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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2355 | |||||||||
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タイトル | Negative staining three dimensional reconstruction of bacteriophage T7 large terminase | |||||||||
マップデータ | Threedimensional reconstruction of bacteriophage T7 large terminase | |||||||||
試料 |
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キーワード | ATPase / bacteriophage / DNA translocation / Packaging / single-particle reconstruction / terminase. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity ...: / viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage T7 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Dauden MI / Martin-Benito J / Sanchez-Ferrero JC / Pulido-Cid M / Valpuesta JM / Carrascosa JL | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013 タイトル: Large terminase conformational change induced by connector binding in bacteriophage T7. 著者: María I Daudén / Jaime Martín-Benito / Juan C Sánchez-Ferrero / Mar Pulido-Cid / José M Valpuesta / José L Carrascosa / 要旨: During bacteriophage morphogenesis DNA is translocated into a preformed prohead by the complex formed by the portal protein, or connector, plus the terminase, which are located at an especial prohead ...During bacteriophage morphogenesis DNA is translocated into a preformed prohead by the complex formed by the portal protein, or connector, plus the terminase, which are located at an especial prohead vertex. The terminase is a powerful motor that converts ATP hydrolysis into mechanical movement of the DNA. Here, we have determined the structure of the T7 large terminase by electron microscopy. The five terminase subunits assemble in a toroid that encloses a channel wide enough to accommodate dsDNA. The structure of the complete connector-terminase complex is also reported, revealing the coupling between the terminase and the connector forming a continuous channel. The structure of the terminase assembled into the complex showed a different conformation when compared with the isolated terminase pentamer. To understand in molecular terms the terminase morphological change, we generated the terminase atomic model based on the crystallographic structure of its phage T4 counterpart. The docking of the threaded model in both terminase conformations showed that the transition between the two states can be achieved by rigid body subunit rotation in the pentameric assembly. The existence of two terminase conformations and its possible relation to the sequential DNA translocation may shed light into the molecular bases of the packaging mechanism of bacteriophage T7. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2355.map.gz | 1.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2355-v30.xml emd-2355.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2355.png | 98.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2355 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2355 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2355_validation.pdf.gz | 213 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2355_full_validation.pdf.gz | 212.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2355_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2355 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2355 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Threedimensional reconstruction of bacteriophage T7 large terminase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Full-length large terminase of bacteriophage T7
全体 | 名称: Full-length large terminase of bacteriophage T7 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Full-length large terminase of bacteriophage T7
超分子 | 名称: Full-length large terminase of bacteriophage T7 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: pentamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 335 KDa |
-分子 #1: DNA maturase B
分子 | 名称: DNA maturase B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 Name.synonym: gp19, large terminase, DNA-packaging protein B 詳細: gp19 monomer is a 67 kDa protein / コピー数: 5 / 集合状態: Pentamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: bacteriophage T7 |
分子量 | 理論値: 335 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) pLys / 組換プラスミド: pET21(+) |
配列 | UniProtKB: Terminase, large subunit GO: GO: 0090305, nucleotide binding, nuclease activity, endonuclease activity, ATP binding |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 50 mM Sodium Phosphate buffer pH 7, 300 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP, 5 mM DTT and 20% (v/v) glycerol. |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: GraFix-fixated proteins stained on 2% w/v uranyl acetate for 1 min. |
グリッド | 詳細: Cu-collodion grids with thin carbon support, glow discharged. |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: FFT live |
日付 | 2009年10月23日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1005 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 67000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: GATAN convetional holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected using Maximum Likelihood procedures form an initial set of 14097 particles. |
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CTF補正 | 詳細: Each plate |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP, EMAN, Spider / 使用した粒子像数: 3650 |
最終 角度割当 | 詳細: SPIDER |