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- EMDB-23691: E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23691
タイトルE1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation
マップデータSharpened refine map constructed on unsharpened map using provided mask by Sharpen 3D - cisTEM.
試料
  • 複合体: Ycf1
    • タンパク質・ペプチド: Metal resistance protein YCF1
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / Aspirin ADME / Paracetamol ADME / Atorvastatin ADME / Transport of RCbl within the body / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) ...ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / Aspirin ADME / Paracetamol ADME / Atorvastatin ADME / Transport of RCbl within the body / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport / ABC-family proteins mediated transport / vacuole fusion, non-autophagic / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / fungal-type vacuole membrane / response to metal ion / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities ...ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal resistance protein YCF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Khandelwal NK / Millan CR / Thaker TM / Tomasiak TM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM114245 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The structural basis for regulation of the glutathione transporter Ycf1 by regulatory domain phosphorylation.
著者: Nitesh Kumar Khandelwal / Cinthia R Millan / Samantha I Zangari / Samantha Avila / Dewight Williams / Tarjani M Thaker / Thomas M Tomasiak /
要旨: Yeast Cadmium Factor 1 (Ycf1) sequesters heavy metals and glutathione into the vacuole to counter cell stress. Ycf1 belongs to the ATP binding cassette C-subfamily (ABCC) of transporters, many of ...Yeast Cadmium Factor 1 (Ycf1) sequesters heavy metals and glutathione into the vacuole to counter cell stress. Ycf1 belongs to the ATP binding cassette C-subfamily (ABCC) of transporters, many of which are regulated by phosphorylation on intrinsically-disordered domains. The regulatory mechanism of phosphorylation is still poorly understood. Here, we report two cryo-EM structures of Ycf1 at 3.4 Å and 4.0 Å resolution in inward-facing open conformations that capture previously unobserved ordered states of the intrinsically disordered regulatory domain (R-domain). R-domain phosphorylation is clearly evident and induces a topology promoting electrostatic and hydrophobic interactions with Nucleotide Binding Domain 1 (NBD1) and the Lasso motif. These interactions stay constant between the structures and are related by rigid body movements of the NBD1/R-domain complex. Biochemical data further show R-domain phosphorylation reorganizes the Ycf1 architecture and is required for maximal ATPase activity. Together, we provide insights into how R-domains control ABCC transporter activity.
履歴
登録2021年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2022年10月19日-
現状2022年10月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_23691.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened refine map constructed on unsharpened map using provided mask by Sharpen 3D - cisTEM.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.031 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.5
最小 - 最大-11.312036 - 16.05509
平均 (標準偏差)-0.00015694681 (±0.758478)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 309.30002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23691_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map obtained from Manual Refine - cisTEM.

ファイルemd_23691_additional_1.map
注釈Unsharpened map obtained from Manual Refine - cisTEM.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The second half-map from unsharpened refine map generated...

ファイルemd_23691_half_map_1.map
注釈The second half-map from unsharpened refine map generated in Generate 3D - cisTEM.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The first half-map from unsharpened refine map generated...

ファイルemd_23691_half_map_2.map
注釈The first half-map from unsharpened refine map generated in Generate 3D - cisTEM.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ycf1

全体名称: Ycf1
要素
  • 複合体: Ycf1
    • タンパク質・ペプチド: Metal resistance protein YCF1

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超分子 #1: Ycf1

超分子名称: Ycf1 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: DSY-5
分子量理論値: 176.66831 KDa

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分子 #1: Metal resistance protein YCF1

分子名称: Metal resistance protein YCF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Phosphorylated residues (S908, T911 and S914) are present in the structure file.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type Cd2+ transporter
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 176.318328 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: ASDYKDDDDK GALEVLFQGP SSPMAGNLVS WACKLCRSPE GFGPISFYGD FTQCFIDGVI LNLSAIFMIT FGIRDLVNLC KKKHSGIKY RRNWIIVSRM ALVLLEIAFV SLASLNISKE EAENFTIVSQ YASTMLSLFV ALALHWIEYD RSVVANTVLL F YWLFETFG ...文字列:
ASDYKDDDDK GALEVLFQGP SSPMAGNLVS WACKLCRSPE GFGPISFYGD FTQCFIDGVI LNLSAIFMIT FGIRDLVNLC KKKHSGIKY RRNWIIVSRM ALVLLEIAFV SLASLNISKE EAENFTIVSQ YASTMLSLFV ALALHWIEYD RSVVANTVLL F YWLFETFG NFAKLINILI RHTYEGIWYS GQTGFILTLF QVITCASILL LEALPKKPLM PHQHIHQTLT RRKPNPYDSA NI FSRITFS WMSGLMKTGY EKYLVEADLY KLPRNFSSEE LSQKLEKNWE NELKQKSNPS LSWAICRTFG SKMLLAAFFK AIH DVLAFT QPQLLRILIK FVTDYNSERQ DDHSSLQGFE NNHPQKLPIV RGFLIAFAMF LVGFTQTSVL HQYFLNVFNT GMYI KSALT ALIYQKSLVL SNEASGLSST GDIVNLMSVD VQKLQDLTQW LNLIWSGPFQ IIICLYSLYK LLGNSMWVGV IILVI MMPL NSFLMRIQKK LQKSQMKYKD ERTRVISEIL NNIKSLKLYA WEKPYREKLE EVRNNKELKN LTKLGCYMAV TSFQFN IVP FLVSCCTFAV FVYTEDRALT TDLVFPALTL FNLLSFPLMI IPMVLNSFIE ASVSIGRLFT FFTNEELQPD SVQRLPK VK NIGDVAINIG DDATFLWQRK PEYKVALKNI NFQAKKGNLT CIVGKVGSGK TALLSCMLGD LFRVKGFATV HGSVAYVS Q VPWIMNGTVK ENILFGHRYD AEFYEKTIKA CALTIDLAIL MDGDKTLVGE KGISLSGGQK ARLSLARAVY ARADTYLLD DPLAAVDEHV ARHLIEHVLG PNGLLHTKTK VLATNKVSAL SIADSIALLD NGEITQQGTY DEITKDADSP LWKLLNNYGK KNNGKSNEF GDSSESSVRE SSIPVEGELE QLQKLNDLDF GNSDAISLRR A(SEP)DA(TPO)LG(SEP)ID FGDDENIAK REHREQGKVK WNIYLEYAKA CNPKSVCVFI LFIVISMFLS VMGNVWLKHW SEVNSRYGSN PNAARYLAIY FALGIGSALA TLIQTIVLW VFCTIHASKY LHNLMTNSVL RAPMTFFETT PIGRILNRFS NDIYKVDALL GRTFSQFFVN AVKVTFTITV I CATTWQFI FIIIPLSVFY IYYQQYYLRT SRELRRLDSI TRSPIYSHFQ ETLGGLATVR GYSQQKRFSH INQCRIDNNM SA FYPSINA NRWLAYRLEL IGSIIILGAA TLSVFRLKQG TLTAGMVGLS LSYALQITQT LNWIVRMTVE VETNIVSVER IKE YADLKS EAPLIVEGHR PPKEWPSQGD IKFNNYSTRY RPELDLVLKH INIHIKPNEK VGIVGRTGAG KSSLTLALFR MIEA SEGNI VIDNIAINEI GLYDLRHKLS IIPQDSQVFE GTVRENIDPI NQYTDEAIWR ALELSHLKEH VLSMSNDGLD AQLTE GGGN LSVGQRQLLC LARAMLVPSK ILVLDQATAA VDVETDKVVQ ETIRTAFKDR TILTIAHRLN TIMDSDRIIV LDNGKV AEF DSPGQLLSDN KSLFYSLCME AGLVNENGLV PRGSSAHHHH HHHHHHGA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.94 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
50.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンtris(hydroxymethyl)aminomethane

詳細: Solution were made fresh in cold distilled water and final pH was adjusted to 7.0 with HCl of cold buffer. The digitonin detergent was added to final .06 % in buffer after pH adjustment.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 22500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8499 / 平均露光時間: 2.9 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2159582 / 詳細: Relion autopick
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio Model generated in Relion.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0) / 使用した粒子像数: 114963
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6jb1


Chain - Chain ID: B
得られたモデル

PDB-7m69:
E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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