IVERMIKDVF FFLFFLSVWL IAYGVTTQAL LHPNDPRID WVFRRALYRP YLHIFGQIPL EEIDAAKMPD DNCTTDVQEI ILGTLPPCPN IYANWLVILL LVIYLLVTNV L LLNLLIAM FSYTFQVVQE NADIFWKFQR YNLIVEYHSR PALAPPFIII SHITQALLSF IKKTENTQDL LERELPSGLD QK LMTWETV QKENYLAKLE HEHRESSGER LRYTSSKVQT LLRMVGGFKD QEKRMATVET EVRYCGEVLS WIAECFHKST LKC DRDAPK APRSIAGSSR DQQPQGAKRQ QPGGHPAYGT DKKLPFIDH |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: (2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(25R)-10alpha,14beta,17beta-spirost-5-...
分子 | 名称: (2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(25R)-10alpha,14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: YUY |
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分子量 | 理論値: 841.033 Da |
Chemical component information | ChemComp-YUY: |
-分子 #5: (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol
分子 | 名称: (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: YUV |
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分子量 | 理論値: 414.621 Da |
Chemical component information | ChemComp-YUV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 139000 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7mbu: |